同年には『アニメック』でアニパロではないオリジナル作品「マジカル ルシィ」を、翌年には『アニパロコミックス』と『月刊OUT』を跨ぐ形で古事記のヤマトタケルノミコト説話を漫画化した[15]「ヤマトタケルの冒険」の連載をそれぞれ始める。
パトレイバーの企画が頓挫

1982年ごろに出渕裕と知り合ったゆうきは意気投合して「企画ごっこ」のノートを見せ、これを気に入った出渕は構成として火浦功を加え『機動警察パトレイバー』として実際にアニメ化することを目指す[16]。制作プロダクションへと企画を持ち込むが受け入れられず頓挫し、多忙となった火浦は企画から撤退する[16]。

1983年（昭和58年）の『時をかける少女』の公開により、ゆうきの周りでは原田知世ブームが起こる[17]。出渕裕・火浦功・美樹本晴彦・かがみあきら・とり・みき・河森正治・米田裕といった面々が原田について熱く語る日々を過ごし[17]、エッセイ漫画などの形で仕事としても昇華していた。ゆうきも『OUT』で連載したパロディ作品「時をかける学園（ねらわれたしょうじょ）[注 4]」などいくつかの漫画で原田を取り上げた[18]他、原田に近づく機会が得られるかもしれないとの理由から角川書店のアニメ雑誌『月刊ニュータイプ』での連載を受諾している[19][注 5]。

1985年（昭和60年）の同誌創刊号から連載を開始したエッセイ漫画「ゆうきまさみのはてしない物語」は四半世紀以上を経た2016年現在においても続いており、同誌最長の長寿連載となっている。
少年サンデー時代
究極超人あ?る
「星雲児[注 6]」で『週刊少年サンデー』に出入りするようになった出渕裕の紹介でサンデー編集部とのコネクションを持ち、1984年（昭和59年）の同誌25周年増刊号に「きまぐれサイキック」が掲載されサンデーでの活動が始まる[20]。同年に、本誌で「?LY BLOOD」の短期集中連載を行う。さらに月刊で発行されていた『週刊少年サンデー増刊号』で「鉄腕バーディー」（オリジナル版）の連載を開始する[20]。しかし、当時の担当が週刊でやることを推したため、増刊での「バーディー」の連載を中断し、1985年（昭和60年）より本誌で「究極超人あ?る」の連載を開始[20]。以降、同誌はゆうきの主戦場となり、2002年（平成14年）までの17年間に渡って作品を掲載することとなる。
機動警察パトレイバー
1986年（昭和61年）には新たに脚本家の伊藤和典と当時伊藤の妻であったキャラクターデザイナーの高田明美を加えて『機動警察パトレイバー』の計画を練り直し、バンダイでOVA化を取り付ける[21]。1988年（昭和63年）には『少年サンデー』での漫画版の連載とOVAの発売が始まり[21]、翌1989年（平成元年）には映画化・テレビアニメ化も達成し、デビュー前の構想が元となった企画が実現された。「パトレイバー」連載開始の同年には前年連載が終了した「あ?る」で第19回星雲賞マンガ部門を、翌年には連載中の「パトレイバー」で第36回小学館漫画賞少年部門を受賞する。
じゃじゃ馬グルーミン★UP!
1994年（平成6年）には6年続いた「パトレイバー」を完結させ、担当から提示された題材を元に「じゃじゃ馬グルーミン★UP!」の連載を『少年サンデー』で開始[22]。同作も連載期間が6年に渡る長期連載となり、単行本では全26巻のタイトルとなっている[注 7]。また「じゃじゃ馬」と並行して、1995年（平成7年）からは『月刊少年キャプテン』（徳間書店）で「土曜ワイド殺人事件」（とり・みきとの共作）、2000年（平成12年）からは『AICコミックLOVE』（AIC）で「マリアナ伝説」（田丸浩史との共作）の連載を開始している。