2012年（平成24年）3月17日に急行「きたぐに」（大阪 - 新潟間）[報道 1][報道 2][報道 3][注釈 3]、2014年（平成26年）3月15日に寝台特急「あけぼの」（上野 - 青森間）[3][報道 4][報道 5][注釈 4]、2015年（平成27年）3月14日に寝台特急「北斗星」（上野 - 札幌間）[報道 6][報道 7][注釈 5]が相次いで定期運行を終了したために、当列車はJRグループにおける最後の「定期運行を行う急行列車」「客車を使用した定期列車」「青函トンネルを通過する定期夜行列車」となっていた[報道 8][報道 9]。

しかし後述のとおり、2016年（平成28年）3月20日の札幌発青森行き、同21日の青森発札幌行きを最後に運行を終了し[報道 10][報道 11]、北海道新幹線開業日の同年3月26日をもって廃止となった[報道 12][報道 13]。なお、運行最終日（札幌3月20日発・青森3月21日発）は全車指定席で運行された[報道 14][報道 15]。
列車名の由来

植物のハマナスから。寝台特急「北斗星」・快速「海峡」とともに、一般公募により決定された[報道 16]。

なお、過去には1955年（昭和30年）6月1日から1968年（昭和43年）10月1日まで函館・小樽・札幌・旭川 - 網走間を函館本線・石北本線経由で運転していた準急列車・急行列車の名称として「はまなす」の名称が使用されていた（「オホーツク (列車)#準急・急行「オホーツク」として」も参照）[1]。

また本列車の運行開始時には、全国で行なわれた都市圏短距離普通列車増発のうち北海道内のものに愛称がつけられ、石北本線網走着のものが「はまなす」を名乗っていた。さらに、鹿島臨海鉄道・大洗鹿島線の快速「マリンライナーはまなす」がJR東日本鹿島線（北鹿島（現・鹿島サッカースタジアム） - 鹿島神宮間）に乗り入れていた。

また、2014年（平成26年）に青い森鉄道 - 大湊線直通の臨時快速として「快速はまなすベイライン号」が運行した[報道 17]ため、JR線上の愛称で「はまなす」を使った別列車が3系統も運用した実績がある。
北海道新幹線開業に伴う廃止

2016年（平成28年）3月26日に北海道新幹線が新函館北斗駅まで開業。これに伴い従来の電気機関車が使えなくなる[注釈 6]ため、寝台特急「北斗星」については2015年（平成27年）3月14日のダイヤ改正で定期運行を[報道 6][報道 7][新聞 2][注釈 5]（臨時でも同年8月22日の札幌発を最後に運行を）終了した。寝台特急「カシオペア」についても同新幹線開業前に廃止の公算が大きいとの見方があった[新聞 3]が、同年9月5日にJR北海道が当年度末で廃止する方針を固めたことが毎日新聞によって報道され[新聞 4]、9月16日、JR北海道・JR東日本両社連名で「カシオペア」や「白鳥」・「スーパー白鳥」とともに当列車の廃止が発表された[報道 18][報道 19]。これにより、旧国鉄時代も含めたJRグループの定期急行列車および定期客車列車は全廃となった。また、本州 - 北海道間の夜行列車も全廃となった。「急行列車#衰退から消滅へ」も参照

JR北海道は2016年3月26日のダイヤ改正において、「はまなす」の代わりに室蘭・東室蘭 - 札幌間の特急「すずらん」を増発した。「すずらん12号」の札幌発時刻は「はまなす」と同じ22時00分だが、「すずらん1号」の東室蘭発時刻は5時41分と「はまなす」時代より約1時間25分繰り下がった[報道 12]。札幌駅へ向かう場合、青森県側発で約5時間半、函館駅から伊達紋別駅までの区間発で約4時間、東室蘭より先の区間発で約1時間「はまなす」運行時よりも札幌駅へ到達できる時刻が遅くなった。逆に札幌駅を出発する場合東室蘭駅まではほぼ同等であるが、伊達紋別駅より先の道内着の場合で約2時間、青森県側着の場合で約4時間「はまなす」運行時よりも札幌駅での最終列車が早まることになった。
運行概況

青森 - 札幌間を1日1往復、所要約7時間30分で運行されていた。函館本線の大沼 - 森間は上下列車で走行ルートが異なり、上り青森行きが渡島砂原駅（通称"砂原線"）経由、下り札幌行きが大沼公園駅（通称"駒ヶ岳廻り）を経由した。