ハイイロアホウドリ属 Phoebetria
モリモーク属 Thalassarche
ミズナギドリ科 Procellariidae
モグリウミツバメ科 Pelecanoididae
ウミツバメ亜科 Hydrobatinae
アシナガウミツバメ亜科 Oceanitinae
アホウドリ科はミズナギドリ目の1科で、目の基底付近（おそらくアシナガウミツバメ亜科の次）に分岐した。古くから科とされてきたが、Coues (1864, 1866)[11]や Sibley & Ahlquist (1990) はミズナギドリ科を広くとり（現在のミズナギドリ目に当たる）、ミズナギドリ科アホウドリ亜科 Diomedeinae とした。
以前はアホウドリ属Diomedea とハイイロアホウドリ属の2属で本科が構成されていた[2]。しかしミトコンドリアDNAのシトクロムbの分子系統学的解析から本科内に4つの単系統群が認められるとして、アホウドリ属をオオアホウドリ属、キタアホウドリ属、モリモーク属に分割する説が有力とされる[12]。
彼らはさらに、従来は13?14種に分類されていた種も分割した。最大で24種とする説が現れたが、ただしそのうちいくつかの種は再統合することが主流で、国際鳥類学会議 (IOC)[13]は21種を認める。たとえば、ハジロアホウドリはタスマニアアホウドリ・オークランドワタリアホウドリ・サルビンアホウドリ・チャタムアホウドリの4種に分割されたが、Burg & Croxall (2004)[14]は大枠ではそれを認めつつもタスマニアアホウドリとオークランドワタリアホウドリの間に遺伝的差異はないとした。
属と種ほか[16]などより。
Phoebastria キタアホウドリ属 (Diomedea から分離)
Phoebastria immutabilis, Laysan Albatross, コアホウドリ
Phoebastria nigripes, Black-footed Albatross, クロアシアホウドリ
Phoebastria irrorata, Waved Albatross, ガラパゴスアホウドリ
Phoebastria albatrus, Short-tailed Albatross, アホウドリ
Diomedea ワタリアホウドリ属
Diomedea exulans, Wandering Albatross, ワタリアホウドリ
Diomedea antipodensis, Antipodean Albatross, アンティポデスアホウドリ
Diomedea amsterdamensis, Amsterdam Albatross, アムステルダムアホウドリ
Diomedea dabbenena, Tristan Albatross, ゴウワタリアホウドリ
Diomedea epomophora, Southern Royal Albatross, ミナミシロアホウドリ
Diomedea sanfordi, Northern Royal Albatross, キタシロアホウドリ
Phoebetria ハイイロアホウドリ属
Phoebetria fusca, Sooty Albatross, ススイロアホウドリ
Phoebetria palpebrata, Light-mantled Albatross, ハイイロアホウドリ
Thalassarche モリモーク属 (Diomedea から分離)
Thalassarche melanophris, Black-browed Albatross, マユグロアホウドリ
Thalassarche impavida, Campbell Albatross, キャンベルアホウドリ
Thalassarche cauta, Shy Albatross, ハジロアホウドリ
Thalassarche eremita, Chatham Albatross, チャタムアホウドリ
Thalassarche salvini, Salvin's Albatross, サルビンアホウドリ
Thalassarche chrysostoma, Grey-headed Albatross, ハイガシラアホウドリ
Thalassarche chlororhynchos, Atlantic Yellow-nosed Albatross, ニシキバナアホウドリ
Thalassarche carteri, Indian Yellow-nosed Albatross, ヒガシキバナアホウドリ
Thalassarche bulleri, Buller's Albatross, ニュージーランドアホウドリ
種分類対照表
以下に分類対照表を示す。アムステルワタリアホウドリはIOCに従いワタリアホウドリに含まれていたとした。BirdLife International (2006)[16]による個体数（多くは不確実だが幅があるものは平均とした）とその増減傾向、IUCNレッドリストによる評価（右図を参照）を付記する。
旧分類新分類IOC推定個体数増減IUCN
コアホウドリ D. immutabilisコアホウドリ Phoebastria immutabilis0874000↓VU
クロアシアホウドリ D. nigripesクロアシアホウドリ Phoebastria nigripes0109000↓EN
ガラパゴスアホウドリ D. irrorataガラパゴスアホウドリ Phoebastria irrorata0034694↑CR
アホウドリ D. albatrusアホウドリ Phoebastria albatrus0002100↑VU
ワタリアホウドリ D. exulansワタリアホウドリ D. exulans0028000↓VU
アンティポデスアホウドリ D. antipodensisアンティポデスアホウドリ
D. antipodensis0016192?VU
オークランドワタリアホウドリ D. gibsoni
アムステルダムアホウドリ D. amsterdamensis0000080↓CR
ゴウワタリアホウドリ D. dabbenena0012000↓EN
シロアホウドリ D. epomophoraミナミシロアホウドリ D. epomophora0016800→VU
キタシロアホウドリ D. sanfordi0013500↓EN
ススイロアホウドリ Phoebetria fusca0042000↓EN
ハイイロアホウドリ Phoebetria palpebrata0058000?NT
