ターリバーン統治時代（1996年?2001年）、バラダルは様々なポストに就任しており、ヘラート州とニームルーズ州の知事[17][18]、および/またはアフガニスタン西部の軍団司令官であったと伝えられている[15]。米国務省の未分類文書では、彼は元陸軍参謀副長および中央陸軍軍団（カーブル）の司令官とされている[19]が、インターポールは彼がターリバーンの国防副大臣であったと報告している[12]。
アフガニスタン紛争 (2001年-2021年)詳細は「アフガニスタン紛争 (2001年-2021年)」を参照

2001年9月11日の同時多発テロの後、アメリカはアフガニスタンに侵攻し、アフガニスタン内部の協力を得てターリバーンを退陣させた。バラダルはアメリカが支援する北部同盟と戦った。ニューズウィーク誌によれば、ターリバーンの防衛力が崩壊しつつあった2001年11月に「オートバイに飛び乗って、旧友（オマル）を山の中の安全な場所まで送った」という。[15]ある話によれば、米国と連携したアフガニスタン軍が、同月にバラダルと他のターリバーン幹部を実際に捕らえたが、パキスタンの諜報機関が解放させたという[20]。また、オランダ人記者のベット・ダムは、反ターリバーン勢力を作るためにアフガニスタンに入国したハーミド・カルザイの命を、バラダルが救ったという話を紹介している[21]。

2001年12月のボン合意に基づいてアフガニスタン新政府が組織され、ハーミド・カルザイが暫定指導者、後にアフガニスタン大統領に就任し、バラダルは国際部隊や新政府の軍と戦うこととなった。2007年にヘルマンド州で殺害されたバラダルのライバル、ムッラー・ダードゥラーを含め、最初の侵攻から数年で多くの同僚のターリバーン幹部が殺された。バラダルは、最終的に指導者評議会、クエッタ・シューラを率いてターリバーンの事実上のリーダーとなり、隣国パキスタンから反乱を指揮した。気質的には「昔ながらのパシュトゥーンの部族長」、合意形成者として行動していると言われている。[15]

軍事活動と並行して、バラダルは2004年と2009年に和平交渉の開始を試みていたと伝えられており、[15]和平合意の交渉相手として重要人物と見られている[22][23]。
2010年2月の逮捕

2010年2月8日朝、バラダルはパキスタン南部カラチ近郊で襲撃を受け逮捕された[5][24][25][26][27]。米政府関係者は、この逮捕がターリバーンとの戦闘における「ターニングポイント」になると主張した[25]。パキスタンが逮捕を確認したのは1週間以上経ってからであり[28]、パキスタン当局のレフマーン・マリク内相は米パ共同作戦であることを否定した[29]。他の情報筋は、この逮捕は幸運なアクシデントであり、米国から提供された情報に基づいた襲撃で他の人物と一緒に逮捕されたと示唆している[30]。