視聴率の低下、また番組として一定の役割を果たしたこと、1996年春改編における番組枠見直しにより、同年3月26日の放送をもってレギュラー放送を終了。レギュラー最終回は『なるほど!ザ・ワールド 15年ありがとう!グランドフィナーレ』と題し、放送時間を3時間半に拡大。新高輪プリンスホテル（現在のグランドプリンスホテル新高輪）国際館パミール「崑崙」より中継で、過去の名場面を振り返る総集編として放送。最後は集まった全出演者による三本締めで14年半の歴史に一旦幕を閉じた。なおこの最終回は複数のスポンサー切り替え扱いのスポットCMを挟みつつも通しで旭化成グループ一社提供であった。そのため、上記タイトルには『旭化成スペシャル』の冠が付与されていた。その後、旭化成の一社提供は水曜21時[注 3]からの『メトロポリタンジャーニー』（1996年4月 - 1997年3月）に引き継がれ、休止期間を挟み、2017年4月から2021年3月まで[注 4]は日曜11時15分からの『ミライ☆モンスター』への協賛を行なっていた。
レギュラー放送終了から1年後、フジテレビ社屋がお台場に移転した1997年の4月と12月に『大復活祭』として放送された。1997年4月の放送では特に、山形県地方では開局したばかりのさくらんぼテレビで放送され、1993年3月末の山形テレビのANN系列変更に伴っての打ち切り以来の放送となった。その後も、2004年末より不定期特番という形で復活することになった。これらの特番は複数社提供であるものの、放送枠によっては旭化成がメインスポンサーもしくはサブスポンサーとして提供に加わる場合がある。
爆笑問題時代
2004年12月28日（火曜日）18:30 - 20:54に「復活の祭典スペシャル」と称し、7年ぶりに復活した。この特番以降、司会は愛川と楠田から爆笑問題へとバトンタッチされた。また字幕放送を実施。ナレーターは、愛川・楠田時代にレポーターとして参加した益田由美が登板した。
2005年5月4日（水曜日）19:00 - 21:24に「黄金の祭典スペシャル」が放送された。
2005年12月28日（水曜日）18:30 - 20:54に「年末の祭典スペシャル」が放送された。解答者の1人の琴欧洲が出場した大相撲11月場所に異例の懸賞で番組宣伝を行った（この取組に琴欧洲は勝ち、懸賞幕は視聴者にプレゼントされた）。番組のラストは生放送で最初に収録スタジオで爆笑問題の2人がドアをくぐり、新宿アルタの屋上にいる2人へ接続した（この時2人がアルタにいたのは、次に放送される番組が『笑っていいとも!年忘れ特大号!』の生放送がよる9時からのため）。
2006年5月2日（火曜日）19:00 - 20:54に『カスペ!』枠で放送。
2007年4月1日（日曜日）19:00 - 21:54に3時間スペシャルを放送。
2008年4月29日（火曜日）19:00 - 20:54に『カスペ!』枠で放送。スタジオ収録および一部の出題VTRでハイビジョン制作を実施。この回を持って地上アナログ放送では最後の放送と同時に、爆笑問題も司会を降板した。
なお、爆笑問題時代では過去の海外特集のVTRを流すことはあっても、スタジオの様子を映すことはまったくなかった。 2009年2月28日放送の特別番組『バラエティルーツの旅・あなたがいたから僕がいる 半世紀大感謝祭!!』で当番組が取り上げられ、愛川がゲストとして登場。愛川の「一度解答者をやってみたい」という意向により、「恋人選び」が企画された。出題VTRでは楠田が出題者として登場した。 司会進行は、かつて解答者として出演していた明石家さんまが担当し、愛川は急遽スタジオ内に居た当番組プロデューサーの王とペアを組み1番席に、2番席：オードリー、3番席：アラジン（つるの剛士・野久保直樹・スザンヌ）、4番席：今田耕司と岡村隆史がそれぞれ座ることになった。これは愛川の希望で解答者としての参加が実現したと共に、それで優勝したいという熱望もあったために、他の解答者はわざと誤答をし、愛川・王のペアを優勝に導く流れであった。 こちらでは2004年以降のスペシャル版のことに対して、放送上触れられることはなかった。
有吉・滝川時代
2015年10月10日（土曜日）21:00 - 23:10に『土曜プレミアム』枠にて司会は爆笑問題から有吉弘行と滝川クリステルへとバトンタッチされ、『なるほど！ザ・ワールド2015秋』として放送[4]。7年ぶりの復活。ここから完全ハイビジョン制作が開始、同時に地上デジタル放送に変更。解答者には愛川・楠田時代と爆笑問題時代に出演経験のある堺正章が出演、またナレーターも愛川・楠田時代に担当した野沢雅子も19年ぶりに登板している。なお番組ラストでは、同年4月15日に逝去した愛川の生前当番組で司会を担当していたVTRが映され、これにお悔やみのテロップを添えて放送された。
2016年7月4日（月曜日）21:00 - 23:18にて有吉・滝川司会で『なるほど!ザ・ワールド2016夏』として放送[5]。
2017年4月8日（土曜日）21:00 - 23:40に『土曜プレミアム』枠にて有吉・滝川司会で『なるほど!ザ・ワールド 世界の絶景スペシャル』として放送[6]。
