1998年10月、これまでの生中継主体だった番組内容を一新し、和田の毒舌を生かした「情報バラエティ」として大幅リニューアルした[注釈 2]。ワイドショーさながらに芸能ネタや珍事件などをVTRやパネルで紹介する前半コーナー、中盤にはそれまで通りゲストとのトークを行うゲストトーク、そして主にクイズやゲームを行う後半コーナーという構成になった。これまでの番組の軸であった生中継コーナーが正式に廃止[注釈 3]され、番組開始以来の大幅なリニューアルが実施された。更に、12年半ぶりにオープニングテーマやCM入り時のSEも変更された。また、それまではエンディングテーマは無く[注釈 4]、番組最後の「アッコにおまかせ!」コールの後にCM入りSEが流れ放送終了していたが、J-POP歌手の楽曲を数週替わりでエンディングテーマとして流すようになった。この影響で番組最後の「アッコにおまかせ!」コールの後のCM入りSEは流されなくなった。後に歌手のエンディングテーマが廃止され、オープニングテーマがエンディングでも流れるようになり現在までこの形態である。同時にそれまで長らく11:45丁度の本編開始だった当番組は、進行アナウンサーによる当日の内容紹介→CM後の本編開始となり、実質11:50に放送が開始されるようになった（この形態は2017年3月まで19年間続いた）。2000年4月、スタジオセットをマイナーチェンジされ、 オープニング映像も変更された、 2001年4月、番組開始以来のメインコーナーであったゲストトークを廃止し、ゲストの登場は原則不定期となった。番組は前半の情報コーナーと、後半のクイズ・ゲームコーナーのみとなった。2004年4月、6年ぶりにオープニングテーマ、CM入り時のSEを変更。タイトルロゴも2代目となりリニューアルした。

2013年4月、オープニングテーマ、CM入り時のSE、番組セットが現行のものに変更された。

2014年4月以降、最長寿の生放送バラエティ番組となる[注釈 5]。

2014年5月より、音声モードがモノラルからステレオとなる。

2015年10月に放送開始30周年を迎えた。

2015年12月27日、放送開始30周年記念として2時間拡大版「アッコにおまかせ! ?祝30周年!年末拡大版?」を放送[5]。ゲストとしてビートたけしや所ジョージ等多数登場した。

2017年3月、クイズ・ゲームコーナー（後半コーナー）を廃止。番組は原則、1998年10月の大幅リニューアルで始まったVTR・パネルの情報コーナー（前半コーナー）のみとなった[6][7]。これまでは数分に渡ってオープニングトークが行われていたが、これを機にオープニングが簡素化され初登場の準レギュラーが居ない場合は和田・峰が登場し「アッコにおまかせ!」コールをして直ぐにVTRコーナーに入るようになった。また、オープニングのタイトルロゴの表示も全面に表示されていたものが、左上に小さく表示されるのみになった。前述の通り、19年振りに11:45からの本編開始に変更[7]。

2020年3月、第1回から本番組のスポンサーを務めてきた富士薬品が降板した。「30周年スペシャル」の際には、「『アッコにおまかせ!』放送開始以来30年変わっていないこと」として、富士薬品が答えとなるクイズが出題されていた[5]。

2020年4月5日から2020年10月4日まで[8]、2022年10月2日から2022年10月30日まで[9][10]、2023年7月2日からは12:54 - 13:00のミニ番組枠を吸収し、11:45 - 13:00枠での放送となる。しかし枠拡大分は実質的には番組宣伝（ガイド枠）になるため、番組本編自体は拡大しない。

番組開始から2020年2月23日までの35年間はスタジオに一般観覧者がおり、番組の盛り上げに一役買っていたが、新型コロナウィルス感染症が流行した事を受けてそれ以後は観覧客を廃止している（東日本大震災直後にも一度だけ観客を入れずに放送した事がある）。

2020年7月、2017年3月に廃止された後半コーナーが3年ぶりに復活。内容はかつてのようなクイズ・ゲームコーナーではなく、「○○がプレゼン!」と題した準レギュラーが仕切るパネルコーナーである[11]。また、後半にロケVTRコーナーが新設された。ロケVTRコーナーのみ、2022年4月3日放送分までTVer・GyaO!にて月曜12:00より1週間限定の無料配信を実施していた。

2020年9月27日は、放送開始35周年記念として2時間拡大版「アッコにおまかせ! 祝35周年! 豪華拡大SP」を放送[12]。ゲストとしてタモリが28年ぶりに生出演した。

