「めざましテレビ」曜日別テーマ曲[70]使用期間歌手名・ユニット名
曲名備考
月曜火曜水曜木曜金曜
2014.3.312014.9.26flumpool
「明日への賛歌」西野カナ
「Darling」ファンキー加藤
「FLY」SEKAI NO OWARI
「PLAY」JUJU
「Brand New Days Will Love You」放送開始20周年
2014.9.292015.3.27flumpool
「大好きだった」西野カナ
「好き」ファンキー加藤
「少年の声」SEKAI NO OWARI
「MAGIC」JUJU
「始まりはいつも突然に」

なお、歴代テーマ曲を集めた「めざましSONGS」、ヴァイオリニストの高嶋ちさ子らが演奏した「めざましクラシックス」が発売されている。
特別編成
『とくダネ!』との合同選挙特別番組

第46回衆議院議員総選挙投開票日の翌朝である、2012年12月17日 7:00 - 11:30に『ニッポンの選択・ビギンズ』と題し、本番組と『とくダネ!』の合同選挙特別番組が放送された[71][72]。なお、番組表・編成上は本番組第2部7時台・『とくダネ!』・『ノンストップ!』の3番組の番組内特番としての扱い[注 73]であり、各番組の通常時ネット局・放送時間での放送となった。

司会： 小倉智昭、菊川怜（以上『とくダネ!』）、三宅正治、生野陽子（以上本番組）ほか

20周年以前の特番

金曜メガTV 素朴な疑問大追跡!さんま・鶴瓶のめざまし調査隊大爆笑スペシャル!（1996年11月15日）

カスペ! ありがとう15周年めざましテレビ大感謝祭?大塚範一 真夏の大激走!?（2008年7月15日）

20周年めざましテレビ・夜の大同窓会! ウラ側すべて見せます&超豪華じゃんけん祭り

フジテレビ開局55年および番組開始20年を記念して、2013年10月5日 19:00 - 20:54（JST）に、『開局55周年特別番組 20周年めざましテレビ・夜の大同窓会! ウラ側すべて見せます&超豪華じゃんけん祭り』と題して番組初のゴールデンタイム・プライムタイムに生放送された。番組内容は歴代の女性キャスターによる座談会など[73]。ゲストにももいろクローバーZとゴールデンボンバー。高島が第1子妊娠を報告したほか、大塚が番組終盤に生電話出演した。コーナーは通常の朝の放送でも行われている「めざましじゃんけん」もこのスペシャルでも休止せずに行われた。他にゲストのももいろクローバーZとゴールデンボンバーの生ライブも行われた。
放送開始30周年記念 全国ご当地うま撮グランプリ

NISSANのサクラがキャラバンカーとなって全国を回る特別企画。リポーターにはご当地タレントが担当している。
今夜発表! 4時間生放送 めざまし×さんま 平成エンタメニュースの主役100人 “ムチャ”なお願いしちゃいましたSP