リンカーンが大統領に就任する1か前の1861年2月には、アメリカ政府から違法とされていた連合国新政府が発足していた。各州は民兵部隊を志願し、新政府は一夜にして実質的に何もない状態から自らのアメリカ連合国陸軍の結成を急いだ。4月にアメリカ南北戦争が始まると、アッパーサウスの4つの奴隷州（バージニア州、アーカンソー州、テネシー州、ノースカロライナ州）も脱退して連合国に加盟した。後に連合国軍はミズーリ州とケンタッキー州を南軍の一員として受け入れたが、いずれも公式に離脱を宣言したわけでもなく、連合国軍の支配下にあったわけでもなかった。連合国側は2つの州を支配しようとしたが、後に追放された。アメリカ合衆国政府（連邦、the Union）は分離独立の主張を拒否し、それを違法とみなした。

1861年4月12日、連合国軍がサウスカロライナ州チャールストンの港にあった連邦軍の砦、サムター要塞を攻撃したことから戦争は始まった。イギリスとフランスは交戦団体として連合国側を承認していたため連合国軍のエージェントが民間企業と契約して武器やその他の物資を調達することを認めていたが、正式に外国の諸政府は連合国を独立した国家として認めることはなかった[8][9]。1865年初頭、4年間の激しい戦闘の末、62万人から85万人の戦死者を出した連合国軍は降伏した[10][11]。なお戦争には正式な終結がなかった。1865年末までにはほぼすべての連合国軍は降伏を余儀なくされるか、意図的に解散していた。その時点までには、連合国の人員と資源が減少していたため、連合国軍は圧倒的な困難に直面していた[4]。南北戦争の期間中、アメリカ連合国の大統領であったジェファーソン・デイビスは、連合国が「消滅した」と嘆いた[12]。

戦後、連合国の各州は、奴隷制を禁止するアメリカ合衆国憲法修正第13条を批准した後、復興期に連邦に再加盟した。「失われた大義（Lost Cause）」イデオロギーは、連合国軍の大義はただ一つであるという考え方で、戦後数十年の間に連合国軍の元将軍や政治家の間で、また「連合国軍退役軍人の息子たち」や「連合国の娘たちの連合」のような組織の間で生まれた。特に失われた大義についての活動が激しかった時期は、最後の連合国軍退役軍人が死に始め、彼らの記憶を保存しようとしていた時期である第一次世界大戦の頃と、1950年代と1960年代の公民権運動の間に人種平等のための国民の支持が高まっていたことに反応していた時期であった。連合軍の著名な記念碑を建てたり、学校の歴史教科書を書いたりする活動を通じて、彼らは将来の世代の南部白人がジム・クロウのような白人至上主義政策を支持し続けることを保証しようとした[13]。1950年代と1960年代の復活は、1948年にストロム・サーモンド上院議員のディキシークラットが公民権運動への反対を示すために行ったことに始まった[14][15]。
歴史
背景詳細は「南北戦争の原因」を参照

当時、アメリカ合衆国（USA）は南部と北部との経済・社会・政治的な相違が拡大していた。農業中心の南部では、黒人奴隷労働に依存したプランテーションが盛んで特に綿花をヨーロッパに輸出していた。また農園所有者が実質的に南部を支配していた。イギリスを中心とした自由貿易圏に属することが南部の利益だったため、南部は自由貿易を望んでいた。

北部では急速な工業化が行われており、新たな流動的労働力を必要とし奴隷制を必要としなかった。また、商工業振興のため、保護関税や交通網の整備などが求められ、特に南部に比べて保護貿易への期待が高かった。

南部では、南部の上げた利益が税金などとして北部の重工業化などに使われることへの反発があった。一方で、近代化し都市化する北部が人口の面でも政治・経済・文化の面でも南部を圧倒し、やがてアメリカが北部中心の国となることへの恐れがあった。アメリカを掌握する北部が次第に州の権利を弱め、奴隷制廃止などに対する南部の抵抗も不可能となり、南部の文化は破壊されるだろうという恐怖が南部に広がった。一方で北部には、南部が奴隷制を維持するだけでなく国内に広げようとしているという警戒心があり、奴隷労働が人々の職を奪うことへの危機感があった。

北部で奴隷制度廃止運動の機運が高まると、奴隷労働を必要とした南部は反発し、奴隷制を巡る合衆国内の対立はしだいに大きくなっていった。そこで、奴隷制を認める州（奴隷州）と認めない州（自由州）とを半々とすることによって勢力バランスをとるため、1820年にミズーリ州が奴隷州としてアメリカに加入する代わりに、以後北緯36度30分より北に奴隷州をつくらない、というミズーリ協定が成立した。

しかし米墨戦争の結果、アメリカの領土は太平洋岸まで拡大し、新たに獲得した地域にできた州を奴隷州とするかどうかをめぐり奴隷州と自由州の対立が激化した。結果、カリフォルニア州を自由州として、ニューメキシコ、ユタについては州に昇格する際に住民自らが奴隷州か自由州かを決定すること（人民主権）となった。これによって、南部は奴隷州が少数派となること、すなわち上院議員の数が自由州側の方が多くなることに危機感を抱いた。
連邦離脱

北部を地盤とし、奴隷制拡大に反対して結党された共和党から出馬した大統領候補、エイブラハム・リンカーンが1860年末に合衆国大統領選挙に当選したことから、南部の危機感は頂点に達した。奴隷州の内、まずサウスカロライナ州が、続いてミシシッピ州、フロリダ州、アラバマ州、ジョージア州、ルイジアナ州が合衆国から脱退した。1861年2月4日、これらの州により「アメリカ連合国（CSA）」が結成された。翌日ジェファソン・デーヴィスがアメリカ連合国大統領に選出された。

1か月後の1861年3月4日、エイブラハム・リンカーンが合衆国大統領に就任する宣誓を行った。就任演説で、彼は合衆国憲法が当初の「連合規約」（1781年）より「より完璧な連合」であり、憲法は拘束力のある契約で、合衆国からの脱退は「法律上無効である」と述べた。彼は「南部州に侵入する意図はない」と述べたが、合衆国の財産の所有の維持、合衆国の諸税を徴収するためには実力も行使するとした。彼の演説は、連邦の絆を回復しようという嘆願で閉じた。連合国の各州はこれを無視した。

テキサス州では連合国に対する忠誠の宣言を行なうことを拒絶した知事サミュエル・ヒューストンを代え、3月初頭には連合国に加わった。これら7州は合衆国からの分離独立を宣言し、その境界内の陸軍・海軍の施設、港湾、および税関を管理下に収め、南北戦争の引き金を引いた。
南北戦争と連合拡大連合の範囲。濃い緑はアメリカ連合国（CSA）に加わった諸州、薄い緑は州内の一部勢力が南部につき、CSAがその一部と主張したが実効支配はできなかった州（ミズーリとケンタッキー）および準州（インディアン準州およびアリゾナ準州）、途中でCSAから脱退した州（ウェストバージニア）