2013年（平成25年）8月30日に放送された『みのもんたの朝ズバッ!』の生放送内のCM明け直後、隣に立つ吉田明世の腰付近に手を伸ばし、吉田がその手を振り払ったように見える映像が一瞬流れた。これに対して、TBS広報部は「セクハラ行為があったとは認識していないが、紛らわしい行為だったため、今後このようなことがないよう『番組担当者』に口頭で注意した」と公式に発表している[24]。番組担当者が注意されたものの騒動の当事者であるみのには直接注意されていなかった。9月9日より、みのは9月16日までの「夏休み」を理由にテレビ出演を休止した。みのはこの年の8月9日から16日にも夏休みを取り、情報番組の総合司会が1年に2度も「夏休み」で番組を休むのは異例のことである[25]。

セクハラ騒動が世間を賑わす中、9月13日には同月11日に当時日本テレビ社員の次男が泥酔して道で横たわっていた男性の鞄からキャッシュカードを盗み出し現金を引き出そうとしたとして、窃盗未遂容疑で逮捕されていたことが判明[26]。次男は同年10月8日付で日本テレビを諭旨解雇処分となった[27]。

みのは次男の日テレ入社経緯について、採用試験が難しすぎて名前と住所しか書けなかったため、氏家齊一郎に依頼したコネ入社だったことを明かした[28]。しかし、大久保好男は定例会見で「正規の手続きで入社している。名前しか書けない人は会社どころか大学にも入れない」と述べ、みのの発言内容について否定している[29]。
『朝ズバッ!』『サタデーずばッと』降板、記者会見

「夏休み」でマスコミの前から姿を消していたみのは次男の逮捕を受け、報道機関各社へ送信したファクスで自身が出演する『朝ズバッ!』と『サタデーずばッと』への出演を自粛すると発表[30]。その後、同2013年10月25日にTBSから全ての報道番組を降板させることが発表された[31]。『秘密のケンミンSHOW』とラジオ番組『みのもんたのウィークエンドをつかまえろ』への出演は従来通り続けた[32]。

同2013年10月26日午後、記者会見を行う。その冒頭で「世間をお騒がせして、誠に申し訳ございません」と謝罪した上で、「辞めなければ収まらない風潮を感じた」「（報道は憧れであり）忸怩たる思い」と語った[33]。前述のセクハラ疑惑に対して記者から質問され、「（アシスタントやキャスターが）発言をとちることがあるので、『しっかりしろ』の気持ちで腰をたたいた。セクハラなどということは全くありません」と述べ、否定した[34]。
2014年以降

2014年（平成26年）3月24日、文化放送『みのもんたの ニッポンdiscover again』の初回収録後に緊急会見を行い、「放送界の先輩」が鎌倉の自宅まで駆けつけ、「ファンやスタッフに申し訳ないと言ったか!!」と一喝され、目が覚めたことを明かし、「ドキッとしました。情けなかった。オレは言い訳ばっかりして自分のことばかり考えていた」と目を潤ませ、反省の弁を述べた。同時に今後、各方面に“謝罪行脚”をすることも明かした[35]。

4月6日、次男の事件後に初めてのラジオ番組のレギュラーとなった『みのもんたの ニッポンdiscover again』が放送開始。テレビ番組では2017年1月16日から放送が始まった『結婚したら人生劇変!○○の妻たち』でもMCを務めたが、8か月ほどで終了。次男の事件以降は仕事は激減し、レギュラー番組は『秘密のケンミンSHOW』のみとなった。

2018年前後にパーキンソン病と診断された[36][37][38]。身体が思い通りに動かなくなる症状であり、徐々に進行しており、寝床から起き上がるのに5分かかっていたのが10分かかるようになり、10分が20分に...といった具合で症状が進行してきたという[36]。

2019年（平成31年）8月22日の誕生日を前に自動車運転免許を更新した後、日を置かず免許証を自主返納した（当時75歳）[39]。

2020年（令和2年）1月23日、読売テレビはみのもんたが『秘密のケンミンSHOW』を3月をもって降板することを明らかにした。みのもんたはその後『FRIDAY』の取材に応じ、「75歳になって、若いタレントや芸人のテンポに付いていけなくなった」「『完全に潮時だな』と思った」と加齢による体力の衰えを理由にテレビ局と自ら話し合って引退を決めたことを明かした[40]。文藝春秋の取材にも応じ、「本当の喋りには『間と緩急』というものが必要」と最近のタレントとの感覚の隔たりを感じていたことを明かした[41]。