※第1・2回は「部門賞・演出部門」の名称で授与。
特別賞

第1回藤子・F・不二雄（漫画家）
第2回野沢雅子（声優）
第3回大塚康生（アニメータ?）
第4回小山高生（脚本家）
第5回斯波重治（音響監督）
第6回大河原邦男（メカニックデザイナー）
第7回丸山正雄（プロデューサー）
第8回松本零士（漫画家）
第9回渡辺繁（プロデューサー）
第10回九里一平（ゼネラルプロデューサー）
第11回グループ・タック（制作会社）
大山のぶ代・小原乃梨子・野村道子・肝付兼太・たてかべ和也（声優）
第12回高畑勲（監督）
第13回辻真先（作家・脚本家）
第14回雪室俊一（作家・脚本家）
第15回株式会社美峰（アニメーション背景美術）
第16回出�ｱ統（監督）
名探偵コナン製作チーム
第17回株式会社サンジゲン（3DCGアニメーション）
第18回河森正治（アニメ監督、メカデザイナー、ビジョンクリエイター）
プリキュアシリーズ製作チーム
第19回株式会社京都アニメーション（制作会社）
第20回安彦良和 (漫画家、アニメーター、アニメ監督)

※第1回は「読売賞」の名称で授与。
作品賞・劇場部門

第1回GHOST IN THE SHELL / 攻殻機動隊
第2回（劇場映画の部）もののけ姫
（会場特別賞）新世紀エヴァンゲリオン劇場版 シト新生
新世紀エヴァンゲリオン劇場版 Air/まごころを、君に
（神戸市民特別賞）地球が動いた日
第3回劇場版ポケットモンスター ミュウツーの逆襲
第4回劇場版カードキャプターさくら
第5回劇場版カードキャプターさくら 封印されたカード
第6回千と千尋の神隠し
第7回猫の恩返し
第8回千年女優
第9回イノセンス
第10回機動戦士Ζガンダム?星を継ぐ者?
第11回時をかける少女
第12回パプリカ
第13回ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序
第14回ウォーリー
第15回涼宮ハルヒの消失
第16回劇場版マクロスF?サヨナラノツバサ?
第17回映画けいおん!
第18回言の葉の庭
第19回劇場版 魔法少女まどか☆マギカ［新編］叛逆の物語
第20回攻殻機動隊 新劇場版

※第1・2回は「劇場映画の部」の名称で授与。第2回は他に「会場特別賞」「神戸市民特別賞」も授与。
作品賞・テレビ部門

第1回新世紀エヴァンゲリオン
第2回少女革命ウテナ
第3回カウボーイビバップ
第4回∀ガンダム
第5回無限のリヴァイアス
第6回機動天使エンジェリックレイヤー
第7回ラーゼフォン
第8回機動戦士ガンダムSEED
第9回鋼の錬金術師
第10回巌窟王
第11回涼宮ハルヒの憂鬱
第12回コードギアス 反逆のルルーシュ
第13回コードギアス 反逆のルルーシュ R2
第14回東のエデン
第15回けいおん!!
第16回魔法少女まどか☆マギカ
第17回ゆるゆり
第18回進撃の巨人
第19回ラブライブ!
第20回SHIROBAKO

※第1・2回は「テレビ番組の部」の名称で授与。
作品賞・パッケージ部門

第1回KEY THE METAL IDOL
第2回新機動戦記ガンダムW Endless Waltz
第3回サクラ大戦2 ?君、死にたもうことなかれ?
サクラ大戦 桜華絢爛
第4回青の6号
第5回シェンムー 1章 横須賀
第6回グランツーリスモ3 A-spec
第7回ほしのこえ The voices of a distant star
第8回戦闘妖精雪風
第9回ジャングルはいつもハレのちグゥ FINAL
第10回トップをねらえ2!
第11回リーンの翼
第12回攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX Solid State Society

※第1・2回は「オリジナル・パッケージ・ソフトの部」の名称で授与。
作品賞・ネットワーク部門

第1回ジャングルパーク
第2回新世紀エヴァンゲリオン 鋼鉄のガールフレンド
第5回「ポケットモンスター金」「ポケットモンスター銀」
第6回ファンタシースターオンライン
第7回ファイナルファンタジーXI
第8回Grand-Ma
第9回スキージャンプ・ペア
第10回まゆとろ THE TOONS