2018年1月8日（月曜日）21:00- 23:28に有吉・滝川司会で『なるほど!ザ・ワールド?日本人がまだ知らない!ナゾだらけの国!スペシャル?』として放送された[7]。
2019年1月1日（火曜日）21:00 - 23:30に『なるほど!ザ・ワールド 新春ナゾだらけの国スペシャル』として放送された。
有吉・山﨑時代
2020年1月1日（水曜日）21:00 - 23:30に滝川クリステルに代わって山﨑夕貴が進行役となり『なるほど!ザ・ワールド?こんな絶景見たことない!奇跡の絶景スペシャル?』として放送された[8]。
特別版
クイズルール
基本ルール
まず「オープニングクイズ」として数字にまつわるクイズ（「数の問題」などと呼称されたりした）を行い、最初の席順を決める。正解の数字もしくは内輪の近似値（正解の値より下且つ最も近い数字）を当てた解答者から順に、階段状のセットに設置された1 - 4番席（1番席に近いほど上段にある）に着席する。
正解の数字よりオーバーした場合、それがどんなに正解に近いもの（外輪の近似値。正解の値より上且つ最も近い数字）であっても、内輪の数字を挙げたチームよりも下位になる。ただし複数組がオーバーした場合は、正解に近い方が上位となる。
正解とかなり近い数字を解答した場合、若しくは丁度当てた場合は、愛川の独断で図書券1万円分、またはフジテレビ内のそば八の食事券や番組特製オリジナルグッズが貰える場合もあった｡
中期はトランプマンによるテーブルマジックを使った席決めゲーム。ジャンケンで選択する順番を決め、1番を的中したチームには1万円分の図書券（後に商品券）がプレゼントされる。
後期では、1チームずつに出題されるクイズで正解するまでにかかったタイムの早い順、ケロケロピックを使ったレースゲームと、時期によって様々な方法で決められていた。しかし、末期（1995年4月以降）の席順は簡単なジャンケンで決めていた。
その後のクイズでの正解に応じて、解答枠の入れ替えがある。通常の正解は1段階、最終問題である「ジャンピングチャンス」では2段階上がることができる。
末期（1995年4月以降）では、解答席が5枠まで増えたため、ジャンピングチャンスでの正解は1段階増えた3段階になった。また、最終問題で1枠に行けないことが確定した5番席の解答者には解答権が与えられなかった。しかし、1997年の大復活祭では再び2段階に戻した。
2004年12月の「復活の祭典スペシャル」以降は、書き問題以外すべて正解すると無条件で1枠に上がることができる。そのため、最後の恋人選びは、ジャンピングチャンス名義ではない、単なる最終問題となった。しかし、それでは最終問題の恋人選びのみで優勝が左右されるため、2006年5月の「びっくり映像SP」以降の最終問題では、5枠からスタートし、1巡目で正解しても2段階しか上がれず、2巡目の正解で1枠に上がるというルールに変更された。
解答形式は、基本的には1番席より口頭での解答である。正解が出ないと次の枠に解答権が移る。この折、司会（愛川）は各枠へ解答を聞きに向かうが、制限時間が近くなると警報音[注 5]が鳴り、時間がなくなると「ダメ?」「○○ではない!」などのコメントを言いながら、解答席のテーブルを叩く。すると解答席に「×」印が表示される。特に最終問題では、解答の選択肢が無くなったという意味で「はい、消えたー!」（番組の中でも有名なセリフであった）[注 6]と叫びながら、解答席を叩いた。これは、解答テーブルに×印を出したり、ブザー音を鳴らすスイッチがあったわけではなく、演出およびスタッフへの合図である。
最下位の席まで回っても正解が出ない場合は、再度1番席に解答権が与えられる。（このとき、観客席側から拍手が起きていた。）2 - 3巡しても正解が出なかった場合、ブザー音が鳴って時間切れ・全チーム不正解となる。
正解・不正解の判断や、解答の制限時間は厳格に決められているわけではなく、司会（愛川）の裁量でなされた。例えば、警報音が鳴っていても、正解に肉薄している（正解に近い）場合は猶予を与えたり、問題によっては1度の解答権で1つしか解答を許さなかったりするなど、広い裁量権を持っていた。
愛川は全チーム不正解時にごくまれではあるが、番組の観客に｢お客様の中で答えが分かる方はいらっしゃいますか?｣と聞く場合があった。その観客が正解した場合は図書券もしくは商品券1万円分が贈られた｡
筆記問題（書き問題）は海外特集（国内特集）で稀に出題され、全解答席に解答権がある。正解者は一気に最上位の席へ移動できる。ただし正解チームが複数居た場合、出題前の順位が上位の者から優先的に上位の席に移れる。
例…1位席Aチーム、2位席Bチーム、3位席Cチーム、4位席Dチームの時にBチームとDチームが正解した場合は1位席Bチーム、2位席Dチーム、3位席Aチーム、4位席Cチームになる。
番組開始当初から長らくは上記の席の順に解答を聞き口頭で答える形式のみであったが、中期から早押しクイズが導入された。早押しクイズは海外特集（国内特集）とは別の独立コーナーで、席の順番に関らず早押しで解答権を得られる。