ソ連＝アフガニスタン国境およびアフガニスタン領内でのソ連軍の増強に対し、12月15日アメリカ国務長官ヴァンスは、駐モスクワ大使に、グロムイコ外相と即時面会しソ連軍増強への説明を求めるように指示した。また、ヴァンスは、一方的な軍増強は、1972年5月の米ソサミットで合意された、米ソ両国は友好関係を尊重するという原則に反する、と抗議した。ソ連側はアメリカの抗議をはねつけた[37]。

1979年12月25日午後3時、ソ連はアフガニスタンへの軍事侵攻作戦を開始した。12月27日夕刻、KGB特殊部隊がアミーンの官邸を攻撃し、アミーンを処刑、バブラク・カールマル副議長を革命評議会議長兼大統領兼首相に擁立した[38]。　以後、ソ連軍および政府軍とこれに抵抗するムジャーヒディーンとの戦闘がさらに激化する。

1982年、国連総会において、外国軍の撤退を要求する国連決議（37/37）が採択される。

1987年、ムハンマド・ナジーブッラーが大統領に就任。国名をアフガニスタン共和国に戻す。

1988年、「アフガニスタンに関係する事態の調停のための相互関係に関する協定」が締結。ソ連軍の撤退と国際連合アフガニスタン・パキスタン仲介ミッション設置が決定される。

1989年、ソ連軍撤退完了。各国から参加したムジャーヒディーンの多くも引き上げた。しかし、戦後も国内のムジャーヒディーン各派は人民民主党政府打倒を目指して武装闘争を続けた。「アフガニスタン戦争における女性たち（英語版）」も参照
ソ連軍の撤退後、ターリバーン政権の統治カーブルでインタビューを受けるビン・ラーディン（1997年）1996年時点のアフガニスタン、赤と緑の北部同盟、黄色がターリバーンの支配地域

1996年までに、国の大部分がイスラム原理主義勢力のターリバーンに取り込まれ、全体主義的な政権によって支配された。1989年、ソ連軍撤退後の国内支配をめぐってアフガニスタン紛争 (1989年-2001年)が始まる。2月にアフガニスタン国内のムジャーヒディーン各派はシブガトゥッラー・ムジャッディディーを暫定国家元首に指名、ジャラーラーバードの戦いでナジーブッラーが率いる人民民主党政府と戦うも敗北する。

1992年、ナジーブッラー政権崩壊。ムジャーヒディーンのジャマーアテ・イスラーミー（ペルシア語版、ロシア語版、英語版）（イスラム協会、ラッバーニー派）主導によるアフガニスタン・イスラム国が成立。

1993年、イスラム協会のブルハーヌッディーン・ラッバーニー指導評議会議長が大統領に就任。

1994年、内戦が全土に広がる。ターリバーン、パキスタンの北西辺境州（旧北西辺境州（英語版）がパキスタン領となったもの）から勢力を拡大。

1996年、ターリバーンがカーブルを占領し、アフガニスタン・イスラム首長国の成立を宣言する。アフガニスタン・イスラム国政府とムジャーヒディーンの一部が反ターリバーンで一致、北部同盟[注釈 3]（マスード派とドスタム派）となる。同年、米国の指示によりスーダン政府はウサーマ・ビン＝ラーディンの国外追放を実行、ビン＝ラーディンの率いるアル・カーイダがアフガニスタン国内に入り、ターリバーンと接近する。

1997年、第一次マザーリシャリーフの戦い（英語版）でターリバーンが敗北。

1998年、第二次マザーリシャリーフの戦いでターリバーンが勝利。ドスタム派を駆逐してアフガン全土の9割を掌握するが、イラン領事館員殺害事件が発生。イランとターリバーンの双方が国境付近に兵を集結させ、一触即発の危機を招いたが、ラフダル・ブラヒミ国連特使の仲介により危機が回避された[40]。また、ケニアとタンザニアで起きたアメリカ大使館爆破事件に伴うアル・カーイダ引き渡し要求をターリバーンが拒否したため、アメリカとの関係が緊張化する。

1999年、ターリバーン支配地域に対する経済制裁を定めた国際連合安全保障理事会決議1267（英語版）が採択される。

2000年、ターリバーン支配地域に対する追加経済制裁を定めた国際連合安全保障理事会決議1333（英語版）が採択される。

2001年3月2日、ターリバーンがバーミヤンの石仏を爆破する。9月10日、北部同盟のアフマド・シャー・マスード司令官が、自称アルジェリア人ジャーナリスト2名による自爆テロで死亡した。9月16日、マスードの遺体が故郷パンジシールで埋葬された。ターリバーン情報省が全土要塞化を宣言し、徹底抗戦姿勢を示す。9月25日、サウジアラビアがターリバーンとの断交を決定。9月26日、閉鎖されたままのアメリカ大使館が、カーブル市民によって襲撃される。
アフガニスタン紛争詳細は「テロとの戦い」を参照
多国籍軍による攻撃と暫定政権の樹立アメリカ同時多発テロ事件（2001年9月11日）アフガニスタンに向けて発射されるミサイル

2001年のアメリカ軍侵攻後にターリバーンは権力から排除されたが各地で勢力を温存。政府とターリバーンとの間で続いた戦争は、アフガニスタンの人権や女性の権利に関する問題をさらに悪化させ、一般市民の殺害、誘拐、拷問など、双方による多くの虐待が行われた。

2001年10月2日、アメリカ同時多発テロ事件を受けて北大西洋条約機構（NATO）がアルカーイダを匿うターリバーン政権に対して自衛権の発動を宣言。10月7日、アメリカ軍が不朽の自由作戦の名の下で空爆を開始、イギリスも参加。北部同盟も地上における攻撃を開始。これよりアフガニスタン紛争 (2001年-2021年)が開始される。11月13日、北部同盟は、無血入城でカーブルを奪還した。年末にターリバーン政権崩壊。11月22日、パキスタン政府がターリバーンとの断交を決定し、駐イスラマバードアフガニスタン大使館を閉鎖した。11月27日、空爆が続くなか、国連は新政権樹立に向けた会議をドイツのボン郊外で開催した。会議には北部同盟、国王支持派のローマ・グループ、キプロス・グループ、そしてペシャーワルからのグループが参加した[注釈 4]。11月29日、行政府に相当する暫定行政機構の設立案について合意した。12月5日、暫定行政機構人事で各派間の確執があったが、国連の調整で、議長にパシュトゥーン人のハーミド・カルザイを据え、暫定政権協定の調印が実現した（ボン合意）。アフガニスタン主要4勢力、暫定政権発足とその後の和平プロセスで合意。国際連合安全保障理事会決議1386にもとづき国際治安支援部隊（ISAF）創設、カーブルの治安維持にあたる。