1987年（昭和62年）11月30日に筑波郡谷田部町、大穂町、豊里町、新治郡桜村の3町1村が新設合併し、人口約11万人のつくば市が誕生。むつ市、いわき市、えびの市に次ぐ日本で4番目のひらがな表記の市となった。合併当時の桜村は人口4万人超で、単独市制は不可能であったものの、日本で一番人口の多い村であり、4町村中人口が最も多かった。市外局番も「0298」に統一した。

1987年（昭和62年）12月25日 - 市報「つくば」が創刊[22]。

1988年（昭和63年）

1月31日 - 筑波郡筑波町を編入。

8月27日 - 9月9日 - 筑波研究学園都市建設25周年記念つくばフェスティバルが開催[22][23]。

竹下登内閣の「ふるさと創生事業」により、「ふるさとTSUKUBA（イメージソング）」と「つくば音頭」を制作。


1989年（平成元年）

4月11日 - 市章を制定する[24]。

11月2日 - 市外局番を「0298」に統一[22]。


1990年（平成2年）

6月9日 - つくば文化会館アルス内に、つくば市立中央図書館が開館[25]。

9月27日 - 非核平和都市宣言[26]。


1991年（平成3年）

1月4日 - 交通安全都市宣言[27]。

3月15日 - 首都圏新都市鉄道株式会社が設立[28]。


1992年（平成4年）

1月10日 - 首都圏新都市鉄道が第一種鉄道事業免許を取得[28]。

10月12日 - 福祉都市宣言[29]。

11月1日 - 常住人口が15万人を突破[22]。


1994年（平成6年）10月28日 - 常磐新線起工式が開催される[30]。

1995年（平成7年）10月23日 - 10月27日 - 第6回世界湖沼会議霞ヶ浦 '95が筑波大学大学会館、土浦市民会館で開催[31]。

1996年（平成8年）

1月7日 - つくば市などに隕石雨が降る。のちにつくば隕石と命名[32]。

7月10日 - 市民交流センター「つくばカピオ」が竣工[22]。


1997年（平成9年）

3月1日 - 筑南クリーンセンター本稼働開始[22]。

11月30日 - つくば市の花・鳥・木を制定[33]。


1998年（平成10年）11月30日 - つくば市市民憲章を制定[34]。

1999年（平成11年）

6月1日 - つくば国際会議場がオープン[35]。

11月30日 - 第1回つくば市及び茎崎町合併協議会が開催される[36]。


2001年（平成13年）

2月 - 常磐新線の名称が「つくばエクスプレス」に決定[37]。

10月6日 - つくば市・茎崎町合併市民会議が開催される[38]。

11月12日 - つくば市・茎崎町合併協定調印式が開催される[39]。


2002年（平成14年）11月1日 - 稲敷郡茎崎町を編入。

2003年（平成15年）

1月11日 - 市外局番を逼迫対策により「0298」から「029」へ変更[40][41]。

3月29日 - 首都圏中央連絡自動車道つくばJCT-つくば牛久IC間が開通。

11月16日 - 男女共同参画都市宣言[42]。


2005年（平成17年）

8月24日 - 首都圏新都市鉄道つくばエクスプレスが開業[4]。

10月1日 - 国勢調査で人口が20万人を突破。


2006年（平成18年）4月1日 - つくば市コミュニティバス「つくバス」が運行を開始[43][44]。