阿羅耶識>WIZ-DOM>ダークロア>阿羅耶識、E.G.O.>極星帝国>イレイザー>E.G.O.とのように天敵関係がある（左が優位）。ただし、Saga1の頃はE.G.O.=イレイザー、Saga2の頃はE.G.O=極星帝国と、お互い同士で天敵だった（当時は5勢力だったため）。
E.G.O.
超能力集団、Evolutional Generations Organizaitionの略。『オリオンの少年』以前は女性の超能力者しか存在しなかったため、当時はEvolutional Girls Organizaitionだった[2]。大正時代に阿羅耶識を離脱した斎木更科が興した斎木財閥が基となり、当代の斎木遊名が設立。E.G.O.に所属している学生は斎木財閥運営の学校に通う、メイドは斎木財閥お抱えなど、ほとんどのキャラクターが斎木財閥に関係している。また、斎木財閥が開発した数々の新兵器を持つ。パワーカードの枚数によって影響を受けるキャラクターが多い。メインアイコンはスチューデントやワーカーで、セットできるパワーカードが多く、それによるブレイクの速さが売り。
阿羅耶識
3世紀ごろから続く東洋の呪術同盟で、南北アメリカやオセアニアの原住民も含まれる。名前の由来は仏教用語の「阿頼耶識」。SagaIIのプレストーリーで極星帝国によって中国本部が壊滅し、日本支部が臨時の本部となる。美鈴が戦死したのはこの直後。防御に長け、相手の動きを無効化するカードが多いが、攻撃力が低いのが難点。また、WIZ-DOMの天敵という設定から精神攻撃に耐性を持つカードも多い。霊能者（巫女など）が多め。
WIZ-DOM
4世紀頃から続く西洋魔術の秘密結社だが、中東も含まれる。名前の由来は「wisdom（知恵）」。最高機関は5部門（戦闘、経済、生産、教育、宗教）の長による「五人会議」。各長の地位は同等だが、知謀の差からクラリスの思惑通りに動くようである。なお、宗教部門があるように宗教関係者も所属しているが、魔女狩りを受けて衰退した時代がある。精神攻撃力を持つキャラクターと、相手を直接攻撃・除去するカードが多い。ミスティック（攻撃魔法使いと宗教関係者）、スカラー（それ以外の魔法使い）、ホムンクルスがメイン。
ダークロア
人類誕生前である60万年前から存在する古のモンスターたちの末裔。明確な組織ではなく寄り合い所帯なため、組織だった行動は苦手。モンスターと神との境界が曖昧なためか、神の名を持つ者も存在し、阿羅耶識の神（日本神話やヒンドゥー教など）と同じ名を持つ者までいる。攻撃力強化型のカードが豊富。また、パワーカードに影響を及ぼすカードが多い。鬼やワーウルフなど、あまり他の勢力にブレイクされない（逆に言えば他の勢力からブレイクしづらい）アイコンが多め。
極星帝国
極星とは北極星（天の中心）のこと。オリジナルキャラクターには星の名前が付いている。SagaIIから登場した「並行世界の地球」からの侵略者。以前は七つの王国で争っていたが、レムリアの王であり、あちらの世界では最強のマインドブレイカーであるマクシミリアン・レムリアース・ベアリスが統一を果たし初代皇帝と成る。なお、OVAでの皇帝は小学生ぐらいの少年の姿をしている。平行世界という設定から、他の勢力のキャラクターと双方向ブレイクが可能なネームキャラクターが存在する[3]。また、こちらの世界の英雄をアンデッドとして蘇らせて手駒にもしている[4]。なお、こちらの世界で蘇らされたアンデッドには逆らったら塵に帰すように細工がされている。場全体に影響を及ぼすカードが多いほか、ダメージ置き場にあるカードを活用する傾向がある。また、後述するアグレッシブを持つキャラクターを「皇帝に逆らう可能性のある者」として狙い撃つカードが多い。さらにブレイクスルーやバインドを持つキャラクターも多め。全体にウォーリアー、アンデッドアイコンなどが多めだが、平行世界という設定から阿羅耶識、WIZ-DOM、ダークロアに関係するアイコンは総て持つ。逆に科学が発達しなかったため捕虜などを除き機械系のアイコンは皆無。
イレイザー
異星人艦隊。全てを滅ぼす苛烈な攻撃から地球側からはイレイザー（消し去るもの）と呼ばれる。が、あくまでも方面軍にすぎず全容は不明。SagaIIでは撤退命令を受けたとして使用が不可だった（一部キャラは他勢力に所属という形で登場）が、Saga3から再び使用可能になる。天使の姿を持つネームレベルキャラクターは、女性は天使のラテン語名、男性はアラビア語名を持つため、過去に地球に来訪して人類を導いたとも言われている[5]。そのためWIZ-DOMはイレイザーと同盟を結ぶこともある。その他にはィアーリス、ラユューなど日本語では発音が困難なネームが多い。攻撃力に特化し、相手の場が整う前に攻める速攻型キャラクターが多い。イレイザーアイコン、サイボーグ、天使、ドラグーンなどが多い。宇宙船も登場するが、ゲームバランス上、竹刀で真っ二つにされたりする[6]。
基本ルール
ゲームの流れ
ドローフェイズ：自分の手番の最初にデッキからカードを引く。引くことのできるカードの枚数は基本的に1枚だが、自分が支配しているキャラのスキルによって、増減する。

