2004年4月7日よりNHK教育で再放送された際、同年10月23日に発生した新潟県中越地震の直後に放送された第30話では、地震によって地割れが発生する場面がカットされた。翌週は特番によって休止となり、その後は第31話を飛ばして第32話から放送が再開された。第32話冒頭の「これまでのあらすじ」は、第31話から地震に無関係な場面のみを編集し、井上による新録ナレーションを付けたものへ差し替えられた。

なお、この再放送に際して開設された公式ホームページ（2012年にリニューアル）では、第31話のあらすじを掲載している。
2012年再放送時における変更

2012年4月7日よりNHKEテレで、デジタルリマスター版として再放送された際、光過敏性発作を起こすと思われるシーンを、スローモーションで基準値以下に、第12話でナディアの着替えシーンが修正され、彼女の乳首を消去するという自主規制が施された。第30回の終盤では地下のシーンで地震による縦揺れが静止画に置き換わったり、エアトン付近の地割れの瞬間がカットされたり、彼の周りの地面が徐々に地割れしていく部分が既に開いたままで静止していた。

2004年再放送時と違って第31話は放送されたが、レッドノアの崩壊シーンが一部カットされている（カットされた分の尺は、冒頭の前回紹介の後に前回の終盤を重ねて補填されている）。なお、後者では放送開始早々に、千葉県北西部を震源とする地震[46] の発生速報テロップが流れるという一幕もあった。また、第31話最後のガーフィッシュ発見のシーンでは、ガーフィッシュにズームインしたところで本放送時と違って左右が反転され、空から見たシーンにおける航跡の方向のつじつまが合わなくなっていた。

全話ともアイキャッチがカットされている他、第21話は前回のあらすじの解説もカットされている。上記の理由からも放送時間は25分だったが、第39話だけは30分となった。
受賞歴

アニメージュ・アニメグランプリ

グランプリ 第13回（1990年）

グランプリEDITORS CHOICE 第13回（1990年）

サブタイトル部門（第22話、裏切りのエクストラ）第13回（1990年）

女性キャラクター部門（ナディア）第13回（1990年）第14回（1991年）

アニメソング部門（ブルーウォーター）第13回（1990年）

歴代ベストワン作品部門 第18回（1995年）第19回（1996年）


脚注[脚注の使い方]
注釈

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出典検索?: "ふしぎの海のナディア" ? ニュース ・ 書籍 ・ スカラー ・ CiNii ・ J-STAGE ・ NDL ・ dlib.jp ・ ジャパンサーチ ・ TWL（2012年8月）
^ アニメーション協力：グループ・タック、GAINAX
^ アニメーション協力：世映動画（現：同友アニメーション）
^ 共同制作：NHKエンタープライズ・総合ビジョン
^ 放送日時：毎週木曜日から金曜日 18:10 - 18:40
^ 第34話「いとしのナディア?」は未放映。
^ フジテレビの『世界名作劇場』枠で放送されたテレビアニメ『七つの海のティコ』も本企画が元となっている。
^ 本作の前々作である『アニメ三銃士』の名言や予告編のパロディも登場している。
^ 小説版『ジャンとナディアの一番長い日』では記憶喪失になった大人のナディア（21か22歳）が、再びヘソ出しメインコスチュームを着てサーカスに出る描写がある。
^ NHK側が指定した主人公の初期設定に従ったもの。
^ 子供と孫の可能性もある。なお2匹のうちのどちらか定かではないが、CDドラマ「A.D.1901」ではキングの子供である赤ちゃんライオンの名がキングザウルス三世であることが確認できる。