2018年に『未来のミライ』がノミネートされるまでは、本選まで進んだ日本作品はいずれもスタジオジブリの作品のみであった。作品がノミネートするためには米国での劇場公開が前提とされるが、ノミネートを急ぐあまり米国内で十分な興行を得ることのないまま出品されるケースも多く（2006年『パプリカ』、2008年『スカイ・クロラ』など）、その手法は一部で疑問視されている[12]。

以下に日本からの出品作品（共同制作、合作含む）を記す。なお、2017年(第90回)までは他部門同様ショートリストが作成されていたが、2018年以降は応募要件を満たした作品全てをリストにして発表し、そこから一気にノミネーションまで絞る方法がとられている[13]。

2017年までは特記ない限りショートリスト入り（ノミネート落ち）、2018年以降は応募受理リスト入り（ノミネート落ち）。
ショートリスト（2000年代）

年作品名制作会社監督
2001年
(第74回)ファイナルファンタジースクウェア・ピクチャーズ坂口博信
2002年
(第75回)千と千尋の神隠し 受賞[注 2]スタジオジブリ宮崎駿
2003年
(第76回)東京ゴッドファーザーズマッドハウス今敏
劇場版ポケットモンスター 水の都の護神 ラティアスとラティオスOLM湯山邦彦
千年女優マッドハウス今敏
2004年
(第77回)イノセンスProduction I.G押井守
2005年
(第78回)スチームボーイサンライズ大友克洋
ハウルの動く城 本選ノミネートスタジオジブリ宮崎駿
2006年
(第79回)パプリカマッドハウス今敏
2007年
(第80回)鉄コン筋クリートSTUDIO 4℃マイケル・アリアス
2008年
(第81回)ストレンヂア 無皇刃譚ボンズ安藤真裕
スカイ・クロラ The Sky CrawlersProduction I.G、ポリゴン・ピクチュアズ押井守
2009年
(第82回)崖の上のポニョスタジオジブリ宮崎駿

ショートリスト（2010年代）

年作品名制作会社監督
2010年
(第83回)サマーウォーズマッドハウス細田守
2011年
(第84回)（日本作品なし）
2012年
(第85回)コクリコ坂からスタジオジブリ宮崎吾朗