アムネスティは2004年の報告書で[26]、北朝鮮における人権抑圧と食糧危機との関連を指摘した。海外からの食糧援助の配給が北朝鮮当局の手に委ねられる結果として「経済的に活発かつ国家に対し忠誠的である人々に対し配布されており、一方で、最も弱者である集団が無視されている場合がある」、「これは、同国体制に現存する制度的、地域的、社会的偏向を強化するだけである」（和訳書39ページ）という見方も紹介している。また、アムネスティは中国が北朝鮮からの難民を強制送還していることに対し何度か抗議を呼びかけている。

2008年に宋允復（守る会＆NO FENCE 両事務局長）が、アムネスティが北朝鮮の人権問題に消極的である理由をアムネスティ本部の東アジア担当調査官ラジブ・ナラヤンに直接質したところ、ナラヤンは「アムネスティとしては北朝鮮の人権問題に関しては慎重にアプローチすべきであるという判断が立ち、それを日本のアムネスティも支持した」「各国アムネスティから上がってきた意見に誤解がある、認識の過ちがあることは認識したから、それを持ち帰って来年（2009年）2月からロンドンに戻った時に、北朝鮮の問題を積極的にやろうと思う」と答えたという[27]。

2011年9月8日、北朝鮮での人道に反する犯罪を停止する国際連帯（The International Coalition to Stop Crimes Against Humanity in North Korea）をヒューマン・ライツ・ウォッチやFIDHなどと共に結成した。
民衆法廷運動とアムネスティとの関係

日本支部が発行する『アムネスティニュースレター』2003年7月号では「Focus 日本から発進、新しい市民運動」という標題のもとに、ブッシュ米国大統領らを「被告人」とする「アフガニスタン国際戦犯民衆法廷」の呼びかけ人である、前田朗のインタビュー記事を3ページにわたり掲載している。この民衆法廷の「検事団」の事務局長を務めた猿田佐世はアムネスティ日本の活動家で、4年にわたり年次総会議長の要職にあった[28]。ただしアムネスティ・インターナショナルの国際事務局がこの民衆法廷の運動に対し公式に支持を表明したことはない。

アムネスティ・インターナショナルが関わるのは、各国政府や国際連合、国際刑事裁判所などの公的機関を通じての人権侵害加害者の責任の追及であり、アムネスティが直接人権侵害加害者の名前をあげて非難するのは、かなり具体的に責任が明らかにされた場合のみである。これまでに、チリのアウグスト・ピノチェト元大統領、ペルーのアルベルト・フジモリ元大統領などに対して、アムネスティからの非難が行われたことがある。そうした場合でない限り、アムネスティは、政府首班および担当者に対する公式の申し入れという筋を維持している。

ピノチェトが1998年10月に滞在中のイギリスで一時身柄を拘束されるにあたっては、スペインの司法当局の要請がその法的根拠となった。ピノチェトが犯したとされる殺人、拷問などの犯罪はチリ国内（＝スペイン国外）で行われたものであるが、アムネスティは、ジェノサイドや拷問罪などを犯した者に安全な逃げ場を与えないためには、犯罪が行われた場所を問わず責任者を起訴する責務が各国政府にあるとしている（Universal jurisdiction）。

同じくスペイン国立法廷は、法輪功の成員に対する「ジェノサイド」（集団虐殺罪）と「拷問罪」を理由に、元中国共産党中央委員会総書記・江沢民、中央政治局委員・羅幹、薄熙来、賈慶林、呉官正らに対する起訴を2009年11月に認定した[29]。アムネスティはこれまでのところ、この動きに呼応する構えを見せていない。
フジモリ問題に関して

アムネスティは、アルベルト・フジモリ元ペルー大統領の在任時にあった「バリオス・アルトス事件」「ラ・カントゥータ事件」などを取り上げ、こうした人権侵害がフジモリ元大統領の了承の下で行われた可能性があるとして、元大統領の責任を追及するキャンペーンを世界中で展開している。2003年11月の『アムネスティニュースレター』では「フジモリ氏に裁きを」という特集記事を組んで、日本滞在中（法務省の説明によれば日本とペルーの二重国籍にもとづき「帰国中」）のフジモリ元大統領のペルーへの送還を求めていた。

フジモリが国民新党の公認候補として2007年の第21回参議院議員通常選挙に立候補した際は、アムネスティ日本はピースボートなどの他団体とともに「重大犯罪の容疑者であるフジモリ氏が向かうべきは、日本の国会ではなく、ペルーの裁判所である」とする共同声明を発表した[30]。公職選挙における特定の候補者に対して立候補したこと自体を批判する声明は、法的根拠のない権利制限[注釈 1]を被疑者に課することに通常反対するアムネスティとしては異例である。