2011年11月2日より開始以来総合司会を務めてきた大塚範一が病気療養に入ったが、年が明けて2012年になってからも大塚の病気療養が長引き、現場復帰のメドが立たなくなったことから、大塚から番組スタッフに対し「これ以上番組に迷惑はかけられない」と降板の申し入れがあったこと、その大塚の代わりに総合司会代行を務め、当時他にも多くのレギュラー番組を抱えていた伊藤利尋の負担軽減[注 12]、さらにスポーツコーナーを担当する遠藤玲子が結婚し第1子を妊娠（2012年8月に出産）などの事情も重なったことから、大塚からの降板の申し入れをフジテレビの豊田皓社長が受け入れる形で番組放送開始から19年目を迎える2012年4月からフルリニューアルすることとなり、2日前の3月30日をもって大塚、伊藤、遠藤、さらに本番組でお天気キャスターとしてデビューし、エンタメキャスターを務めた皆藤愛子が番組を卒業した[27][28][29]。

また番組のロゴマークも放送開始当時よりフジテレビ河田町旧社屋からFCGビルに移転後に継続使用してきた太陽をモチーフにしたものから一新し、ピンク、オレンジ、緑の3つの楕円形の球体が横に並んだロゴマークに変更された。また、V9スタジオでの生放送と並行し、FCGビルの24階に新設された「めざまスカイ」からの放送も始まった(リニューアル1か月は番組の半分をめざまスカイから届けていたが、同年4月29日以降から2016年度のリニューアルまでは主に7時台後半で使用)。
出演者の交代


大塚の後任の総合司会は、2011年3月まで『すぽると!』の平日総合司会を務めた三宅正治が担当した[30]。入社以来、スポーツ中継の実況やスポーツニュース番組キャスターとして活躍してきた三宅にとって、情報番組への登板は本番組が初めてとなる。更に生野陽子に加え、加藤綾子が総合司会に昇格した。

伊藤の後任の情報キャスターは、伊藤が大塚の代役で総合司会を務める際、伊藤の代役として出演してきた倉田大誠が担当、正式にレギュラー出演者となる。加藤が総合司会に昇格したため、純粋な情報キャスター（ニュース）を担当するのは倉田のみとなる。

遠藤の後任のスポーツキャスターは、三田友梨佳が新たに加入。それに伴い担当曜日が変わり、遠藤の担当曜日だった月曜日 - 水曜日は中村光宏[注 13]が、中村の担当曜日だった木曜日 - 金曜日は三田が担当。

皆藤の後任のエンタメキャスターは、それまで木曜日 - 金曜日を担当してきた山�ｱ夕貴が、1週間通して担当。

ココ調キャスターに、竹内友佳が新リポーターとして登場する。

新コーナー「イマドキ」では、高見侑里らが出演。

コメンテーターが復活し、前刀禎明を起用。

2014年度 - 2017年度 ・『アクア』放送時代

2014年3月31日からは、同年3月28日で終了する前座番組『めざにゅ?』の後継番組として、『めざましテレビ アクア』を開始[31][32]。『アクア』のタイトルは番組セットが水をイメージしたものになっていることに由来する。このことからV9スタジオ、めざまスカイのセットをマイナーチェンジ。さらにテーマソングを曜日ごとに変更し、スタジオのライト装飾もその曲のテーマカラーに合わせて色を月曜 - 土曜（『めざましどようび』）ごとに変えている。なお、『アクア』のメインキャスターは男性はフジテレビの局アナ2名、女性は外部人材3名が曜日ごとのローテーションを組み、毎日男女2名ずつの割で担当する。

また今回のリニューアルに伴い、お天気コーナーキャスターを小野彩香に交代し、長野は『アクア』金曜メインキャスターと『めざましどようび』総合司会に配置転換されることになった。

2015年3月30日からは、『アクア』のメインキャスターのローテーション制をやめて、牧野結美（セント・フォース。元静岡朝日テレビ）と立本信吾が1週間を通して担当することになった[33]。牧野は2月に静岡朝日テレビを退職しフリー転身直後に『めざましファミリー』に仲間入りした。なお牧野は『めざまし』本編にも水曜日 - 金曜日の「OH!めざめエンタNOW」のコーナーMC担当（月・火は高見侑里）でレギュラー出演する[34]。さらに、この改編と同時に『めざにゅ?』時代で使用されていた「これからおやすみになる方もそしてお目覚めの方も時刻は×:××（開始時刻）になりました。○月○日○曜日、『めざましテレビアクア』の時間です」の台詞が牧野に継承する形で復活した。『めざにゅ?』時代は4時台のみ使用されていたが当番組は5時台にも言うようになった。

