8月クーデターではレニングラードにあって、ゲンナジー・ヤナーエフ副大統領らの国家非常事態委員会を非難し、ミハイル・ゴルバチョフ書記長の復帰を求めた。同時に現地軍幹部に接触し、クーデター側に着かないように説得に成功した。クーデターの失敗を受けて、「レニングラード」から「サンクトペテルブルク」の旧称を復活させた。11月7日行われた十月革命記念日で軍事パレードを廃止し、代わりに「万歳、サンクトペテルブルク」という市民集会を開催した。この催しにサプチャークは、国外に亡命していたロマノフ家家長のウラジーミル・キリロヴィチ・ロマノフ大公を招聘して、新生サンクトペテルブルクを再びヨーロッパに向かって開かれた窓にすることを宣言した。サプチャークの葬儀で顔を合わせるプーチンとサプチャークの遺族（2000年）
1994年6月、レニングラード大学の教え子に当たるプーチンを第一副市長に任命する。プーチンは市政でその手腕を発揮し、後にこれがきっかけで中央政界に進出することになる。1996年6月サンクトペテルブルク市長選の決選投票で部下のウラジーミル・ヤコブレフ第一副市長に僅差で敗北した[3]。1997年、国有財産横領の嫌疑をかけられ、一時フランスに亡命していたが、かつての部下のプーチンが1999年に首相に就任すると、ロシアに帰国した。
2000年2月16日にミーティングを行なった少しあと、2月20日にプーチンの大統領選挙の支援活動の旅行中にカリーニングラード州スヴェトロゴルスクで急死した。公式の死因は心臓発作とされているが、ジャーナリストのアンドレイ・カラウロフ（Andrei Karaulov）によれば、医療専門家2名の見解はそれに矛盾している[4]。サプチャークの死の犯罪捜査は2000年5月6日に一度だけ、二ヶ月以上後に、開かれた[5]。ヴァレリヤ・ノヴォドヴォルスカヤ（英語版）率いる民主同盟（英語版）の公式声明によれば、サプチャークだけでなく他にも彼の二人の協力者が同時に、毒薬の投与を示す心臓発作で死亡している[6]。他の二人は、サプチャークの死に同席していたが、彼らの名前は一般には公表されていない[4]。 有力な急進改革派政治家の旗手の一人として、法律知識の豊かさとテレビ映りの良さ、そして最大の武器であった弁舌力によって短期間でロシア政治の風雲児となった。しかし、反面、雄弁であるが故、相手に対する批判が峻烈極まりなく、ソフトイメージや温和性を欠いていたきらいは拭えなかった。また、インテリゲンツィヤにありがちな陥穽（かんせい）として、現実と理論が対立する場合、理論の方を優先しがちで実質的な行政手腕は劣り気味であったという人物評価もされていた。さらに権力者となったサプチャークは市長権限を濫用し、市民の支持を失っていった。
エピソード
脚注^ Сахаров А. Д. Конституция ⇒Союза Советских Республик Европы и Азии (проект) (рус.). Архив Сахарова. Фонд Андрея Сахарова. Архивировано из первоисточника 15 февраля 2012.
^ Sarker, Sunil Kumar. The Rise and Fall of Communism. ? New Delhi: Atlantic Publishers & Distributors, 1994 ? P.93. ? 162 p. ? ISBN 81-7156-515-8.
^ “｢恩人を裏切るなら出世させる｣そんな誘いに若きプーチンはどう応じたか 佐藤優｢だから彼は独裁者になれた｣”. PRESIDENT Online（プレジデントオンライン） (2021年5月29日). 2023年3月15日閲覧。
^ a b ⇒http://sobchak.org/rus/main.php3?fp=f02110200_fl000260
^ ⇒http://sobchak.org/rus/main.php3?fp=f02110200_fl000282
^ ⇒http://www.ds.ru/arch/a2000/041200n.htm
関連項目
クセーニア・サプチャーク（ロシア語版、英語版） - アナトリー・サプチャークの次女。2018年ロシア大統領選挙に出馬。
公職
先代
アレクサンドル・シェルカノフ（ロシア語版）
レニングラード市ソビエト（ロシア語版）執行委員会議長 サンクトペテルブルク市長
初代?1991年6月26日 - 1996年6月5日次代
ウラジーミル・ヤコブレフ
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