2021年4月、画面上に表示される番組ロゴをマイナーチェンジ（スタジオセット内のロゴや番組サイトのロゴはこれまでのものと変わらず）。また、VTR中に和田を始めとした出演者を映すワイプのデザインも長らくピンクの枠のみだったものが、装飾が施されたものに変更された。番組初回から36年間、トークコーナーなどの一部コーナーを除いて出演者は立った状態で番組を進めていたが、この回からはMCの和田、進行を除いて男性MCの峰、準レギュラー全員が着席した状態へと変更された（峰はOP、ED時のみ立った状態のまま）。

2021年10月 - 12月の3ヶ月間、オープニングテーマが和田の楽曲「YONA YONA DANCE」に一時的に変更された。ただしエンディングやCM前、提供クレジットでは従来のものを使用していた。

新型コロナウイルス感染症の感染症法上の位置付けが5類感染症に移行したことに伴い、2023年5月14日から、全員が立った状態での番組進行が復活。また、ソーシャルディスタンスについても撤廃された。

以上の内容に加え、和田の所属事務所であるホリプロが主催するホリプロタレントスカウトキャラバン本選開催後にはグランプリ受賞者等が出演する。出場者募集期間中にはその告知も番組エンディングで行われる。

オープニングでMCの和田・峰が登場した後に、画面上には『今日も元気に生放送!アッコにおまかせ!です』のテロップが表示されていた。2021年4月からは文言が『TBS Aスタジオより今日も明るく生放送!』に変更された。

2022年4月10日放送分から2023年2月26日放送分まで、スタジオパートを含めた放送済み動画の見逃し配信サービスをTVer・TBS FREEにて本放送当日20:00頃から、Gyao!にて本放送翌日月曜12:00頃から、翌週日曜20:00頃までの1週間限定で無料配信を実施。2022年4月3日以前および2023年3月5日以降はロケVTRコーナーのみを配信している[注釈 6]。
収録放送・放送休止・拡大版など

基本的に生放送だが、総合司会やレギュラーおよびスタッフの季節別夏季・冬季休暇や、和田のディナーショー・コンサートの準備などに配慮し、稀に収録で放送することがある[注釈 7]。その際は、生放送を行った直後に翌週分の収録を行う。番組内では収録放送であることは原則として明言しないが、出演者があえて収録放送であることを匂わす発言をすることがある。その週の出来事を伝えるVTRコーナーが挿入されることがあるが、スタジオ部分は事前収録なのでそれに対する出演者のワイプやコメントはない。また、番組冒頭の和田の挨拶も通常は「今日も元気な生放送」と言っているのに対し、収録放送の場合は「今日も元気にお送りします」[注釈 8]になる。

日曜日が年末年始の特別編成時にあたる場合や、「クイーンズ駅伝 in 宮城」（例年11月下旬）および「別府大分毎日マラソン」（RKB毎日放送・大分放送共同制作。毎年2月第1週）が行われる週は休止する。2007年までは「北京国際マラソン」（例年10月第1週）が行われた週も休止になったことがあった。また、2011年からは毎年最後の日曜日に大型報道特別番組『報道の日』を放送、世界陸上がその年の開催される国の時差によっては中継を優先するため休止となる。また、1月1日が日曜日の場合「ニューイヤー駅伝」のため休止となる。

2014年2月9日はソチオリンピックダイジェストを編成したため12:00 - 12:54に短縮の上生放送[注釈 9]した。

2015年12月27日は、この年の『報道の日』放送が3日後の12月30日（水曜日）になったため[13]、1時間拡大して13:54までの放送[14]。「30周年スペシャル」として過去の番組出演者から吉村明宏と生島ヒロシはスタジオ、松尾貴史と田中義剛はVTRゲストで、さらにビートたけしと所ジョージをスタジオゲストに迎えて放送[5]。『アッコジャンボ宝くじ』や『団地ジャンケン中継』の生中継コーナーが復活して行われた[5]。2010年12月26日放送分以来、5年ぶりに最終日曜での放送となった[注釈 10]。

2016年1回目の放送でレギュラー陣全員が小田急グループ・星野リゾート協力の下、事前収録のロケで高級旅館に泊まるスペシャルを放送したほか、1988年2月14日にはハワイから生中継で放送を行ったこともある[注釈 11]。

2016年10月23日以降毎年10月の最終日曜は、「クイーンズ駅伝 in 宮城」の出場チームが決まる「プリンセス駅伝 in 宗像・福津」の中継[注釈 12]のため休止となる。