2016年4月1日を以って、2008年から出演していた加藤が、2016年4月3日から『スポーツLIFE HERO'S』（日曜版）メインキャスターを担当、また5月にはフジテレビを退社しフリーアナウンサーになることに伴い卒業。またお天気キャスターの小野が番組を卒業、『めざましテレビアクア』へ異動となった。

加藤の卒業により、同年4月4日に番組をリニューアル。総合司会にはこれまで情報キャスターを担当していた永島優美が昇格した。永島の情報キャスターの後任は宮司愛海・小澤陽子が、小野の後任は阿部華也子が、ココ調リポーターは横山ルリカが新たに加入、さらに木曜パーソナリティとしてHey!Say!JUMPの伊野尾慧が加入。男性情報キャスターはココ調リポーター・『めざましどようび』情報キャスターを担当していた生田竜聖が月曜から金曜まで担当。また番組ロゴマークは4年ぶりに変更となり、太陽をモチーフとした初代ロゴマークが復活した[注 14]。また、「めざましじゃんけん」のみピンク、オレンジ、緑の3つの楕円形の球体が横に並んだロゴマークは2023年まで継続使用していた。スタジオセットも4年ぶりに変更され、FCGビルの24階に使用していた「めざまスカイ」は正式に使わなくなり、全編V9スタジオでの放送となる。
2018年度 - 2020年度 ・『アクア』終了と『全部見せ』の開始

2018年3月30日をもって『アクア』は4年間で番組終了。同年4月2日から4:00 - 4:55に『クイズ!脳ベルSHOW』（BSフジ制作）のネット受けを開始し[35]、『めざましテレビ』は『アクア』を統廃合する形で本体のみの放送となり、関東ほか一部地域のみ「第0部」（4時55分 - 5時25分）を新設し、番組全体の開始時刻を従前より30分繰り上げの4:55にする[36][注 15]。また、出演者は、スポーツキャスターの倉田、エンタメキャスターの山�ｱと三上が卒業。それに伴い、スポーツキャスターに酒主義久[注 16]、エンタメキャスターに永尾亜子が加入し、宮司が情報キャスターより配置換え[注 17]また女性情報キャスターは、久慈がスポーツキャスターと兼務する。

『アクア』の終了に伴い「めざまスカイ」から常時生放送は行われなくなり、これ以降はスタジオセットを残置したままアーティストの生ライブや『めざましどようび』を中心にゲストへインタビューするコーナーの収録に使われたり、『めざましテレビ』のYouTubeアカウントの動画収録、V9スタジオのセット改装時の代替スタジオ（それ以外の番組は報道センターやコリドールを使用）として使われる。

2018年10月1日から、時刻表示がリニューアルし、シンボルの太陽の真ん中から濃いオレンジ色が広がることで秒がわかるようになり、さらに2019年1月5日からは周りの太陽の一部が赤色に変化した[37]。また、出演者は、スゴ撮リポーターに井上清華、フィールドキャスターに大川立樹が加入。また、同年10月5日に、宮司が卒業。それに伴い、金曜日のエンタメコーナーには、堤[注 18]が担当。

2019年3月25日からスタジオセットの一部・テロップのフォーマットを変更。スポーツコーナーのイメージカラーが緑から水色に変更された。

2018年4月から始まった「第0部」については、2019年3月29日をもって終了し、同年4月1日からはめざましテレビ本編とは別番組扱いとなる早朝番組『めざましテレビ全部見せ』を4時55分 - 5時25分に放送開始。基本的に旧「第0部」のネット局はそのままこれもネットする。

2019年3月29日、めざましテレビ25周年を記念とする『今夜発表！4時間生放送平成エンタメニュースの主役100人“ムチャ”なお願いしちゃいましたSP』の放送に伴い、3月25日から3月29日の間は曜日ごとにめざましテレビの歴代キャスターが放送開始から終了まで出演[注 19]。歴代キャスターは番組最後の占いのコーナーで原稿読みを担当した。また、出演者は、月曜日、金曜日のスポーツキャスターの立本が、3月29日をもって卒業。翌週4月2日からは、「ココ調」リポーターを担当していた黒瀬が担当[注 20]。

2020年9月28日から、スタジオが4年半ぶりにリニューアルされた。また、同年10月2日から毎週関西ジャニーズJr.のなにわ男子による新企画「なにわ男子のなんでやねん!」がスタートした。それに伴い「ココ調」は水曜日のみの放送となる。
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