フジテレビ開局55年および番組開始20年を記念して、2013年10月5日 19:00 - 20:54（JST）に、『開局55周年特別番組 20周年めざましテレビ・夜の大同窓会! ウラ側すべて見せます&超豪華じゃんけん祭り』と題して番組初のゴールデンタイム・プライムタイムに生放送された。番組内容は歴代の女性キャスターによる座談会など[73]。ゲストにももいろクローバーZとゴールデンボンバー。高島が第1子妊娠を報告したほか、大塚が番組終盤に生電話出演した。コーナーは通常の朝の放送でも行われている「めざましじゃんけん」もこのスペシャルでも休止せずに行われた。他にゲストのももいろクローバーZとゴールデンボンバーの生ライブも行われた。
放送開始30周年記念 全国ご当地うま撮グランプリ

NISSANのサクラがキャラバンカーとなって全国を回る特別企画。リポーターにはご当地タレントが担当している。
今夜発表! 4時間生放送 めざまし×さんま 平成エンタメニュースの主役100人 “ムチャ”なお願いしちゃいましたSP

フジテレビ開局60年および番組開始25年を記念して、2019年3月29日 19:00 - 22:52（JST）に、『フジテレビ開局60周年特別企画 今夜発表! 4時間生放送 めざまし×さんま 平成エンタメニュースの主役100人 “ムチャ”なお願いしちゃいましたSP』と題して2回目のゴールデンタイム・プライムタイムに生放送された[74][注 76]。『フジテレビ開局60周年記念WEEK』の一環として放送されて、メインキャスターを明石家さんまが務める。番組内容は全6000回以上の放送を徹底分析して、「めざましビッグデータ」を作成して各芸能人の番組出演回数をランキング化したり、ビッグデータの中から平成エンタメニュースの主役100人を選出して、その100人に“ムチャ”なお願いをする企画やフジテレビに残るさんまが出演した全番組映像を網羅した「さんまビッグデータ」も行われる。スペシャルゲストには広末涼子が出演。他のゲストには、歴代女性アナウンサー・山崎弘也・霜降り明星が出演。お笑い駅伝には、間寛平・坂田利夫・ミキ・ゆりやんレトリィバァ・ジャングルポケット・トレンディエンジェルなどが出演。出演回数は女性でAKB48が1位、男性・お笑いでビートたけしが1位で二冠、ハリウッド枠でマイケル・ジャクソンが1位だった。通常の朝の放送でも行われている「めざましじゃんけん」もこのスペシャルでも休止せずに行われて、歴代女性アナウンサー・広末涼子・パーデンネン（さんま）が行った。また、「めざましじゃんけん」の曲のオファーをX JAPANのYOSHIKIにムチャ振りの依頼だったが承諾[注 77]。
関連番組

『めざまし』を冠したレギュラー番組

めざましテレビ週末号（土曜朝 1997年4月5日 - 1998年3月28日）

めざましどようび（土曜 6:00 - 8:30）

めざましどようびメガ（2008年7月12日 - 2012年3月31日、土曜 9:55 - 10:40、一部地域のみ。）

めざましテレビ25周年企画 日本つながるプロジェクト（2019年1月10日 - 6月25日、フジテレビのローカル番組。）

めざまし8（2021年3月29日 - 、平日 8:00 - 9:50）


情報プレゼンター とくダネ!（平日8:00 - 9:50、テレビ大分も放送。） - 後座番組。『とくダネ!』の出演者はスタジオのモニターで本番組（エンディング部分）を観ていたこともあり、実際稀に冒頭で本番組の内容に触れることもあった。また、本番組との共同番組を放送することもあった。

アゲるテレビ（2013年4月1日 - 9月27日、平日午後） - 「ココ調」とコラボレーションした「ゴゴ調」が放送されていた。本番組の非ネット局であるテレビ大分でも第1部のみネットしていた。

めざドラ（2021年12月6日 - 17日、枠内） - 「めざましテレビ」で放送された帯ドラマ。