勢力フェイズ：まだ支配の及んでいないカード/キャラを行動させる（アグレッシブ判定・詳細は後述）。

メインフェイズ：手札の中にあるキャラを「勢力エリア」に置いたり、支配しているキャラを行動させる。また、支配しているキャラに相手を攻撃（アタック）させたり、ブレイクカードをセットしてキャラをパワーアップさせる。

パワーカードフェイズ：勢力エリアに置いたキャラに「パワーカード」をセットして支配する。キャラ固有の精神力分だけパワーカードをセットし、支配できる。

ディスカードフェイズ：手札の上限以下になるまで手札枚数を調整する。

バトル（アタックとガード）

自分の支配したキャラで相手を攻撃することを「アタック」といい、逆に相手のアタックに対しては、自分の支配しているキャラを使って「ガード」も行える。

アタック、ガードともに自分の支配キャラにセットされているパワーカードをコストとして支払う。そのため、1回の手番においては、その時点でセットされているパワーカードの数までしかアタックは行えない。また、アタック宣言とアタック自体は別（ガードについても同様）であり、宣言が行われても状況によってアタックもしくはガードそのものが成立しない場合（該当するキャラクターが除去された場合など）もある。

各カードの発動条件も「アタック/ガード」と「宣言」は明確に区別されているので注意が必要。

アタックに対してガードが成立するとキャラクター同士のバトルとなり、それぞれの攻撃力（左下）と防御力（右下）で結果が判定され、負けたほうは捨て札になる。

ただし、攻撃力の数値が( )で囲まれた値は精神攻撃力と呼ばれ、精神攻撃力による攻撃（精神攻撃）の場合は、パワーカード（勢力エリアのキャラクターに対しては精神力）に対する攻撃となる。精神攻撃を受けたキャラクター（勢力エリアのキャラクターを除く）は、精神攻撃力の数だけパワーカードを捨て札置き場に送られる（ただし、パワーカードを払いきれない場合（致死ダメージ）は負けとなり捨て札になる。致死ダメージを受けた場合はパワーカードを捨て札置き場に送られない（キャラクターが捨て札になることで結果として一緒に捨て札置き場に送られるが、「バインドX」を使用してキャラクターを場に残した場合にこのルールが意味を持つ）。このため、致死ダメージとなる精神攻撃よりもパワーカードすべてを捨て札置き場に送れる精神攻撃の方が効果が大きい場合もある）。

なお、攻撃力と精神攻撃力は明確に区別されており、精神攻撃力を持つキャラクターに攻撃力を上げる効果を使った場合、上がる攻撃力は精神攻撃力に換算されるのではなく、精神攻撃力とは別に攻撃力を持つ（逆のケースでも同様）。例えば、(3)点の精神攻撃力を持つキャラクターに3点の攻撃力アップ効果を使用した場合、(3)点の精神攻撃力+3点の攻撃力を持つ。また、攻撃力および精神攻撃力が0点であっても、「0点のダメージを与える」とされ、攻撃自体は成立することに注意（特に、マジック・ザ・ギャザリングでは0点の攻撃をした場合攻撃は成立しないため、同じように攻撃が失敗すると勘違いされるケースが散見される）。

バトルの結果捨て札になったネームレベルは、マインドブレーカーへのダメージとなる。