サンデー先生と5人の子供たち（チャッピ、ダンプ、プリン、博士、テケ）がひょうたん島に遠足にやってくる。するとひょうたん火山が噴火し、急いで避難しようとするが、あと少しのところで橋が壊れ、ひょうたん島が漂流を始める。途方に暮れる6人の頭上に囚人護送用飛行機からシカゴギャングの「マシンガン・ダンディ」が落下。ダンディが島の食べ物を独占しようとしてサンデー先生と言い争いになる。そのさなか、ベランダが壊れ落ちかけたサンデー先生をダンディが助け、仲直り。大量の盗品をいかだに積んだ海賊、トラヒゲがひょうたん島に漂着する。トラヒゲは食べ物を調達しようとするが、「島の食べ物は少ないから」とダンディが拒否、トラヒゲとダンディの決闘となりトラヒゲが敗れる。トラヒゲのテレビでどこかの国の大統領「ドン・ガバチョ」の記者会見を見ていると、ドン・ガバチョがテレビから「こぼれ落ちて」ひょうたん島に登場。トラヒゲ倉庫にあった金庫を博士が開けてしまい、その金庫に子供たちが入り、閉じ込められてしまう。サンデー先生は金庫を開けるためダンディに助けを求める。ダンディは正体がばれるのを恐れてためらうが、意を決して金庫を開ける。すると子供5人の他に、5年前から金庫に閉じ込められていた医者、ムマモメムが出てきた。
ライオン王国シリーズ

ひょうたん島最初の敵は、ライオンを国王にした南洋の国。一見、未開の原住民に見えるが、実は非常に物質文明の発達したタムレ族の住む国にひょうたん島が流れ着き、サンデー先生がタムレ族にさらわれて、島民がサンデー先生を助けようとして、島民とタムレ族で裁判をおこす。そのうちに人食い花デンドロパクパクがあらわれ島民と酋長が決死隊をつくりデンドロパクパクにプラモデルを食べさせ一件落着。ライオン王国はタムレ共和国になり、酋長は造花のセールスマン、ライオンはサーカス修行でひょうたん島とともに漂流をする。
ブルドキアシリーズ

トラヒゲがトラヒゲデパートを開店したり、子どもたちがキッドの館を見つけたりしているうちに、ひょうたん島は大昔から自分たちを鎖に繋いで奴隷にしてきた人間たちに復讐するという、文化の進んだ犬たちの住む国ブルドキアに漂着。ひょうたん島の島民は捕まってしまい犬にこき使われているポチや老人から人間だと知られると犬たちに殺されることを知ってしまう。犬への攻撃も失敗し、島民たちは人間だとバレそうなときハカセの提案で自分たちはウマザルだと言い犬たちをだます。そして、プードルにウマザルとしてサーカスに出されているすきにノミをばらまき犬と戦う。最終的にダンディがピッツとの一騎打ちでピッツが負けてしまい、ブルドキアは犬と人間が仲良く暮らす平和な国に。酋長はタムレの大統領になったコンチキのお迎えでタムレに帰る。
海賊シリーズ

キャプテン・キッドの宝を探しに4人の名うての海賊たちがひょうたん島に上陸する。宝の隠し場所を示す暗号の歌をもとに、博士を中心とするひょうたん島住人たちと海賊が宝の発見を巡って丁々発止の戦い。キッドの宝は、実はキッドの一人息子・リトルキッドだった。海賊たちはひょうたん島の住人になる。
魔女リカシリーズ

子どもたちが結成したロケット団。(オリジナル版では海賊シリーズで結成。)リトルキッドはロケット団に入団したくて、子どもたちは入団試験を受けさせる。それは、真夜中に墓地へやってきて[魔女の岩]を3回まわってネコの死体を持ってくるというもの。リトルキッドはみごとにこなす。すると魔女リカが島にやってくる。島民は魔女リカを追い払うが、魔女リカはトラヒゲにこき使われている海賊たちと手をくみ、ひょうたん島を[懐かしい昔]にもどそうとする。島をサマーマシンで熱くしたりウィンターマシンで寒くしてトラヒゲを破産させたりする。しかしリトルキッドがトランプで遊んでいるとトランプのエースが1枚多いことを発見。破り捨てようとすると魔女リカが苦しむ。トランプのエースは魔女リカがトランプに抜き出していたハート(心臓)だった。魔女リカはこりて逃げていく。
マジョリタンシリーズ

魔女リカの出身地でもあったグレート・マジョリタンで、3人の恐るべき魔女がひょうたん島住人たちを待ち受ける。国王と王子はそれぞれワニと怪物に姿を変えられていたがひょうたん島住人の活躍で魔女たちは滅亡、国王たちは元に戻る。