2014年アフガニスタン大統領選挙に立候補。2014年9月29日、アシュラフ・ガニーがアフガニスタン第2代大統領に就任し、大統領選の決選投票で敗れたアブドラも首相格の行政長官に就任した[7]。

2019年9月28日に執行された大統領選挙は2020年2月18日に選挙管理委員会が結果を確定させ、得票率50.64%のガニーの再選が決定したがアブドラは選挙結果を認めず、同年3月9日にガニーが2期目の就任宣誓を行った数分後にアブドラも独自に大統領就任宣誓を行うなど、ガニーの2期目は波乱のスタートとなった[8][9]。5月17日にガニーと新政権樹立で合意し、権限を両者で分け合うこととしたほか、アブドラは新設される国家和解高等評議会の議長に就任し、ターリバーンとの和平交渉を主導することとなった[10]。

しかしアメリカ合衆国は2021年8月末までのアフガニスタンからの撤退を進め、それに伴いターリバーンは次々に主要都市を制圧。アブドラはガニーに対して大統領辞任を要求したが[11]、15日にターリバーンがカーブルに迫るとガニーはタジキスタンに向けて出国したことを内務省高官が発表し、後にアブドラもこれを確認。この困難な状況に国を去ったガニーに対し、神は責任を負わせるべきだと批判を行った（2021年ターリバーン攻勢）[12][13][14]。
脚注^ ⇒“Dr. Abdullah Abdullah”. www.khaama.com. ⇒http://www.khaama.com/dr-abdullah-abdullah 2015年1月30日閲覧。 
^ “ ⇒The Transition to Democracy in Afghanistan and the Challenges Ahead”. Council on Foreign Relations (2002年10月17日). 2015年1月30日閲覧。
^ a b Abdullah, Abdullah. “ ⇒Dr. Abdullah Abdullah: In His Own Words”. 2015年1月30日閲覧。
^ “Afghan President Karzai appoints new cabinet”. Pakistan Times. (2004年12月24日). ⇒オリジナルの2009年5月17日時点におけるアーカイブ。. https://web.archive.org/web/20090517044236/http://pakistantimes.net/2004/12/24/top5.htm 2009年5月15日閲覧。 [リンク切れ]
^ ⇒“Afghan opposition says new parliament can check Karzai”. Reuters. (2010年11月24日). ⇒http://www.reuters.com/article/idUSTRE6AN2TM20101124 
^ ⇒“2010 Afghan Parliamentary Election: Checks and Balances of Power”. Khaama Press. (2010年12月9日). ⇒http://www.khaama.com/?p=1302 
^ “アフガニスタン　ガニ新大統領が就任”. 産経ニュース (産経新聞). (2014年9月29日). https://web.archive.org/web/20140930150154/http://sankei.jp.msn.com/world/news/140929/asi14092917290002-n1.htm 2015年1月24日閲覧。 
^ “アフガン大統領選、5カ月経って結果確定　現職が再選”. 朝日新聞. (2020年2月18日). https://www.asahi.com/articles/ASN2L7R2FN2LUHBI02V.html 2020年3月10日閲覧。 
^ “アフガンのガニ大統領と対立候補が同時に就任宣誓、最中に爆発音”. AFPBB News. フランス通信社. (2020年3月9日). https://www.afpbb.com/articles/-/3272442 2020年3月10日閲覧。 
^ “大統領選で混乱のアフガン 大統領と対立候補が連携し新政権へ”. NHK NEWSWEB. NHK. (2020年5月18日). https://web.archive.org/web/20200517193512/https://www3.nhk.or.jp/news/html/20200518/k10012434151000.html 2020年5月18日閲覧。 
^ “ガニ大統領の去就焦点　攻勢タリバン、辞任を要求―政府停戦模索か・アフガン”. 時事ドットコム. 時事通信社. (2021年8月14日). https://web.archive.org/web/20210814114452/https://www.jiji.com/jc/article?k=2021081400318&g=int 2021年8月15日閲覧。 
^ Afghan Pres Ghani leaves for Tajikistan - interior ministry official ロイター 2021年8月15日配信 2021年8月15日閲覧
^ “アフガン大統領が出国と報道”. 共同通信. (2021年8月15日). https://web.archive.org/web/20210815140127/https://nordot.app/799638907697790976 2021年8月15日閲覧。 
^ “Afghan president Ghani flees the country as the Taliban moves on Kabul”. CNBC. (2021年8月15日). https://www.cnbc.com/2021/08/15/afghan-president-ghani-leaves-the-country-as-the-taliban-moves-on-kabul.html 2021年8月16日閲覧。