2017年までは特記ない限りショートリスト入り（ノミネート落ち）、2018年以降は応募受理リスト入り（ノミネート落ち）。
ショートリスト（2000年代）

年作品名制作会社監督
2001年
(第74回)ファイナルファンタジースクウェア・ピクチャーズ坂口博信
2002年
(第75回)千と千尋の神隠し 受賞[注 2]スタジオジブリ宮崎駿
2003年
(第76回)東京ゴッドファーザーズマッドハウス今敏
劇場版ポケットモンスター 水の都の護神 ラティアスとラティオスOLM湯山邦彦
千年女優マッドハウス今敏
2004年
(第77回)イノセンスProduction I.G押井守
2005年
(第78回)スチームボーイサンライズ大友克洋
ハウルの動く城 本選ノミネートスタジオジブリ宮崎駿
2006年
(第79回)パプリカマッドハウス今敏
2007年
(第80回)鉄コン筋クリートSTUDIO 4℃マイケル・アリアス
2008年
(第81回)ストレンヂア 無皇刃譚ボンズ安藤真裕
スカイ・クロラ The Sky CrawlersProduction I.G、ポリゴン・ピクチュアズ押井守
2009年
(第82回)崖の上のポニョスタジオジブリ宮崎駿

ショートリスト（2010年代）

年作品名制作会社監督
2010年
(第83回)サマーウォーズマッドハウス細田守
2011年
(第84回)（日本作品なし）
2012年
(第85回)コクリコ坂からスタジオジブリ宮崎吾朗
神秘の法幸福の科学出版今掛勇
2013年
(第86回)ももへの手紙Production I.G沖浦啓之
劇場版 魔法少女まどか☆マギカ [新編] 叛逆の物語シャフト新房昭之、宮本幸裕
風立ちぬ 本選ノミネートスタジオジブリ宮崎駿
2014年
(第87回)かぐや姫の物語 本選ノミネートスタジオジブリ高畑勲
ジョバンニの島Production I.G西久保瑞穂
2015年
(第88回)思い出のマーニー 本選ノミネートスタジオジブリ米林宏昌
バケモノの子スタジオ地図細田守
UFO学園の秘密HS PICTURES STUDIO今掛勇
2016年
(第89回)KINGSGLAIVE FINAL FANTASY XVヴィジュアルワークス（英語版）野末武志
百日紅 ?Miss HOKUSAI?Production I.G原恵一
レッドタートル ある島の物語 本選ノミネートスタジオジブリ、ワイルドバンチ（英語版）マイケル・デュドク・ドゥ・ヴィット
君の名は。コミックス・ウェーブ・フィルム新海誠
2017年
(第90回)この世界の片隅にMAPPA片渕須直
メアリと魔女の花スタジオポノック米林宏昌
ひるね姫 ?知らないワタシの物語?シグナル・エムディ神山健治
映画 聲の形京都アニメーション山田尚子
劇場版 ソードアート・オンライン -オーディナル・スケール-A-1 Pictures伊藤智彦

出品（2010年代）

年作品名制作会社監督
2018年
(第91回)打ち上げ花火、下から見るか? 横から見るか?シャフト新房昭之、武内宣之
宇宙の法?黎明編?HS PICTURES STUDIO今掛勇
リズと青い鳥京都アニメーション山田尚子
夜明け告げるルーのうたサイエンスSARU湯浅政明
ムタフカズ -MUTAFUKAZ-STUDIO 4℃ギョーム・“RUN”・ルナール、西見祥示郎
さよならの朝に約束の花をかざろうP.A.WORKS岡田麿里