Blu-ray BOX版ではオリジナルの35ミリフィルムからテレシネ化を行い、HD 1080p素材のマスターを新たに起こしている。ただしオリジナルフィルムが現存しなかった部分はDVD版で使用したSD解像度（約34万画素）のマスターを画素変換により約210万画素にアップコンバートしているため、画質がやや劣っている。

2015年6月現在、NHKオンラインが開設されているNHKのアニメ作品としては最も古い作品であり（ただし本放送時に開設されたわけではない）、NHKオンデマンドで配信されている作品としても同様である。1990年代以前に制作されたNHKのアニメ作品では、唯一全放送回がNHKオンデマンドで配信されている。

再放送はBS2で1994年と1997年に、NHK教育で2004年と2012年に放映された。2012年放送時はデジタルリマスターが施された。

2022年8月2日には北米でオリジナルの35ミリフィルムを基に起こされた4Kレストア版がアメリカの映画配給会社GKIDSから発売された[5]
あらすじ
序章

収録話：第1話 - 第11話

西暦1889年、世界中の海で謎の怪獣による船舶遭難事故が相次いで起こった。その事件によって父親が行方不明になった発明好きの少年ジャン・ロック・ラルティーグは、飛行機コンテストに参加するため、パリ万国博覧会にやってきた。セーヌ川の岸辺で叔父と共にコンテストに向けて機体を整備していた時、上の道を自転車で走り去る少女、ナディアを見かけ一目惚れする。ジャンは後を追って行きエッフェル塔の展望台で友達になろうとするが、そこにナディアの持つ宝石・ブルーウォーターを狙うグランディス一味が現れる。その場から逃げ去ったナディアだが、その身のこなしとライオンのキングの存在で行き場所はサーカスと察したグランディス一味によって連れ去られかける。だが同じくナディアの公演を目当てにサーカスを見に来ていたジャンによって助けられジャンの家で夜を明かす。そこに再び万能戦車グラタンに乗ったグランディス一味が現れジャンが発明した飛行機に乗って逃げることにする。

そのままナディアの生まれ故郷と思われるアフリカまで行こうとするが途中で故障し漂流することになり、アメリカの戦艦に助けられる。追いすがってきたグラタンは戦艦に撃破されるが、今度は戦艦が謎の怪獣に襲われジャンたちは再び漂流することに。再び漂流したジャンとナディアは謎の人物ネモ船長が指揮する万能潜水艦ノーチラス号に救助され、飛行機を直してもらいフランスに帰ることにするが、途中ある島に近づいた際に攻撃されて不時着する。

その島はガーゴイルを首領とする秘密組織ネオ・アトランティスに占領されており、グランディス一味も漂着していた。マリーと出会い、グランディス一味とも協力しグラタンで島を脱出したナディアたちはネモ船長の判断で再びノーチラス号に救出され見習いの乗組員となり、次第にネモとガーゴイルの戦いに巻き込まれていく。
第一部：ノーチラス号編

収録話：第12話 - 第22話

ノーチラス号の窮地を救ったグラタンの活躍が認められ、グランディスたちは見習い乗組員として採用されることになる。

そんな中、ネオ・アトランティスの大型潜水艦ガーフィッシュの集中攻撃を受けたノーチラス号だが、逆にガーフィッシュを撃沈。ところが、空中戦艦からガーゴイルの新兵器・スーパーキャッチ光線が発射され、ノーチラス号は空中に引き揚げられてしまう。続いて放射された原子振動砲によって、船体は破壊され絶体絶命の危機に陥る。

海底へと沈んでいくノーチラス号。ネモ船長は乗組員をメインブロックに集め、戦闘ブロックを切り離した。自爆した戦闘ブロックがガーフィッシュを全滅。メインブロックのみになったノーチラス号はガーゴイルの手を逃れた。ネモ船長は、船長室にナディアたちを呼び出した。ナディアたちだけでも助けるために船長室をメインブロックから切り離す。
第二部：無人島編

収録話：第23話 - 第34話

ナディアたちを乗せた船長室は、ゆっくりと海中を進んでいく。何とか浸水の危機を乗り越えたナディア、ジャン、マリー、キング。船長室はとある砂浜に漂着。そこでマリーはガーゴイルのマークが入った缶詰を見つける。しかし島はもう誰も住んでいない無人島であった。しばらくして、突然近くに島が現れた。ナディアたちが渡ると、そこにはグランディス、サンソン、ハンソン、エアトンがいた。この島で暮らしているうちに、ナディアたちは島の正体は古代アトランティス人たちの宇宙船、レッドノアであることを知る。その中に眠る魂の助言を受け、一行はナディアの生まれ故郷であるアフリカのタルテソスに向かう。
最終部：N-ノーチラス号編

収録話：第35話 - 最終話（第39話）

突如現れたネオ・アトランティスの空中戦艦。攻撃からジャンたちを守るため、ナディアは捕らわれの身となる。だがガーゴイルは約束を破り攻撃を開始する。逃げるジャンたちは、間一髪のところを謎の小型艇に助けられる。その小型艇から現れたのは、エレクトラだった。彼女に導かれ、たどり着いた先には、赤錆びた鉄屑のような物体があった。

その中には地下トンネルを利用して無事だったネモ船長たちノーチラス号の乗組員がいた。

赤錆びた鉄屑のような物体は「第四世代型超光速恒星間航行用超弩級万能宇宙戦艦ヱクセリヲン」、通称 Ν-ノーチラス号であった。その船は旧タルテソス王国の地下に眠っていた古代アトランティス人の宇宙船である。

こうして、パリ上空でN-ノーチラス号とレッドノアの戦いが始まった。
登場人物
ナディア一行
ナディア / ナディア・ラ・アルウォール
声 - 鷹森淑乃[6]本作の主人公。褐色の肌と藍色の髪の少女。髪型はショートボブ。1875年5月31日生まれの14歳。一人称は「あたし」。自分の出自を知らないままサーカス団に拾われ、そこで育ったため、アクロバティックな身体能力を発揮する。サーカスの看板スターであり、舞台では「ジャングルの舞姫」と紹介されていた。親と生き別れた時に預けられた宝石“ブルーウォーター”によって数奇な運命にジャンと共に巻き込まれていく。自分の生まれ故郷を見つけるのが夢。血液型A型。身長155cm。体重43kg。B/W/H：79/58/83。足のサイズ22.5cm。指輪のサイズ7号。特技は一輪車、玉乗り、水泳[7]。他に猛獣使いや、空中ブランコといった高所での演技も披露している。感情の起伏が激しく、わがままで意地っ張りな性格。正義感が強く、精神的にも強い。かなり嫉妬深く、時にはウブだったりする。人間に対する猜疑心が強い。ジャンとは後に夫婦となる。普段の服装は、白いチューブブラに橙色の短いチョッキ、そして下半身は白い縁取りを施した橙の腰布と白のアンダースコートといったヘソ出しスタイルで、腰には赤茶色のサッシュ（飾り帯）を巻いている。