1944年8月4日の午前10時から10時半頃、隠れ家に潜んでいた8人のユダヤ人は、何者かからの密告を受けて出動したアムステルダム駐留の保安警察（SD）の職員たち（カール・ヨーゼフ・ジルバーバウアー親衛隊曹長と数名のオランダ人ナチ党員）によって逮捕された。彼らを匿っていたヴィクトール・クーフレルとヨハンネス・クレイマンの2人も連行された。しかし女性だったミープ・ヒースとベップ・フォスキュイルは逮捕を免れた。

逮捕されたユダヤ人8人の中で戦後を迎えることができたのは、オットー・フランクのみである。アンネを始めとした他のユダヤ人7名はそれぞれの移送先の強制収容所で死亡する。1947年にコンタクト社から発売された本

保安警察が去ると、ミープ・ヒースとベップ・フォスキュイルは床の上に散乱した文書をすぐに回収した。それらのテキストは、戦後アムステルダムに戻ったオットーに渡された。彼はこの文書を編集してまとめ、アンネやフランク一家をよく知る人のために私家版として配った。やがてこの文書の存在は広く社会に知られるようになり、周囲の声に推され、本格的な出版に踏み切ることになる。初版は1947年にオランダのコンタクト社から発売された。

アンネは隠れ家のことを、その形から『ヘット・アハターハウス（オランダ語: Het Achterhuis＝直訳すると「後ろの家」）』と名づけていたが、これはオランダ語版の『日記』のタイトルとなった。
各国語への翻訳

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アンネはオランダ語で日記を書いており、ミープから原稿を受け取ったオットーが私家版としてドイツ語でまとめたのが最初の翻訳である。1947年にオランダ語で出版に至った『アンネの日記』（オランダ語: Het Achterhuis、『後ろの家』）は1950年にドイツ語訳とフランス語訳が、1952年に英語訳が出版され、イタリア語版、スペイン語版、ロシア語版、日本語版、ギリシャ語版がそれに続いた。1989年と1995年にはそれぞれ新たな英訳が出版され、1995年の英語版は中国語に翻訳された。
日本語訳

日本では、1952年（昭和27年）に、文藝春秋から皆藤幸蔵が英訳本から日本語に翻訳した『光ほのかに - アンネの日記』のタイトルで出版された。その後『光ほのかに』という訳書が他に存在することが判明し、副題だった『アンネの日記』が日本語版の正題となった。文藝春秋社からは1994年（平成6年）に「完全版」としてこれまで収録されなかった記述を加えた深町眞理子訳出のものが発売、2003年には「増補新訂版」が文春文庫から発売されている。

@media screen{.mw-parser-output .fix-domain{border-bottom:dashed 1px}}日本語訳の初版が出版された当初のオランダでは、日本がこの本を発行することに対する抵抗が強かった。原因はかつてオランダは、アジアに持っていた植民地であるインドネシアにおいて、大日本帝国と対峙し追い出された上に、かつて大日本帝国がナチス党政権下のナチス・ドイツの同盟国であることが原因と思われる。訳者の1人が、アムステルダムの本屋で、アンネ・フランクについての文献を探していたところ、市民らから「お前たち日本人に、アンネのことが分かってたまるか!」と店から追いだされたり、本屋によっては「日本人にはアンネの本は売れない」と拒否されたという（訳者の一人[誰?]の「解説」より）。[要出典]
日記のオリジナル性

作家志望だったアンネ・フランクは、手始めに自分の『日記』を出版することを考えており、書き溜めたものを推敲する作業を自ら進めていた。よって、日記にはオリジナル原稿と、彼女自身の清書による改訂稿の2つが存在する。これらはどちらも完全な形では残っておらず、アンネの死後、オットー・フランクによって、オリジナル原稿と改訂稿を相互補完する形で縮約編集された。いわば復元版である。

出版に当たっては、編集の過程で第三者によってさらに本文の削除や修正がほどこされた。削除箇所の多くは母親への辛辣な批判である。その他に第三者に関する批判（ファン・ペルス夫妻など）、若干の退屈なエピソード、性の目覚めに関する記述の削除、ならびに存命中の者のプライバシーを保護するための配慮があった。以上のような編集が加えられたため、書店に並んだ日記はアンネ・フランクが書いたものと一字一句おなじとはいえない。しかし、内容は概ねアンネ・フランク自身のものと一致しており、1960年および1981年の文書鑑定では、「これらの編集作業は日記のオリジナリティーを損なうものではない」と結論づけられた。オットー・フランクの死後、原本はオランダ国立戦時資料研究所に寄付され、そこで科学的調査が行われた。その結果、原本に使われている紙・インク・糊は当時のオランダで入手可能なものであり、原本自体はアンネ自身によって書かれたものであると最終報告された。また1990年、ハンブルク地方裁判所は原本の筆跡がアンネ本人のものであると結論づけた。

