作品の著作権の問題はその後も尾を引き続けた。米国のコミック界では作者のオリジナルな作品やキャラクターでも出版社が著作権を保有するのが一般的だが、当時のDCコミックスはクリエイターの権利を拡大していく方針を取っており[209]、『ウォッチメン』と『Vフォー・ヴェンデッタ』の契約書には「作品が絶版になれば著作権は作者に復帰する」という条項が加えられていた。しかし、年数が経っても2作が絶版になることはなかった[196][210]。ムーアはこれを裏切りとみなした[211]。
インディペンデント期とマッドラブ: 1988年?1993年

メジャー出版社に背を向けたムーアは[212]、自分の書きたいテーマはSF冒険ものやスーパーヒーローのジャンルには収まりきらないと公言し[213]、それらのジャンル作品で確立したポストモダンな作風を社会的な作品に適用し始める[214]。しかし大手出版社・取次から離れた執筆活動は順調に行かず、一般コミックファンからの関心は薄れていった[215][216]。ムーアは後に振り返ってこの時期を原野行の時代[216]一大私的作品期[217]と呼んでいる。

1988年にムーアは個人出版社マッドラブを設立した。エイズ禍が高まる中でマーガレット・サッチャー政権が提出した反同性愛法案「第28条（英語版）」に抗議するのが目的だった[218][219]。このころムーア夫妻はデボラ・デラノという女性と同居して3人でオープンな性的関係を結んでいたため、その種の規制は他人事ではなかった[218]。同年に刊行されたチャリティ・コミック AARGH [注 24]には、ロバート・クラムら錚々たるコミック作家の寄稿に加えて[220]、同性愛の歴史を綴ったムーアの詩 The Mirror of Love が掲載されていた[注 25][220][224]。政治的な主張を込めた同書の出版はムーアにとって転機となった[225]。続いて、米国中央情報局 (CIA) を相手取った連邦訴訟に関わっていた公益法律事務所クリスティック・インスティチュート（英語版）の依頼を受けて、CIAの非合法活動を告発する Shadowplay: The Secret Team[注 26]を書いた。内容はクリスティックが提供した大量の調査資料に基づいていた[226]。徹底した取材によって実在の事件を作品化する経験はその後の執筆活動に影響が大きかった[226][227]。Shadowplay はクリスティックが刊行したアンソロジー Brought to Light（→白日の下へ）（1988年、エクリプス刊）で発表された[228][注 27]。

1990年、コミック自己出版の伝道者デイヴ・シム（英語版）に触発されて自身のマッドラブから Big Numbers を発刊した[230]。『ウォッチメン』に続く代表作として構想された同作は[216]、生地ノーサンプトンをモデルにした英国の地方都市を舞台に、巨大ビジネスが一般人に与える影響とカオス理論[注 28]の概念を組み合わせた社会的リアリズム作品だった[233][234]。