1985年、メイン州のアムネスティ湾灯台の灯台守であるトム・カリーは、岩場の海岸に打ち上げられた女性を発見する。彼女は海底国アトランティスから逃亡した女王アトランナだった。アトランナは回復後、トムとの間にアーサー・カリー＝アクアマンを儲ける。数年後、アトランナはアトランティスの追手に捕まり連れ戻される。残されたアーサーはトムに育てられ、またアトランティスの参謀バルコから武術の指南を受け、たくましく成長する。
現代。アーサーの異父弟であるアトランティスの王オームは、隣国ゼベルの王ネレウスと同盟を組み、海の生物を殺し海を汚す地上人に戦争を仕掛けることを決意する。そして海底すべての軍事力を動員するために、海底の七つの国の半数の王に認められた「海の覇王（オーシャンマスター）」になろうとしていた。
デイビッド・ケイン率いる海賊から潜水艦を守ったアーサーは故郷に戻り、父と盃を交わす。その帰り、突如発生した大津波に襲われた二人を、ネレウスの娘である王女メラが助ける。メラは、津波は地上人に対するオームからの警告であり、オームの暴走を止めるにはアトランティス王の血を引くアーサーが王になるしかないと助けを求めに来たのだ。渋々メラに連れられてアトランティスに訪れたアーサーを迎えたのは、バルコだった。バルコは、アーサーが王になるためには、初代アトランティス王アトランが持っていた伝説の矛・トライデントが必要だと説明するが、アーサーは彼の不法入国に気づいたアトランティス兵に捕まってしまう。アーサーはオームに、地上への侵攻を中止するよう決闘を申し込む。伝統に則り、国民たちの前でアーサーとオームの決闘が始まるが、アーサーは劣勢に陥る。そこにメラが助けに入り、二人は死を偽装して地上へ逃亡する。
アーサーとメラは、かつてアトランティスが地上にあった頃に栄えていた砂海の王国の跡地であるサハラ砂漠に行き、伝説のトライデントのありかのヒントがシチリアにあることを突き止める。次いでシチリアに到着した二人は、次の目的地が七つの海底国の一つ・海溝の王国にあると知るが、そこにオームから武器を渡され、ブラックマンタとなったデイビッドが強襲する。何とかデイビットを撃退した二人は、海溝の王国を目指す。
一方オームは魚人の国の王リクーに協力を求めるが、穏健派であるリクーに拒否される。オームは強行手段としてリクーを殺し、自動的に次の王となった王女を脅し、魚人軍を傘下に収め、次の目標を甲殻類の国に定める。
盗んだ漁船で海溝の国に辿り着いたアーサーとメラは、海溝の化け物たちに襲われる。襲撃を逃れつつ海底に辿り着いた二人は、その更に奥にある、地球の核に近い「隠された海」を発見する。そこで二人は、海溝の化け物の生贄になったと思われていたアトランナに再会する。アトランナの導きで、アーサーは伝説の怪獣カラゼンと対峙し、海の生物と会話できる初代アトラン王と同じ能力を発揮して伝説のトライデントを手に入れる。
オーム率いる同盟軍と、甲殻類軍が遂に激突する。勝利を確信するオームの前に、トライデントを手にし、カラゼンを従えたアーサーが現れ、海の生物と共に両軍を圧倒する。戦いの果て、海上の船の上でアーサーとオームは対峙し、アーサーが勝利する。アーサーは海底国の王たちに、真のアトランティス王として認められる。
運良く助かったデイビッドは、アトランティスを研究しているシン博士によって治療され、アーサーへの更なる復讐を誓う。
登場人物
アーサー・カリー / アクアマン
演 - ジェイソン・モモア、日本語吹替 - 安元洋貴[6][7]アトランティス帝国の元女王であるアトランナと、人間の父との間に生まれた。海に住む生物とのコミュニケーション能力を持つ本作の主人公。
9歳のアーサー・カリー
演 - カーン・グールダー、日本語吹替 - 櫻井優輝[7]
13歳のアーサー・カリー
演 - オーティス・ダンジ、日本語吹替 - 村瀬歩[6][7]
16歳のアーサー・カリー
演 - ケコア・ケクマノ、日本語吹替 - 田中光[7]
メラ
演 - アンバー・ハード、日本語吹替 - 田中理恵[6][7]海底国ゼベルの王女。水を操り、高い戦闘能力を持つ。
バルコ