なお、削除箇所については後の版で増補されており、2010年現在、原テキストに近い形で刊行されている。また、原本を保管しているオランダ国立戦時資料研究所による「アンネの日記 研究版」では、3種のバージョンの比較、日記の信憑性に対する攻撃の経緯、筆跡鑑定、インクや紙に関する科学的調査などについて研究結果が詳述されている。
日記の真贋に関する論争の歴史

第二次世界大戦後10年の間にアンネ・フランクの名が広く知れ渡り、ドイツの残虐行為が明らかになるにつれ、まずホロコースト否認論者により、アンネへの中傷や、アンネの存在自体への懐疑、日記の信憑性に対する疑問が呈された。

1958年、「アンネが実在したというならば、アンネを捕まえた人間を見つけ出してみせろ」というホロコースト否認論者からの主張を受けて、海外へ逃亡した元ナチス党員やドイツ軍人の戦犯容疑者を捕らえる「ナチ・ハンター」として著名なサイモン・ヴィーゼンタールは、アンネらを逮捕した人物の調査を開始した。ヴィーゼンタールはその人物、元ゲシュタポで、オランダではナチス親衛隊保安部（SD）曹長をしていたカール・ヨーゼフ・ジルバーバウアーを1963年に探し出し、アンネが実在したことを証明した。インタビューによって、ジルバーバウアーは戦時中の行為をすぐさま認め、アンネ・フランクの写真を見て、彼が逮捕した人々の一人であると確認した。彼の供述はオットー・フランクらの供述と合致した。

1959年、アンネの日記は捏造であると勤務先の学校内文書に書いた元ヒトラーユーゲントで、当時は教師をしていたローサー・シュティーラウに対して、オットー・フランクはリューベックで訴訟を起こした。1960年、裁判の結果、法廷は日記が本物であるとの裁定を下した。シュティーラウは主張を撤回し、オットー・フランクはその件についてそれ以上の追及をしなかった。

1970年代中頃、イギリスのホロコースト否認論者デイヴィッド・アーヴィングは、日記は偽物であると表明した。

1976年、日記が偽物であるというパンフレットをフランクフルトで配布したハインツ・ロースに対して、オットー・フランクは訴訟を起こした。裁判所は、ロースがこれ以上そのような声明を出版した場合、50万ドイツマルクの罰金と6か月の懲役を科すとの裁決を下した。1978年と1979年の同様な2つの訴訟については、オットー・フランクのような被害者自身による告訴ではなかったため、言論の自由の見地から裁判所はその訴えを棄却した。

アンネの日記は捏造であると糾弾した2人のネオナチ、エルンスト・レーマーとエドガー・ガイスが逮捕された時、日記の真贋に関する議論は最も白熱した。彼らが上訴している間、歴史家チームがオットー・フランクと協議して原本の調査を行い、日記は本物であると結論したが、1978年にレーマーとガイスの上訴に関して、ドイツの内務省に属する犯罪調査局（Bundeskriminalamt:BKA）は、原本の紙とインクの種類の科学調査を依頼され、「日記をルーズリーフに書く際に使用されたインクは戦時中のものであるが、ルーズリーフに後からなされた訂正は黒、緑、青のボールペンによって書かれている」との報告を裁判所に提出した。BKAはボールペンでの訂正について詳細な証拠を外部に示さなかったが、日記の正当性を疑う人々はこの点に注目した。ボールペンは第二次世界大戦の終戦以前は一般的ではなかったためである（イギリス空軍は大戦中すでに採用していたが、ボールペンがアメリカを中心に大量生産されて普及したのは1945年以後である[3]）。

1986年、原本を保管するオランダ戦時資料研究所は、さらに詳細な科学的調査の結果を報告した。その際、どの部分がボールペンでの訂正部分なのか指摘するように求められたBKAは、その部分を指摘する事が出来なかった。オランダ戦時資料研究所自体は、アンネ・フランクのルーズリーフに挿入されたボールペンによって書かれた2枚の紙を確認していたが、翌1987年、裁判所から筆跡鑑定を依頼されたハンス・オクルマンは、その2枚の紙は彼の母ドロシー・オクルマンがミナ・ベッカーと共同して日記の調査を行ったときにドロシーが書いたものであることを明らかにし、ボールペン問題には決着がついた。