2013年4月6日から、平日版が20年目を迎えるにあたって、本番組もテロップを平日の2013年仕様に合わせた。また平日版で2013年1月から放送されている「紙兎ロペ」のショートアニメなどは本番組では実施せず、代わりに行楽情報などを多く盛り込むなどの工夫がされ、平日版に比べ家族向けの作りになっている。同年10月12日から平日版で行われている「めざましじゃんけん」を本番組でも開始。

2014年3月31日から平日版にて曜日ごとにテーマカラーを定めることになり、当番組も6日目の放送という形でイエローのテーマカラーが2014年4月5日の放送から割り当てられた。[2]

2018年10月6日から、これまで情報キャスターを務めていた西山喜久恵が総合司会(メインキャスター)に昇格したため、本番組でも総合司会(メインキャスター)が3人体制となった。

2022年4月2日を以って、総合司会(メインキャスター)を担当した佐野・久慈が卒業し、後任に平日版総合司会(メインキャスター)と二刀流で担当する生田竜聖と、平日版お天気キャスターを歴代最年長で6年間担当した阿部華也子が担当。なお、佐野は翌週4日からは、平日の『ポップUP!』の進行MCを山�ｱ夕貴と共同で担当する。また久慈は4月末でフジテレビを退社するため、当番組をはじめ、レギュラー番組を全て降板することとなった。

2024年3月30日を以って、お天気キャスターの谷尻が卒業し、4月6日より田中裕理が就任。〈予定〉なお、谷尻は、めざましファミリーとして引き続き出演する。
平日版新型コロナウイルス感染症による対応措置

2020年4月10日 - 6月26日及び同年8月14日 - 9月25日の期間に実施した措置では、2020年4月7日に発令された改正・新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づく新型コロナウイルス感染症緊急事態宣言を受け、4月10日から6月26日までは新型コロナウイルス感染拡大防止の観点から、当面の間は月曜日から木曜日まで平日版キャスターが平日班で金曜日のみ本番組のキャスターが土曜班の2班体制で出演した。6月29日からは通常通りに戻ったものの、8月13日に木曜日パーソナリティである伊野尾慧の感染が確認されたことを受け、8月14日から9月25日までの放送分で再び金曜日のみ本番組のキャスターが出演することになった。また、伊野尾は2020年9月1日から仕事復帰した。

総合司会(メインキャスター)・ニュースサブキャスターに関しては、2020年4月10日から6月26日及び8月14日から9月25日までの放送分は感染拡大防止の観点から、総合司会(メインキャスター)は三宅正治・永島優美が月曜 - 木曜に、佐野・久慈が金曜に出演し、サブキャスターは生田・井上清華が月曜 - 木曜に、本番組スポーツキャスターの木下・平日版フィールドキャスターの藤本万梨乃が金曜に出演。ただし、本番組総合司会の西山とニュースキャスターの松村は出演しないが、5月8日は佐野が体調不良のため欠席し、平日版「きょうのわんこ」ナレーション・本番組総合司会の西山が代行した。

お天気キャスターに関しては、2020年4月10日から6月26日までの放送分は感染拡大防止の観点から、金曜のみ本番組の11代目お天気キャスターの谷尻が出演した。6月29日からは通常通りに戻ったものの、8月13日に木曜日パーソナリティであるHey!Say!JUMPの伊野尾の感染が確認されたことを受け、8月14日から金曜は再び『めざましどようび』のキャスターが出演することとなるが、11代目お天気キャスターの谷尻は金曜は出演せず、7代目お天気キャスターの阿部が金曜も通常通り出演することになった。

スポーツキャスターに関しては2020年4月10日から6月26日までの放送分は感染拡大防止の観点から酒主義久が月曜 - 木曜に、黒瀬翔生が金曜に出演し、月曜・火曜・木曜・金曜の久慈は毎週金曜のみ『めざましどようび』の出演者の立場で総合司会(メインキャスター)を担当し、水曜の井上清華は月曜 - 木曜にニュースサブキャスターを担当することになった。金曜のニュースサブキャスターはフィールドキャスターの藤本万梨乃が担当。6月29日からは通常通りに戻ったものの、8月13日に木曜日パーソナリティである伊野尾の感染が確認されたことを受け藤井弘輝が木曜に、出演して月曜・水曜・木曜の酒主が月曜 - 水曜の出演に変更されたが、久慈・井上は再び、月 - 木曜に井上が、金曜に久慈が出演となった。2020年9月10日からは酒主が月曜 - 水曜の出演から月曜・水曜・木曜の出演に再度変更された。黒瀬は金曜のみ出演。2020年10月12日からは平日版ニュースサブキャスターを担当する井上(月曜・火曜・金曜)、久慈(水曜・木曜)がスポーツキャスターも再度兼務することになった。

エンタメキャスターについては2020年4月10日から6月26日までの放送分は感染拡大防止の観点から軽部真一と永尾亜子が月曜 - 木曜に、堤礼実と本番組エンタメキャスターの高見が金曜に出演(深夜の担当番組も兼務しているため、その間鈴木唯の出演はなし)。8月14日から9月25日は軽部と永尾が月曜・木曜、軽部と鈴木が火曜・水曜、堤・高見が金曜に出演。

2021年1月7日の新型コロナウイルス緊急事態宣言再発令を受け、1月13日から、平日班と土曜班の接触を防ぐため、久慈が平日版の水曜日・木曜日には出演せず、本来の曜日(月曜日・火曜日・金曜日)に加えて井上が水曜日、渡邊渚が木曜日に出演。久慈は本番組のみの出演となった。

「キラビト!」と「きょうのわんこ」に関しては、新型コロナウイルス感染拡大防止で新規の収録ができない間、「キラビトレジェンド」「きょうのわんこレジェンド」として、それぞれ過去に放送されたものの再放送を行っている。

2022年1月20日に伊野尾と同じくHey!Say!JUMPメンバーである知念侑李が新型コロナウイルスに感染していたことが確認され、伊野尾をはじめメンバー全員が検査をしたところ、伊野尾の感染が再び確認された[3]。木曜日の出演者は全員金曜日の出演を見合せた。これを受け翌日21日は、本番組の出演者中心で放送した。総合司会(メインキャスター)として酒主(生田の代役)と佐野・久慈(三宅・渡邊[4]の代役)、エンタメキャスターは鈴木（渡邊・情報キャスターの藤本の代役兼務)、と高見（軽部の代役）、スポーツキャスターは大川が担当した[5]。ただし、お天気キャスターに関しては阿部が通常通り出演。伊野尾は自宅療養を行ったのち2月3日から平日版に復帰した。24日からは平日版・本番組同様、1度に出演する出演者を最小限に減らすことやアクリル板を増やすこと、一部出演者を24階の「はちたま」から出演(本番組では行わない)するなど感染対策を強化しており、現在も続いている。なお、今回は出演者を2班体制にする措置は取られていない。

2022年3月15日に平日版エンタメキャスターの永尾が新型コロナウイルスへの感染が確認され、当番組では翌日16日に発表した。16日は同時に出演していた軽部が念のため欠席した。なお鈴木は、担当日であるが休暇のため、当番組エンタメキャスターの高見が代行した。
めざましどようびメガ

2008年7月12日から、それまで土曜10・11時台にフジテレビと一部系列局で放送されていた『ハッケン!!』が会社全体の予算削減の流れを受け終了したことに伴い、『めざましどようびメガ』(10時台前半のみ)を新設することになった。初代総合司会は本編同様、福原・杉崎が担当し、コメンテーターにはケンドーコバヤシを起用。さらに、2009年4月からは話題のゲストを招く体制となった。