当初は予告(番組前の6:58頃、一部地域を除く)で伊藤が『ポンキッキーズ21』のキャラや出演者らとジャカジャカジャンケンをしていたが、2004年10月2日からは八塩のみの予告となった。

放送開始当初は全ネット局揃って7:00開始だったが、2005年4月2日から6:30、2006年4月1日から6:00とそれぞれ開始時間を繰り上げた。6時台は全編ローカルセールス扱いであるため、富山テレビは2020年3月28日まで7:00開始(飛び乗り)となっていた[注 5]。

2010年7月10日から地上アナログ放送では16:9LBサイズで放送されている。なお、ハイビジョン制作とはいえ、ニュース・スポーツ・芸能におけるVTRは平日版同様、4:3標準画質で両サイドに「めざましどようび」の名前入りのサイドパネルが付けてある(デザインは平日版同様)。しかし、平日版よりはハイビジョン制作のコーナー(「ココ調」、「めざカルチャ」、「MOTTOいまドキ!新発売」など)の比率は高い。同年10月2日から、上記VTRのほとんどがハイビジョン映像になった。テロップも全てHD対応となっている（平日版も同様）。また、テロップは当初は独自のものが多かったが、同日からニュースのテロップデザインが平日版同様になった(『メガ』は2011年11月から)。さらに、2011年4月2日からは平日版同様のコーナーが増えている(当初は占いと「MOTTOいまドキ!新発売」程度)。

平日版は2012年4月2日から大幅刷新に伴い総合司会(メインキャスター)を従来の2人体制から3人体制に変更した[注 6]が、本番組は2018年9月までは2人体制のままであった。また、同日より一時期平日版はコメンテーターとして前刀禎明が出演開始したが、本番組では2008年3月の江上降板後、コメンテーター枠自体廃止されたままで、コメンテーターの起用はなかった。

2013年4月6日から、平日版が20年目を迎えるにあたって、本番組もテロップを平日の2013年仕様に合わせた。また平日版で2013年1月から放送されている「紙兎ロペ」のショートアニメなどは本番組では実施せず、代わりに行楽情報などを多く盛り込むなどの工夫がされ、平日版に比べ家族向けの作りになっている。同年10月12日から平日版で行われている「めざましじゃんけん」を本番組でも開始。

2014年3月31日から平日版にて曜日ごとにテーマカラーを定めることになり、当番組も6日目の放送という形でイエローのテーマカラーが2014年4月5日の放送から割り当てられた。[2]

2018年10月6日から、これまで情報キャスターを務めていた西山喜久恵が総合司会(メインキャスター)に昇格したため、本番組でも総合司会(メインキャスター)が3人体制となった。

2022年4月2日を以って、総合司会(メインキャスター)を担当した佐野・久慈が卒業し、後任に平日版総合司会(メインキャスター)と二刀流で担当する生田竜聖と、平日版お天気キャスターを歴代最年長で6年間担当した阿部華也子が担当。なお、佐野は翌週4日からは、平日の『ポップUP!』の進行MCを山�ｱ夕貴と共同で担当する。また久慈は4月末でフジテレビを退社するため、当番組をはじめ、レギュラー番組を全て降板することとなった。

2024年3月30日を以って、お天気キャスターの谷尻が卒業し、4月6日より田中裕理が就任。〈予定〉なお、谷尻は、めざましファミリーとして引き続き出演する。
平日版新型コロナウイルス感染症による対応措置

2020年4月10日 - 6月26日及び同年8月14日 - 9月25日の期間に実施した措置では、2020年4月7日に発令された改正・新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づく新型コロナウイルス感染症緊急事態宣言を受け、4月10日から6月26日までは新型コロナウイルス感染拡大防止の観点から、当面の間は月曜日から木曜日まで平日版キャスターが平日班で金曜日のみ本番組のキャスターが土曜班の2班体制で出演した。6月29日からは通常通りに戻ったものの、8月13日に木曜日パーソナリティである伊野尾慧の感染が確認されたことを受け、8月14日から9月25日までの放送分で再び金曜日のみ本番組のキャスターが出演することになった。また、伊野尾は2020年9月1日から仕事復帰した。

