世界は、中東戦争を契機に勃発したEC・米対ソ連による核戦争（第三次世界大戦）後、戦後に勃興したECと被害が少なかったアジア諸国(後に大東合衆国を結成)との間で摩擦が生じ、日本への核攻撃を契機としてEC・米と第四次非核大戦が勃発、2026年にアジア側が勝利して「地球統一ブロック」が樹立される。

この期間に電脳技術やバイオテクノロジー、核汚染除去の為のナノテクノロジー、マイクロマシン技術が飛躍的に発展、宇宙開発も月に都市を建設出来るまで発展し、終戦後には火星のテラフォーミングが行われる。

2100年頃まで地球全土で戦災からの復興活動が進められるが、2125年に勃発した世界規模の武力紛争「大戦」により再度荒廃し、第四次世界大戦の頃から北大西洋のアゾレス諸島とカナリア諸島の間に密かに建設が進められていた人工島オリュンポスに設置された総合管理局が台頭、世界をその影響下に置いている。

2127年、逃亡生活を続けていたデュナンと戦闘サイボーグであるブリアレオスは、ヒトミと名乗る少女から総合管理局の調停による停戦の知らせと“オリュンポス”への招待を受け、総合管理局の内務省部隊、ESWAT（ESpecially Weapon And Tactics）に所属して対テロ作戦などに加わる。その中で巨大な計画、旧大国の策謀が明らかになっていく。
あらすじ

第五次大戦後、国家や情報網は破壊され尽くし、デュナンとブリアレオスは廃墟となった無人都市を転々としながら流浪の日々を送っていた。他にどれぐらいの人間が生き残っているのかも分からない状況の中、突然来訪した若い女性・ヒトミによってオリュンポスへの移住を持ちかけられ、デュナンとブリアレオスは疑うが、警察官 (SWAT) として復職できる望みから受諾する。やがてオリュンポスに着いたデュナンとブリアレオスを待っていたのは、戦後世界とは信じられないほど、清潔かつ高度で豊かな都市だった。

オリュンポスは人類がついに建設した理想郷とされているうえ、人口の半分を占める人為的にコントロールされて生まれた人間・バイオロイドが人間同士の無用な衝突を避ける緩衝剤として機能しており、人間とバイオロイドの関係性が精妙に描かれている。デュナンとブリアレオスは「ゲスト」としてオリュンポスで暮らし始め、やがて特殊部隊の隊員として「復職」する。

