1982年（昭和57年）に竣工[7]。庁舎は窓口センターとして引き続き利用され、さらに桜庁舎等に置かれていた外郭団体も集約した上で配置することとなった[7]。

住所：〒300-3292 つくば市筑穂一丁目10番地4

概要：大穂窓口センター、農業委員会事務局（農地管理課、農業振興課）、経済部（農業課、観光物産課、フィルムコミッション室、土地改良課、産業振興課）

豊里庁舎豊里庁舎

2009年時点で庁舎3階の旧議場部分を文書保管庫として使用していたが、庁舎機能廃止後は当面の間、建物全体を文書保管施設として使用することになった[7]。

住所：〒300-2642 つくば市高野1197番地20

概要：豊里窓口センター、教育委員会事務局（学務課、施設管理課、スポーツ振興課、健康教育課、教育総務課、文化財室、指導課）、教育長室

筑波庁舎筑波庁舎

住所：〒300-4231 つくば市北条5060番地

概要：筑波窓口センター、都市建設部（建築指導課、開発指導室、都市整備課、公園緑地課、道路課、営繕・住宅課、地籍調査課）、会議室

茎崎庁舎茎崎庁舎

住所：〒300-1293 つくば市小茎288番地

概要：茎崎窓口センター、総務部（職員研修所）、監査委員事務局、環境保全部（廃棄物対策課、リサイクル推進課、環境課）

新庁舎完成後の各庁舎の扱い

2010年（平成22年）5月6日の新庁舎移行に伴い、旧庁舎は以下のように利用されることになった。また、廃止される庁舎では、新たに窓口センターが設置されることになった[8]。

庁舎建物の存廃庁舎（跡地）利用法窓口センター設置場所
谷田部廃止つくば市立谷田部小学校グラウンド
バスロータリー市民ホールやたべ1階
桜駐車場桜歴史民俗資料館
春日存続筑波大学春日プラザ設置せず
大穂大穂窓口センター
市外郭団体大穂庁舎1階
豊里市の文書保管施設豊里保健センター1階
筑波廃止バスロータリー
駐輪場市民ホールつくばね1階
茎崎バスロータリー茎崎保健センター1階

庁舎制導入の経緯

2010年（平成22年）4月30日まで行われていた庁舎制は、つくば市役所の大きな特徴であるが、この庁舎制の採用はつくば市誕生の経緯と密接に関係している。

つくば市は筑波郡谷田部町・大穂町・豊里町・新治郡桜村が新設合併（対等合併）して1987年（昭和62年）11月30日に誕生した市である（筑波町と茎崎町は後に編入）。この合併は地域住民の望んだものというよりは、国や茨城県の要請によるところが大きい。筑波研究学園都市の建設自体が始めから一体的な都市の運営を前提としており[9]、茨城県も国際科学技術博覧会（つくば科学万博）開幕を控えた1980年（昭和55年）以降、当時の竹内藤男茨城県知事が合併を促す発言を茨城県議会にて行っている[10]。これに対して1981年（昭和56年）に筑波大学が行った住民意識調査では65.7パーセントが合併に賛成とする結果が出たが、時の谷田部町長は「避けて通れないが、今はその時期ではない」として合併に反対する姿勢を表明した[10]。これにより、つくば市の誕生は万博の開幕には間に合わず、知事は1987年（昭和62年）6月21日に周辺町村長を集めて再度合併を要請した[11]。この要請は同年11月20日までの合併を迫るもので[11]、知事が示したスケジュールは4か月で合併協議から自治省（当時）による告示まで持ち込む、という慌ただしいものであった[12]。この慌ただしさは多数の混乱を招き、谷田部町と大穂町の2町による先行合併が取り沙汰されると、大穂町議会に反対派住民が乱入して筑波警察署から警察官が駆け付けるという騒動が発生した[13]。更に筑波町でも反対派住民が議会に乱入、筑波町長が辞意を表明するに至った[14]。

以上を踏まえ、法定の「筑波研究学園都市関係町村合併協議会」は1987年（昭和62年）10月26日に谷田部町・大穂町・豊里町・桜村の3町1村で設立され、10月31日には合併協定書の調印が土浦市で行われた[15]。短期の議論の中で協議会はつくば市役所について次のように決定した[16]。新市の事務所は、仮に筑南地方広域行政事務組合第1圏民センターに置くものとし、恒久的な事務所の位置は、新市発足後適当な時期に定める。