総合司会(メインキャスター)・ニュースサブキャスターに関しては、2020年4月10日から6月26日及び8月14日から9月25日までの放送分は感染拡大防止の観点から、総合司会(メインキャスター)は三宅正治・永島優美が月曜 - 木曜に、佐野・久慈が金曜に出演し、サブキャスターは生田・井上清華が月曜 - 木曜に、本番組スポーツキャスターの木下・平日版フィールドキャスターの藤本万梨乃が金曜に出演。ただし、本番組総合司会の西山とニュースキャスターの松村は出演しないが、5月8日は佐野が体調不良のため欠席し、平日版「きょうのわんこ」ナレーション・本番組総合司会の西山が代行した。

お天気キャスターに関しては、2020年4月10日から6月26日までの放送分は感染拡大防止の観点から、金曜のみ本番組の11代目お天気キャスターの谷尻が出演した。6月29日からは通常通りに戻ったものの、8月13日に木曜日パーソナリティであるHey!Say!JUMPの伊野尾の感染が確認されたことを受け、8月14日から金曜は再び『めざましどようび』のキャスターが出演することとなるが、11代目お天気キャスターの谷尻は金曜は出演せず、7代目お天気キャスターの阿部が金曜も通常通り出演することになった。

スポーツキャスターに関しては2020年4月10日から6月26日までの放送分は感染拡大防止の観点から酒主義久が月曜 - 木曜に、黒瀬翔生が金曜に出演し、月曜・火曜・木曜・金曜の久慈は毎週金曜のみ『めざましどようび』の出演者の立場で総合司会(メインキャスター)を担当し、水曜の井上清華は月曜 - 木曜にニュースサブキャスターを担当することになった。金曜のニュースサブキャスターはフィールドキャスターの藤本万梨乃が担当。6月29日からは通常通りに戻ったものの、8月13日に木曜日パーソナリティである伊野尾の感染が確認されたことを受け藤井弘輝が木曜に、出演して月曜・水曜・木曜の酒主が月曜 - 水曜の出演に変更されたが、久慈・井上は再び、月 - 木曜に井上が、金曜に久慈が出演となった。2020年9月10日からは酒主が月曜 - 水曜の出演から月曜・水曜・木曜の出演に再度変更された。黒瀬は金曜のみ出演。2020年10月12日からは平日版ニュースサブキャスターを担当する井上(月曜・火曜・金曜)、久慈(水曜・木曜)がスポーツキャスターも再度兼務することになった。

エンタメキャスターについては2020年4月10日から6月26日までの放送分は感染拡大防止の観点から軽部真一と永尾亜子が月曜 - 木曜に、堤礼実と本番組エンタメキャスターの高見が金曜に出演(深夜の担当番組も兼務しているため、その間鈴木唯の出演はなし)。8月14日から9月25日は軽部と永尾が月曜・木曜、軽部と鈴木が火曜・水曜、堤・高見が金曜に出演。

2021年1月7日の新型コロナウイルス緊急事態宣言再発令を受け、1月13日から、平日班と土曜班の接触を防ぐため、久慈が平日版の水曜日・木曜日には出演せず、本来の曜日(月曜日・火曜日・金曜日)に加えて井上が水曜日、渡邊渚が木曜日に出演。久慈は本番組のみの出演となった。

「キラビト!」と「きょうのわんこ」に関しては、新型コロナウイルス感染拡大防止で新規の収録ができない間、「キラビトレジェンド」「きょうのわんこレジェンド」として、それぞれ過去に放送されたものの再放送を行っている。

2022年1月20日に伊野尾と同じくHey!Say!JUMPメンバーである知念侑李が新型コロナウイルスに感染していたことが確認され、伊野尾をはじめメンバー全員が検査をしたところ、伊野尾の感染が再び確認された[3]。