1000年前の現代編に登場するキャラクター。
キュウゾウ / 玄奘久造（げんじょう きゅうぞう）
声 - 納谷六朗サンゾウの父親で、アソボット開発の第一人者。スケベな性格だが、根は真面目（アニメ版ではシリアスな風貌の科学者）。1000年前にこの世の終わりを防ぐべく、サンゾウをコールドスリープさせた。ジパング編では脳の入った小型メカを介して「意思だけ」再登場した。
レイ
キュウゾウ博士が開発した、アソボットの試作機（プロトタイプ）。試作機0（レイ）号ということから、その名がつけられた。外見はサンゾウと同年齢ほどの美少女で、やや荒っぽいが楽天的で明るい性格。スタイルも良い。人間とほぼ同じ姿であるがその力は凄まじく、キュウゾウ曰く「パワーセーブをしないと挨拶で人を殺しかねない」ほどであるという。 キュウゾウが人間とアソボットが共存できるかを調査するため、サンゾウと共に学校生活を送ることになった。その最期はサンゾウを護るために後述する爽香らと共に自爆・消滅し、ハート型のプログラムチップだけが残された。しかしそのチップを基にアソボット開発は順調に進む形となり、わずか3か月で全てのロボットはアソボットへと進化を遂げることができたようである。そのためレイは全てのアソボットの「母」と言える存在であり、本編における全99体の第一世代アソボットは彼女の意思を本当の意味で受け継いだ純血、いわば子孫といえる存在である。漫画版のオーロラシティ編では実体ではないものの、サンゾウと再会している。
プロフェッサーD / 出門龍太郎（でもん りゅうたろう）
声 - 野沢那智破滅ウイルスを作り出した張本人。かつてはキュウゾウの同僚であり、共にアソボットの研究を進めていたが、その実はキュウゾウの考えとは正反対でアソボットは人間との共存のためではなく、「地球を汚染してきた人間をアソボットが排除することで、地球を本来の美しい姿に戻す」ことを目的としていた。現代の時点でサンゾウと同様にコールドスリープによって1000年の時を越え、サンゾウの旅を妨害するべく数々のアソボットを仕向けていた。五九や魅音からは「プロフェッサーB」・「プロフェッサーG」などと、最後まで何度も間違った名前で呼ばれ続けている。最終的には漫画版では自らロボットのような姿に変形、アニメ版では破滅ウイルスを伴った巨大な食虫植物のような怪物と融合して五九盗賊団を追い詰めるものの一度は倒され、後に天使のような姿で再び復活するが、反旗を翻したヤズーの手によって自爆に巻き込まれた。
藤村爽香（ふじむら さやか）
漫画版に登場。サンゾウのクラスメイト。容姿端麗で、勉強・運動もそこそこ出来る大人びた外見の少女。レイが転校して来るまではクラス一の人気者だった。その正体はレイを破壊する（＝キュウゾウのアソボット開発を頓挫させる）ためにDが作り出したロボットであり、最終的に後述する宗一と共に巨大な怪物のような姿になり、サンゾウとレイを襲撃した。
藤村宗一（ふじむら そういち）
漫画版に登場。爽香の兄。 爽香同様、正体はDの作り出したロボットであった。
その他の登場キャラクター
フリガンズ
GK（ジーケイ）
声 - 大塚明夫フリガンズのリーダー格のアソボット。その外見はドイツ代表のゴールキーパー「オリバー・カーン」に酷似している。サッカーボール状の爆弾を使った攻撃を得意とする。五九とは昔から仲が悪かったようである。腹部に大きく「フ」の字の書かれた黒装束に、左右に円筒状の突起が付いたヘルメットを被った醜いアソボットを何体も従えている（その中には性別的に女と思わしき者も一体混じっている）。アニメ版では五九に倒されても懲りずに幾度となく現れるため、敵役としては登場回数が多い。
ジュテーム
声 - 小西克幸アニメ版オリジナルキャラクター。GKの配下で、オカマのアソボット。その生理的に不気味な容姿は五九やトンゴーでさえ受け付けられず、まともに戦うことができなかったほど。トンゴーの故郷を占拠していたが五九に倒され、それ以降は別の街でダンサーとして再登場。その後も第42話にて雇われアソボットとして再登場している。なお、倒される際はわざわざ化粧を直してから気絶するなど、美に対しては妙なこだわりがあるようである。恐らく作中で唯一、五九が苦手としている敵であるといえる。
ミロク村編
ゴータ・マ・テンドウ
声 - 堀勝之祐ミロク村の村長。五九とは旧知の仲で、かつては「山賊王ドラゴ・ヴェーダ」として恐れられていた。その際は一度五九を倒しているようである。山賊を引退してからはミロク村の村長となり余生を送っていたが、マリオ兄弟に村を襲撃されたことにより再び立ち上がった。しかし体が老いていたためにまともに戦えず返り討ちにあってしまい、娘であるスージィに自分の代わりに伝説の結末を見届けてくることを託した。その後漫画版では一命を取り留めたが、アニメ版では死亡した。漫画版では6巻終盤から7巻序盤にかけて再登場し、サンゾウとスージィを影から支えていたことが明らかとなる。