2014年3月31日からは、同年3月28日で終了する前座番組『めざにゅ?』の後継番組として、『めざましテレビ アクア』を開始[31][32]。『アクア』のタイトルは番組セットが水をイメージしたものになっていることに由来する。このことからV9スタジオ、めざまスカイのセットをマイナーチェンジ。さらにテーマソングを曜日ごとに変更し、スタジオのライト装飾もその曲のテーマカラーに合わせて色を月曜 - 土曜（『めざましどようび』）ごとに変えている。なお、『アクア』のメインキャスターは男性はフジテレビの局アナ2名、女性は外部人材3名が曜日ごとのローテーションを組み、毎日男女2名ずつの割で担当する。

また今回のリニューアルに伴い、お天気コーナーキャスターを小野彩香に交代し、長野は『アクア』金曜メインキャスターと『めざましどようび』総合司会に配置転換されることになった。

2015年3月30日からは、『アクア』のメインキャスターのローテーション制をやめて、牧野結美（セント・フォース。元静岡朝日テレビ）と立本信吾が1週間を通して担当することになった[33]。牧野は2月に静岡朝日テレビを退職しフリー転身直後に『めざましファミリー』に仲間入りした。なお牧野は『めざまし』本編にも水曜日 - 金曜日の「OH!めざめエンタNOW」のコーナーMC担当（月・火は高見侑里）でレギュラー出演する[34]。さらに、この改編と同時に『めざにゅ?』時代で使用されていた「これからおやすみになる方もそしてお目覚めの方も時刻は×:××（開始時刻）になりました。○月○日○曜日、『めざましテレビアクア』の時間です」の台詞が牧野に継承する形で復活した。『めざにゅ?』時代は4時台のみ使用されていたが当番組は5時台にも言うようになった。

2016年4月1日を以って、2008年から出演していた加藤が、2016年4月3日から『スポーツLIFE HERO'S』（日曜版）メインキャスターを担当、また5月にはフジテレビを退社しフリーアナウンサーになることに伴い卒業。またお天気キャスターの小野が番組を卒業、『めざましテレビアクア』へ異動となった。

加藤の卒業により、同年4月4日に番組をリニューアル。総合司会にはこれまで情報キャスターを担当していた永島優美が昇格した。永島の情報キャスターの後任は宮司愛海・小澤陽子が、小野の後任は阿部華也子が、ココ調リポーターは横山ルリカが新たに加入、さらに木曜パーソナリティとしてHey!Say!JUMPの伊野尾慧が加入。男性情報キャスターはココ調リポーター・『めざましどようび』情報キャスターを担当していた生田竜聖が月曜から金曜まで担当。また番組ロゴマークは4年ぶりに変更となり、太陽をモチーフとした初代ロゴマークが復活した[注 14]。また、「めざましじゃんけん」のみピンク、オレンジ、緑の3つの楕円形の球体が横に並んだロゴマークは2023年まで継続使用していた。スタジオセットも4年ぶりに変更され、FCGビルの24階に使用していた「めざまスカイ」は正式に使わなくなり、全編V9スタジオでの放送となる。
2018年度 - 2020年度 ・『アクア』終了と『全部見せ』の開始

2018年3月30日をもって『アクア』は4年間で番組終了。同年4月2日から4:00 - 4:55に『クイズ!脳ベルSHOW』（BSフジ制作）のネット受けを開始し[35]、『めざましテレビ』は『アクア』を統廃合する形で本体のみの放送となり、関東ほか一部地域のみ「第0部」（4時55分 - 5時25分）を新設し、番組全体の開始時刻を従前より30分繰り上げの4:55にする[36][注 15]。また、出演者は、スポーツキャスターの倉田、エンタメキャスターの山�ｱと三上が卒業。それに伴い、スポーツキャスターに酒主義久[注 16]、エンタメキャスターに永尾亜子が加入し、宮司が情報キャスターより配置換え[注 17]また女性情報キャスターは、久慈がスポーツキャスターと兼務する。

『アクア』の終了に伴い「めざまスカイ」から常時生放送は行われなくなり、これ以降はスタジオセットを残置したままアーティストの生ライブや『めざましどようび』を中心にゲストへインタビューするコーナーの収録に使われたり、『めざましテレビ』のYouTubeアカウントの動画収録、V9スタジオのセット改装時の代替スタジオ（それ以外の番組は報道センターやコリドールを使用）として使われる。

2018年10月1日から、時刻表示がリニューアルし、シンボルの太陽の真ん中から濃いオレンジ色が広がることで秒がわかるようになり、さらに2019年1月5日からは周りの太陽の一部が赤色に変化した[37]。また、出演者は、スゴ撮リポーターに井上清華、フィールドキャスターに大川立樹が加入。また、同年10月5日に、宮司が卒業。