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表面化

1920年（大正9年）、当時の上新川郡農会長であった金岡又左衛門が農商務大臣山本達雄と富山県知事東園基光に神岡鉱業所の鉱毒除去の建議書を提出したのが神通川流域の鉱毒被害の表面化の始まりである。建議書には「神岡鉱業所事業の勃興に伴い、土砂に流入する田地の稲は発育に変調をきたし、完全に登熟しない。鉱山経営者に対し除害施設を講ぜしめられたい。」と訴えられている[7]。

その後も同様に要望が婦負郡農会や富山県会からも出たため、東京鉱務署の調査があり、神岡鉱業所に廃砕・廃水処理の改善が命じられた。また、富山県は災害対策費として1ヶ所2円の県費補助金を出して、用水路幹線からの取水口に小沈殿池を設けさせて被害の軽減に努めた。これによって一時的に効果をあげたが、満州事変や日中戦争などに伴い神岡鉱業所が増産体制に入ったり、何度かの出水で小沈殿池が流されたり、埋没したりして以前にも増して泥や砂など流入が激しくなった[7]。

1948年（昭和23年）、熊野村（現:富山市婦中町）など3町4村の農家が神通川鉱毒対策協議会を結成。富山県を通じて交渉し、1951年（昭和26年）に神岡鉱業所が農業協力費を関係市町村へ支払うことになった。しかし、原因は解明されないままであった[7]。
原因究明から公害病認定へ

1955年（昭和30年）8月4日、熊野村の開業医の萩野昇が執筆した「イタイイタイ病」を紹介する記事が『富山新聞』に掲載された。命名者も萩野である。この記事で萩野は「この病気は婦負郡中部および対岸の富山市南郊から上新川郡にかけての神通川本流水系に発生。患者はこの地域に長年住んでいる35歳から更年期にかけての女性が多い。症状は腰・肩・膝などの鈍痛に始まり、やがて大腿や上膊部の神経痛のような痛みとなり、進行すると少しの動作でも骨折するようになり、引き裂かれるような痛みを感じる。」と書いた[7]。

この記事が発表された当初は、過労説や栄養失調説なども出された。しかし、1957年（昭和32年）12月に萩野は富山県医学会で「鉱毒説」を発表。さらに岡山大学の小林純らが患者の骨や内臓および神岡鉱業所の廃水や川水からカドミウムを検出したことを基に1961年（昭和36年）1月、萩野昇と農学者の吉岡金市がイタイイタイ病の原因はカドミウムであることを発表した[7]。一方、1961年（昭和36年）12月に富山県、1963年（昭和38年）6月に厚生省及び文部省が独自に原因究明に乗り出す。

1966年（昭和41年）9月に合同会議を開き、原因物質としてカドミウムの疑いが濃厚であるが、栄養上の障害も考えられる「カドミウムプラスアルファ説」を発表した。その後、富山県が住民に健康診断を行い、その診断結果に基づき富山県イタイイタイ病患者審査委員会は、1967年（昭和42年）3月に患者73人、要観察者150人を認定した[8]。厚生省も日本公衆衛生協会に研究委託するなど原因究明に努めた[7]。

1968年（昭和43年）5月、厚生省は「イタイイタイ病の本態はカドミウムの慢性中毒による骨軟化症であり、カドミウムは神通川上流の神岡鉱業所の事業活動によって排出されたものである。」と断定した。これによってイタイイタイ病は政府によって認定された公害病の第1号になった[7]。

1970年（昭和45年）2月1日、健康被害救済法（公害に係る健康被害の救済に関する特別措置法）が施行され、公害病患者96名が認定される。
対策協議会結成から提訴・結審まで

1966年（昭和41年）11月、被害者の家族や遺族らがイタイイタイ病対策協議会（略称:イ対協）を結成した。その後、イ対協は神岡鉱業所と交渉するも企業側の対応が冷ややかだったためイ対協の会長であった小松義久などは裁判で訴えることを決意する。

1968年（昭和43年）1月、富山県弁護士会の重鎮正力喜之助弁護士や、地元婦中町出身の島林樹弁護士をはじめ、全国から集まった20人の弁護士によってイタイイタイ病訴訟弁護団を結成した[7]。

1968年（昭和43年）3月9日、患者・遺族28人が三井金属鉱業を相手に総額約6億3000万円の第1次訴訟を起こす。

1971年（昭和46年）6月に第1審が原告勝訴の判決を下した。1審判決を不服とする三井金属鉱業は控訴したが、第2審も1972年（昭和47年）8月9日に原告側勝訴の判決となった。三井金属鉱業は上告を断念し、第2次以下の訴訟も判決内容にしたがって補償することを決めた。判決ではカドミウムの放流とイタイイタイ病とは因果関係があると断定した。三井金属鉱業は第5次訴訟まで総額23億5633万円の損害賠償金の支払い、農業被害の賠償と汚染土壌の復元義務、住民の立ち入り調査権を認めた公害防止協定書の締結の3点を内容とする和解に応じることとなった[7]。
補償と発生源対策富山市婦中町、鵜坂地区カドミウム汚染田復元記念碑 2008年4月建立

被害者側は判決確定を受け、三井金属鉱業に対して賠償や土壌汚染問題に関する誓約書や公害防止協定を結び、交渉をスタートさせた。医療救済については県や政府の補助に加え、1973年7月に三井金属鉱業と医療補償協定が締結されて、患者・要観察者への救済が始まった。また、1974年9月1日には「公害健康被害保障法」が施行され、国からの救済も始まった[7]。

土壌汚染については、1974年（昭和49年）8月に神通川左岸の67.4haが「農用地汚染防止法」に基づく汚染地域に指定されたのを皮切りに、最終的に1630haが汚染地域になった。1979年（昭和54年）から土壌復元事業が始まったものの、工法や費用の問題、農家の農業離れ、農地転用の問題などの難問が山積みになっているため、工事が遅れていたが[7]、2012年3月17日に完了した[9]。しかし、後に地中に作られた耕盤が経年劣化により沈下したことで復元田の地盤の緩みが相次いだため、2026年度までの計画で富山県により補修工事が進められることになった[10]。

発生源対策として、公害防止協定に基づく立ち入り調査が1972年（昭和47年）から毎年1回行われている[11]。1972年（昭和47年）には9ppbだったが、1975年（昭和50年）以後には1ppb台にまで減少している[7][12]。

しかし、2013年（平成25年）8月に神岡鉱業に近い岐阜県高山市などで豪雨被害があったことなどから、豪雨で土砂崩れが発生した場合に汚染した土砂が大量に流出して下流の富山県などで大きな被害が出る恐れがあるとして、豪雨でも土砂流出が生じないような対策も求められている[11]。
イタイイタイ病裁判
第1次訴訟

1968年（昭和43年）3月9日、患者や遺族の計28人が原告となって婦中町（現:富山市婦中町）、富山市、大沢野町（現:富山市大沢野地区）の各被害地域を代表して14件（患者1人につき1件）の裁判を起こす。