運賃は大人210円・小児110円、全線均一・前払い。PASMO・Suicaなどの交通系ICカードが利用できる。（現金・IC同一運賃）[1]。バス利用特典サービス（バス特）のバスポイントも付与されていたが[15][16]、2021年に小田急バス・京王電鉄バスがバス特のサービスを終了したため、みたかシティバスでのバスポイント付与も終了した。

東京都シルバーパスでの乗車が可能。身体障害者手帳・愛の手帳、東京都発行の精神障害者保健福祉手帳の提示により障害者運賃割引あり（小児運賃と同額）[1]。

小田急バスのIC定期券、1日フリーパスが利用できる（新川・中原ルート、ムーバス7号線を除く）[1][17][18]。
他市との共同運営路線での運賃の扱い

調布市と共同運営の新川・中原ルートでは、小田急運行便であっても小田急バスのIC定期券・1日フリーパスは利用できない。また京王運行便であっても、京王バスの金額式IC定期券「モットクパス」・IC都区内一日乗車券・全線一日フリー乗車券（紙式）は利用できない[1][19][20][21]。

武蔵野市と共同運営のムーバス三鷹・境循環（7号路線）では、小田急バスのIC定期券・1日フリーパス、東京都シルバーパスは利用できない。運賃はムーバスの他路線と同じく100円均一で、ムーバス専用回数券が利用できる[1]。
三鷹の森ジブリ美術館往復割引乗車券

みたかシティバス専用の割引乗車券があり、三鷹台・飛行場ルート（旧・西部ルート）から小田急バスの指定系統に無料で乗り継げる専用乗継カード、三鷹駅 - 三鷹の森ジブリ美術館前の往復割引乗車券が発売されている。販売場所、利用方法など詳細は、三鷹市および小田急バスの公式サイトを参照[1][22][23]。
みたかシティバス専用乗換カード
西部ルート時代

2002年11月からの経路変更で、西部ルートは武蔵境駅南口発着ではなくなったため、その代替措置として、従来のJR中央線（武蔵境駅・三鷹駅）方面からの利用者の便宜を図るため、小田急バスの一般路線と無料で乗り継ぎ可能な西部ルート専用の磁気式乗車カード（プリペイドカード）「みたかシティバス専用乗換カード」が2,000円で発売されていた。

これは調布飛行場 - 大沢間および三鷹市役所前 - 杏林大学病院間の各停留所で、西部ルートと小田急バスの指定系統（鷹51・鷹54・鷹58・境91）を乗り継ぐ場合、2回目の乗車時に乗換カードを磁気カードリーダーに挿入すると、1回目からの通し運賃で乗車（無料乗り継ぎ）できるものである。西部ルート以外のみたかシティバス路線、指定系統以外の一般路線バスでは利用できない。

かつては磁気カードタイプで発売されていたが、2016年頃より非磁気タイプの乗車券で発売されるようになった。
三鷹台・飛行場ルート時代

2017年3月30日、西部ルートが三鷹台ルートに統合され、三鷹台・飛行場ルートになった後も「みたかシティバス専用乗換カード」は引き続き発売されたが、利用方法が変更されている[1][22]。無料乗り継ぎできる小田急バスの一般路線バスの系統と販売価格は同様で、利用方法が変更されており、1乗車目は乗換カードを提示し、2乗車目は「補助乗車証」を運賃箱に投入する方式になった[1][22]。

三鷹駅北口発着であった三鷹台ルートも、路線再編による統合でJR中央線へ接続しなくなったため、統合後の三鷹台・飛行場ルートにも乗換カードが引き続き適用されることとなった。
専用乗換カード利用終了

2020年3月31日をもって「みたかシティバス専用乗換カード」の発売を終了、同年9月30日をもって利用を終了することが発表された。払い戻しは小田急バス武蔵境営業所と小田急バス三鷹案内所（三鷹駅北口）のみで行う。払い戻し取扱期間の2019年11月1日?2020年12月31日（予定）は無手数料での払い戻しを行い、以降の払い戻し対応はしない。払い戻しの際は乗換カードと「補助乗車証」の両方を持参する必要がある[24][25]。
現行路線調布市と共同運営の「新川・中原ルート」
つつじヶ丘駅北口にて
（小田急バス C160号車）
北野ルート

三鷹駅南口 - 塚 - 野崎 - 三鷹市役所前 - 三鷹中央防災公園・元気創造プラザ - 新川通り - 新川宿 - （北野公園→／←南牟礼・新川二丁目） - 北野

1998年11月3日開業。三鷹駅、三鷹市役所と市内南東部の北野地区を結ぶ。北野地区は左回り循環。北野ルートの新川宿 - 北野は、ループ状の一方通行になっている。

2017年3月30日の路線再編でルート変更。三鷹中央防災公園・元気創造プラザの開設（正式オープンは同年4月1日）にともない経由するようになった。

明星学園ルート

三鷹駅南口 - （文化園西→／←山本有三記念館） - 万助橋 - （三鷹の森ジブリ美術館→／←） - 明星学園入口 - 明星学園前