多くのLinuxディストリビューションや他のUnix系システムでは、ユーザーがコマンドラインツールを使用して自身のシステム[注 7] にインストールしたソフトウェアを自動的に管理できるようになるパッケージマネージャーで知られるツールを提供しているが、新たなソフトウェアや適切な動作に必要なパッケージは単一プロセスでローカルもしくはリモートミラー（英語版）から取り出したり自動インストールすることができる。Unix系オペレーティングシステムにおいて有名なパッケージマネージャーといえばpkgsrc、DebianのAPT、YUM、GentooのPortage（ほとんどのパッケージマネージャーと異なり、実行ファイルに代わって自動的にコンパイルされるソースコードで構成されるパッケージを配布している）。一部のパッケージマネージャーには利用可能なパッケージを閲覧したり操作を実行したりできるSynaptic[注 8] のようなグラフィカルフロントエンドソフトウェアが搭載されている。
1996年、SUSE Linuxディストリビューションに、自身のアプリケーションリポジトリに対応したYaSTが搭載された。Mandriva Linuxには、Rpmdrakeと呼ばれるGUIフロントエンドを付けたurpmiが搭載された。2003年にはYUP[注 9] の後継としてYUMがFedoraとRed Hat Enterprise Linuxに搭載された。
1997年、BeOSに対応したサードパーティ製ストアとパッケージマネージャー（SoftwareValet）でありBeDepot[注 10] がスタートし、2001年まで運営された。BeDepotは商用、無料両方のアプリケーションの提供や更新処理に対応していた。
2002年、商用LinuxディストリビューションであるLinspire[注 11] はClick'N'Run（英語版） (CNR)というストアを立ち上げた。年会費を払えばユーザーはCNRを通じてワンクリックで無料・有料アプリケーションをインストールすることができた。ドク・サールズ（英語版）は、CNRの使いやすさがデスクトップLinuxを更に普及させるだろうと予測していた[5]。
2003年、Handangoがスマートフォンでソフトウェアを検索、インストール、購入することができる初めての端末搭載ストアを立ち上げた。アプリケーションのダウンロードや購入をコンピュータとの同期する必要がない状態のまま直接スマートフォンのみで可能となった。また、ストアであアプリケーションの説明、レーティング、スクリーンショットが掲載されていた。
2005年、Nokia 770 Internet Tabletに簡単にインストールできるアプリケーションのリポジトリに対応したグラフィカルフロントエンドが搭載された[注 12]。
有名LinuxディストリビューションであるUbuntu[注 13] はバージョン9.10でSynapticの代替であるUbuntu Software Centerというグラフィカルソフトウェアマネージャーが搭載された[6]。2010年10月公開のUbuntu 10.10ではSoftware Centerは自身のリポジトリにある既存のソフトウェアのみならず特定のアプリケーション[注 14] を購入できるようになった[7]。 2007年、アップルコンピュータ（現・Apple）は自社初のスマートフォンであるiPhoneをリリースした。発売当初、サードパーティー製ソフトウェアに対応しておらず、アップルのスティーブ・ジョブズCEOはウェブアプリケーションをインターネット上のクラウドで配布することでほとんどのユーザーへ必要な機能を十分に提供できると考えていたが、開発者はiPhoneを脱獄しInstaller.app
AppleとApp Store
アップルは2008年7月、iPhone OS 2.0を公開した時、アップルが正式にサードパーティー製アプリケーションの開発と配布に対応したプラットフォームであるApp Storeをオープンした。ユーザーは対応端末上のApp Storeやデスクトップ対応ソフトウェア版iTunes上のiTunes Storeで新たなアプリケーションの購入とダウンロードが可能になった。