2000年代に入ると『X-メン』にマグニートー役で出演し[18]、以降2014年の『X-MEN:フューチャー&パスト』までシリーズに出演している。2001年には『ロード・オブ・ザ・リング』で魔法使いガンダルフ役を演じてアカデミー助演男優賞にノミネートされ、ロード・オブ・ザ・リングシリーズ・ホビットシリーズに出演している[23]。2006年に『エキストラ:スターに近づけ!』でゲイの演出家を演じ、プライムタイム・エミー賞のコメディ部門助演男優賞を受賞した。また、同年『ダ・ヴィンチ・コード』でリー・ティービング役を演じるが、同作はイエス・キリストの描写を巡り論争を呼んだ。マッケランは取材で同作について「私は聖書の前に手を置き、これはフィクションですと唱える必要があると考えました。この映画は事実ではなく、愉快な映画です。観客は事実と虚構を分けて考え、それを話し合うのに十分な賢明さを持ち合わせています」と述べている[24]。2012年のロンドンパラリンピックでは、『テンペスト』のプロスペロ役として開会式に参加した[25]。
LGBT擁護運動LGBTのパレードに参加するマッケラン（2010年）

マッケランは舞台俳優として活動を始めた頃から、同業者の間ではゲイとして知られていたが、一般に周知されるようになったのは1988年にBBCラジオで公表してからである[26]。俳優の道に進んだ理由も「ゲイが多い業界であったから」というものである[27]。1994年にはゲイゲームズの閉会式で舞台に立ち、「私はサー・イアン・マッケランです。しかし、皆さんは私をセレナと呼ぶことができます」とスピーチしている。「セレナ」は、同じく同性愛者のスティーヴン・フライからナイトを叙勲した際に与えられたニックネームである[28]。

マッケランは各国のLGBT擁護運動に積極的に関与しており、ウェブサイトでは「私は今まで核兵器廃絶、無神論、死刑反対、エイズ撲滅といった問題に参加することを拒んでいました。それは、私が最も懸念する緊急の問題（世界中の同性愛者の権利・平等）に対処するための影響力が薄まることを危惧したからです」と述べている[29]。また、LGBT権利運動を行うロビー団体「ストーンウォール」の共同設立者となっており、この団体の名称はストーンウォールの反乱に由来している[30]。2006年にLGBT権利団体LGBT History Month（英語版）と設立者のスー・サンダース（英語版）への支援を表明し、2007年には若年者やホームレスの同性愛者を支援する団体Albert Kennedy Trust（英語版）の設立を後援した[31][30]。

同性愛をカミングアウトしたのは、1988年に議会で同性愛者の人権を制限する法案（28条）が持ち上がったためである[18]。マッケランは法案に反対する運動に参加し、BBCラジオ3（英語版）の討論番組でペレグリン・ワーストホーン（英語版）との討論中にゲイであると公表している[18][32]。また、恋人と二人で法案に反対するデモ行進に参加した[18]。しかし、法案はスコットランドでは2000年まで、イングランドとウェールズでは2003年まで適用されていた（北アイルランドでは適用されなかった）。2003年、マッケランは『Have I Got News for You（英語版）』のパネルショーに出演中、同性愛反対派のマイケル・ハワードに28条について意見したが、ハワードは意見を変えることを拒んだ。これに対し、マッケランは「Fuck off、私はゲイだ!」と反論している[33]。また、28条を立案したデヴィッド・ウィルシャー（英語版）とジル・ナイト（英語版）を「醜い姉弟」と罵倒している[34]。
私生活イアン・マッケランとパトリック・スチュワート（2013年）

1964年にボルトンの歴史教師ブライアン・テイラーと交際を始める[35]。彼との関係は8年間続いたが、1972年に別れている。二人はロンドンに居住し、マッケランは俳優の道を追求した。1978年には第二のパートナーとなるショーン・マティアス（英語版）とエディンバラ・フェスティバルで出会い交際を始めるが、1988年に別れている。マティアスはその後、2009年にマッケランが監督した『ゴドーを待ちながら』に出演している。

一家は厳格なキリスト教徒だったが、マッケラン自身は無神論者だった[36]。1980年代以降は肉食を止め魚しか食べなくなった[37]。2006年に前立腺癌と診断される[38]。