ラクスがキラに助けられる形でアークエンジェルに保護され、後に戦いで不利になったアークエンジェルから人質とされると、キラに対して怒りを顕わにする。キラがラクスの身柄をザフトに引き渡した際、ラクスを取り戻しに向かったアスランはキラにも共に来るよう説得するが、断られた。

地球降下直後の移動の際、搭乗していた輸送機が墜とされたためイージス共々パージされ、漂着した無人島にて、同じく漂着していたカガリ・ユラ・アスハと出会う。お互いに自分の考えをぶつけあい、武器を向け合いもしたが、最後には名前を教え合い友好的な雰囲気で別れた。救助された後はニコル・アマルフィ、イザーク・ジュール、ディアッカ・エルスマンを率いてアークエンジェル追撃にあたり、途中オーブに匿われたアークエンジェルの行方を探るためオーブに潜入した。偶然再会したキラから今も変わらぬ友情を伝えられ、さらに苦悩するが、キラとの出会いからオーブに居ると分かったアークエンジェルを軍人として討つことを決意する。

しかしオーブ近海戦において戦友のニコルをキラに殺され、憎悪に燃えたアスランはSEEDを覚醒させたキラとの激闘の最中にトール・ケーニヒを殺して自身もSEEDを覚醒させ、イージスを自爆させてキラのストライクを撃破する。オーブに救助され再会したカガリに自身がキラを撃破した事実を告げ、友人のキラを敵として倒さなければならなかった苦しみを吐き出して号泣した。この際、カガリから「殺したから殺され、殺されたから殺すことを繰り返して本当に平和になるのか」と問われる。ザフトに戻る際、アスランのことを危なかっかしいと感じたカガリからハウメアの守り石の首飾りを貰い受ける。[9]以降は所属陣営に関わらず身に付けており、大事なものを思う際等に服の上から石を握りしめる所作を見せている。

ストライク撃破の功績によりネビュラ勲章を受勲、特務隊 (FAITH) に栄転となりプラント本国に一時帰国する。その初任務として、プラント最高評議会議長に就任した父パトリックから「最新鋭機フリーダムガンダムの強奪者の追討、機体の奪還もしくは完全破壊、接触した人物・施設の排除」を命じられ、同じく最新鋭機であるジャスティスガンダムを受領する。その後、スパイを手引きした容疑で指名手配中のラクスと再会すると、彼女からフリーダム強奪の真相とキラの生存を告げられ、同時に「アスランが信じて戦うものは何か」と問われ動揺する。

地球に降りたアスランは、地球連合軍のオーブ解放作戦に遭遇し、地球連合軍の新型MS（カラミティガンダム、フォビドゥンガンダム、レイダーガンダム）相手に苦戦するフリーダムを発見[10]。ニコルをキラに殺されたことや、ラクスの言葉やカガリの言葉、マルキオ導師が養育している戦災孤児の男児がザフト軍への恨みや憎しみからアスランの足を蹴ってきたことなど様々な思いを交錯させつつもオーブ側に加勢することを決意し、任務を放棄して自らの意思で戦闘に介入。キラを援護して地球連合軍を撃退する。戦闘後、カガリの仲介もあってキラと和解を果たし、キラ達の望む平和が自分の望む世界と同じであると感じたことから、ザフトを離脱しラクスの主導する三隻同盟に加わった。

宇宙に上がる直前にカガリの父ウズミの（オーブに侵攻してきた）ブルーコスモスの盟主ムルタ・アズラエルや、プラントのパトリック・ザラを非難する演説を聞く。その後はジャスティスで地球軍の新型3機と交戦しつつ、マスドライバーで宇宙に打ち上げられるクサナギの船体にキラのフリーダムとともに掴まり、オーブを脱出する。

宇宙に上がった後、父の真意を問い質すため小型シャトルで単身プラントに向かうが、全てのナチュラルの殲滅を唱える父の姿に愕然とする。父に反抗し反逆者として拘束されるが、マーチン・ダコスタを始めとするクライン派に救出され、ラクス達と共に最新鋭の高速戦艦「エターナル」でプラントを脱出した[11]。ジェネシスについては詳細までは知らなかったが、ジャスティス受領の際に戦略兵器として極秘製造を開始していることだけは知らされていた。エターナル帰艦後、これまでアスランの心を何度も救ってくれていたカガリ[12]に対して自ら行動し、恋仲になる。

その後、三隻同盟の中核的戦力として地球連合軍撃退やプラントへの核攻撃阻止で戦果を挙げる。最終決戦となる第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦においては、地球へのジェネシス照射を阻止するべくストライクルージュで出撃するカガリと共にヤキン・ドゥーエの司令部へ突入したが、そこで目にしたのはユウキ隊長(レイ・ユウキ)に撃たれて瀕死となっている父パトリック・ザラ議長(ユウキ隊長のジェネシス発射阻止の諫言に対してパトリックが先に発砲し、ユウキ隊長が瀕死でパトリックに発砲したもの)であった。父パトリックの最期を看取るが、父パトリックが死ぬ間際までのジェネシスを撃てとうわ言を言っていたことに失望している。ヤキンの自爆に連動したジェネシス発射を阻止するため、ジャスティスを内部で核爆発させることでジェネシスを破壊し自らも犠牲になることを決意する。ジャスティスのリフターを分離して追いかけるカガリのストライクルージュを押しとどめたが、それを振り払って追ってきたカガリに生きる方が戦いだと説得を受け、カガリのストライクルージュに同乗して脱出、生還した[13]。
機動戦士ガンダムSEED DESTINY

第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦後はオーブに亡命[注 2]しアスハ邸に身を寄せていた。偽名である「アレックス・ディノ」（市民番号：2500474C）を名乗り、オーブ代表首長となったカガリのSPを務めていた。プラント最高評議会議長ギルバート・デュランダルとの会談にカガリのSPとして赴いた際、地球連合軍特殊部隊ファントムペインによるザフト軍新型MS強奪事件に巻き込まれたアスランは、カガリを守るためザクウォーリアに搭乗する[15]。そのまま彼女と共にザフト新造艦ミネルバに避難した[16]。旧ザラ派残党ザフト軍脱走兵テロリストによるユニウスセブン落下テロ事件を防ごうと奮戦するも失敗[17]。その未曾有の被害にブルーコスモスの扇動も加わって、再び地球連合とプラント間で戦火の幕が開くことになった。

ミネルバでオーブに戻るが、その後すぐにカガリに指輪を渡し、状況を把握するために単身プラントに向かう[18]。