しかし、当初は理想郷に見えたオリュンポスも人の業を脱することはまだできておらず、さまざまな問題を抱えていた。戦争の後遺症とも言えるテロリズム、オリュンポス行政院と立法院の対立、他国との駆け引き、ライフサイエンス解禁によって科学技術が人間や社会の在り様にまで干渉する。デュナンとブリアレオスは、オリュンポスを巡るさまざまな思惑や陰謀に巻き込まれていく。
登場人物
主要人物
デュナン・ナッツ
2105年誕生。女性。父はカール・ナッツ。かなり複雑な混血。幼少時より、父であるSWATの指揮官・カールの指導により、年齢に似合わぬ戦闘能力と状況判断能力を持つ。利き腕は右腕だが左腕でも銃等が扱えるように訓練されている。目も同様。体内にESWATの標準装備である数種のプラントが埋め込んである。これは大抵の薬物やウイルスはろ過でき、特にクロロホルムB、リシンは十分防ぐことが出来る。なお、この設定は後に血液中に投与されるマイクロマシンに改められた。大戦後はブリアレオスと共に廃墟生活を送っていたが、2127年オリュンポスに移住、市警SWATを経て行政院ESWATに入隊する。性格は、戦いを楽しむところが無いではないが、戦闘狂というほどでもなく、仕事の達成を第一とするプロ意識の持ち主。恋愛に頬を染めるなど情緒が無いわけでもなく、むしろ晩生。ブリアレオスに父の部下時代から思いを寄せているが、作品中途まで子ども扱いされたりしている。作った料理は「料理名以外では区別がつかない」らしい。
ブリアレオス・ヘカトンケイレス
2096年誕生。男性。ほぼ全身を機械化し、戦闘用の装甲とセンサーを備えた、戦闘サイボーグ。「データブック」ではデュナンと出会った頃とサイボーグ化直前の素顔が描かれている。映画版では漫画と設定（黒人）が異なり白人であり、彼の遺伝子を持つクローンもエクスマキナに登場する。またヘカトンケイル・システム（後述）に適応できたただ一人の人物とされているが後にカイニスもヘカトンケイルシステムへ移行したと思われる描写がある。幼いころにソ連KGBにスカウトされるが作戦将校を殺害したため逃亡、フリーになる。2116年にデュナンと出会い、カール・ナッツのチームに入隊する。その6年後爆発事故によりサイボーグ化を始めた。外見的にはロボットのようだが、高度な技術による人工筋肉・人工皮膚を使用している有機質サイボーグ。また人間として残っている臓器もある。この時代では脳機能がかなり解明されており、人工脳組織による脳の増量も行っている。これは彼の装備している高性能センサー類の情報処理の為らしい。センサー情報などは意識への概念伝達である。表皮の体温はコントロール可能だが、彼は普通の人間に近い温度を保っている。これは恋人（デュナン）のためである。オリュンポス移住後に巻き込まれたテロで重傷を負い、それ以降に同都市の先進的な医療・サイボーグ技術による柔軟な素材を多用したボディへと段階的に変化していくが、ガイア事件までは腕に機械式の内装火器を組み込むなど、無機的な装備も多かった。ベゼクリク事件の頃までには皮膚は柔らかくはないが弾力がある体と成った。彼はヘカトンケイルシステムによって全身を制御するという、珍しいタイプのサイボーグであり、ヘカトンケイルシステムの能力でブリアレオスが損傷した場合も部品交換が早く、また追加装備により4本の腕を同時に操作したり、空母を丸ごと制御することも可能と言われている。そのため、目が8個（顔面に4個、うなじに2個、兎耳のようなセンサーユニット先端に2個）あるなど装備品が多い。大戦後はデュナンと共に廃墟生活を送っていたが、2127年オリュンポスに移住、ESWATに入隊する。オリュンポス移住後はボディの改造・改良をたびたび行っている。
ヒトミ（人美）
2074年誕生のバイオロイドで総合管理局・立法院に所属し秘書のような役職にある。女性。バイオロイドにとっては一般的なことだが外見と実年齢は伴っていない。物語登場時にすでに50歳を超えているが、これはバイオロイドは長寿命が可能なように設計されており、生後、延命処理という処置を行い続けることで年齢を重ねても肉体的には若さを保っているため。彼女の場合は加えて性格も子供っぽい。彼女のDNA情報にはオリュンポスメインコンピュータ・ガイアの停止のキー情報が含まれているのでオリュンポス全体にとって彼女は重要人物でもある。現在はアルテミスの子供たちに振り回されている。
宮本 義経
年齢不詳のバイオロイドで人美のボーイフレンド。明智モータースに勤めていてギュゲスやランドメイトの整備等を行っているが基本的な社会的地位は一般市民である。日系の血が流れている。技術の腕は並程度。重度のメカマニアで、オリュンポスの人間が現代人のオートバイの感覚で利用する民生用ランドメイトやスーツを多数所有、休日などは心行くまで弄り回している模様。ガイア事件の折に立法院の手駒として隠密活動する羽目になった人美に所有するパワードスーツを貸し、自身も同行したりもしている。
