アメリカン航空のボーイング767-200ER（N334AA）アメリカン航空11便の飛行経路

ボストン発ロサンゼルス行きアメリカン航空11便（AA011; ボーイング767-200ER型機・機体記号N334AA）は、乗客81人（日本人1人を含む）・乗員11人を乗せ、午前8時00分頃にローガン国際空港を離陸し、ロサンゼルス国際空港に向かった[21][22]。その後、11便は午前8時14分頃に始められたハイジャックにより、コックピットを乗っ取られた[23]。11便は午前8時27分に進路を南向きに変え、午前8時46分にニューヨーク・ロウアー・マンハッタンのワールドトレードセンター・ツインタワー北棟（110階建）に突入し爆発炎上した[23][24]。角度、速度ともに浅い離着陸時の事故と違い、機体の残骸はほとんど原形を留めていなかった。

11便がWTC北棟に衝突する瞬間は、ニューヨーク市消防局Ladder Companyの取材をしていたフランスの映像作家、ノーデ兄弟（英語版）によって撮影されていた[25]。また、ホームビデオや定点カメラに写り込んだ映像も存在する[26]。
ユナイテッド航空175便詳細は「ユナイテッド航空175便テロ事件」を参照

ユナイテッド航空のボーイング767-200（N612UA）ユナイテッド航空175便の飛行経路

ボストン発ロサンゼルス行きユナイテッド航空175便（UA175; ボーイング767-200ER型機・機体記号N612UA）は、乗客56人・乗員9人を乗せ、午前8時14分にローガン国際空港を離陸し（アメリカン航空11便でのハイジャック発生とほぼ同時）、ロサンゼルス国際空港に向かった[27][28]。午前8時42分頃、UA175便のパイロットは離陸直後に耳にした不審な内容の無線（ハイジャックされたアメリカン航空11便からの無線だった）について管制官に報告したが、それから午前8時46分までの間にUA175便もハイジャックされ、コックピットを乗っ取られた[23]。その後、UA175便は午前8時58分にニューヨークへ進路を変え、午前9時03分にWTC・ツインタワー南棟（110階建）に突入し爆発炎上した[23][24]。南棟では北棟の爆発を受けて多くの人が避難を開始していたため、人的被害は北棟よりも少ないが、先に突入を受けた北棟より早く南棟が崩壊している[29]。

11便とは異なり、175便の突入時には、既に多くの人に事態が認識されていたことから、突入の瞬間の映像や写真が多数記録されている[30]。なお、105階に居たエーオン副社長のケビン・コスグローブ（南棟の崩壊時に死亡）が、南棟が崩壊する瞬間まで911番へ電話で状況を伝えていた音声が録音されており[31]、この録音はザカリアス・ムサウイの裁判において証拠として用いられた[32]。