ドクトル・マシュー
2062年誕生の老医者、サイボーグ医師。この世界ではサイボーグ化手術やケアは特別な医師が行っており、ドクトルマシューはその一人である。腕は確かだがマッドサイエンティスト的性格で、患者をやたらサイボーグ化したがる性向がある。第一巻では負傷したブリアレオスを手術した。またベナンダンティ作戦にも同行するなどESWATとの関わりもあるらしい。士郎作品では例外的なスターシステム的キャラで、アップルシード以外の作品にも度々登場している。
アテナ・アレイアス
バイオロイドでオリュンポス総合管理局行政総監の行政院の最高責任者。立法院とは対立関係にあった。内務省・内務大臣ニケ参長とは深い信頼関係がある。優れた能力を有し、真剣に人類の未来を考えている。実質ESWATのトップである。
ニケ
バイオロイドでオリュンポス総合管理局行政院内務省の内務大臣。ESWATとポリスを管轄している。行政総監アテナの右腕として能力を発揮している。ESWAT指揮官ランス班長に、直に命令を出すときもある。
アレス
エアポリス指揮官。実力は不明だが如何せん劇中のエアポリスがやられ役なので見せ場が無く、索敵・追跡などの地味な作業ばかりで犯人制圧などの華をESWATに持っていかれ、悔しがっている。
局長
オリュンポス総合管理局司法省の長でオリュンポスの最高責任者の一人。冷静沈着な人物。管轄組織のFBIの指揮権を有する。
アルゲス（ヴェルンド）
ブリアレオスとはオリュンポス以前からの旧友。表向きは局長直属の部下でFBIの現場指揮官バイオロイドのアルゲスを名乗っているが、実はオリュンポスを建設した「都市企画班」が、人間側のオリュンポスの安全弁として送り込んでいる一人らしい。
アルテミス
都市企画班から重要情報を携えて送り込まれたバイオロイド。猫科の特長を取り入れたハイブリッド体。戦闘用サイボーグではないものの、それに匹敵する戦闘能力を持つことと、小柄な割に体重があるため、天然の生物とは違う素材で身体が構成されているフラクチュエイター・タイプの可能性がある。オリュンポスに回収後、単為生殖により一度に3人の子供（クローン）を出産している。その行動には不可解な点が多く、彼女にはまだ謎があるようだ。高い戦闘能力を持つが、常識はなく、加えて良心も無いため廃墟隠遁生活の折には食人すら厭わず生き延びていた。知能は高く短時間のうちにコンピュータを使いこなすなどしているが、言葉はしゃべれない。
ドリス（吉野）
企業集合体国家ポセイドンのスパイ。と思わせるが二重スパイなようだ。アルゲスやランスと繋がりがある。
双角
ベナンダンティ作戦時にESWATに投降したサイボーグ傭兵の一人。SASのサイボーグ部隊出身で爆発物のスペシャリストだが、曰く「爆発物は趣味」とするなどプロ意識は低く、自身の趣味性で行動している。4巻ではA-10やデュナンを翻弄して礼金をせしめるもデュナンに報復されて車ごと爆破されボロボロに。5巻に登場する女サイボーグ達とは過去に因縁があるらしい。
カール・ナッツ
デュナンの父親でSWATの指揮官。デュナンに幼少時からSWATの枠を超えた戦闘・サバイバル訓練を施していたことから、大戦勃発を予想・察知していたと見られる。オリュンポス計画にも関わっていたらしく、バイオロイドにも彼の遺伝情報を持つ者が多い。消息不明。本編では回想シーンで遠景で登場したのみだが、「データブック」で顔が描かれている。
ESWATメンバー
大佐
ESWATの指揮官でランスの上司にあたる。ニケが敬語を使っていたことから彼女より上の立場と見られる。
ランス班長
ESWATの現場指揮官。ニケ参長と直接的繋がりを持ち、信頼関係が厚い。作戦の立案、人選、配置を手がけ任務の完璧な遂行を目指すが、慎重派で大胆な采配を振らない任務運びがデュナンの行動と相反し、4巻では謎の男を見失った。
スドオ
日系人で古武道に通じている。ESWATの教官だったが現場復帰し、古参隊員として豊富な経験、知識、判断力によってESWATの現場で若手を引っ張るような立場。劇中でもデュナンを案じて先走ろうとするブリアレオスを諫めている。
マグス
過去に豊富な経験を持つことがうかがえる、ベテラン的隊員。実力は高いが女癖が悪い。窮地にあっても軽薄なセリフ回しを楽しむなど、独特の価値観の持ち主。
モートン
マグスの相棒でバディを組むことが多い。戦闘バイオロイドは“いわゆる道具”という偏見が強く、任務で年下のデュナンやA-10達よりも扱いが低いことに焦りを感じランスに意見具申している。