カバー表面には和紙風の加工が施され、集ごとに地の色と模様が異なる。表表紙は第十六集までは糸色望、第十七集以降はヘ組女子生徒のそれぞれ全身絵で、裏表紙は和装の登場キャラクターの絵。装丁担当者はハイヴの久持正士と土橋聖子（土橋は第四集以降）。

なお、雑誌掲載時と単行本掲載時に差異があり、コマ・背景・時事ネタ・誤植などの修正や加筆のほか、以下の違いがある。

各話の始めに、影絵カルタ風の扉絵がつく。

各話の終わりに、新キャラの紹介や追加エピソードなどがつく。

百五話以降背景のどこかに毎回描かれる神シールが、単行本では削除される。

雑誌掲載時の百三十話が単行本では第十三集に百二十九話として収録され、本来の百二十九話は第十四集に百三十一話として収録[注釈 6]されている。

百五十九話のオチが差し替えられている。

最終話（三百一話）のカラーはそのまま収録されている。

最終話の後に「ひとつの可能性としての30X話」が収録されている。ただし目次には記載されていない。

コンテンツ

単行本において、本編以外のコンテンツが充実しているのは本作の特徴の一つである。アニメでもこれらのコンテンツを元に製作された企画は多い。
開けないでよ
カバー下の片面。「開けないでよ」のセリフとともに小森霧のサービスショットを掲載。第十八集からは、小森霧に代わって加賀愛が登場。もう片面も本編に関係するイラストや4コマ漫画などを掲載。カバー下でのおまけ掲載は『かってに改蔵』4巻から続く特徴。
前巻までのあらすじ
前のそで。あらすじと称して本編とは全く関係のない突飛な話を紹介。第一集にもある。第十七集からは、表紙に登場した女子生徒の話になっている。
絶望文学集
後ろのそで。著名文学作品の一節のパロディ。第十七集以降は「絶望名画座」として、著名映画作品の一節のパロディを掲載。
今回の告訴
巻末。木村カエレの告訴状を載せる。第十四集では集の一話目（百三十一話）の後に掲載。第十五集以降は掲載せず。
絶望学級通信
巻末。「絶望絵画館」や「絶望写真館」などのサブコーナーを設け、読者からの投稿イラストや写真を久米田の手書きコメントと共に掲載。
紙ブログ
巻末。作者のブログ風雑記。その集の収録話にちなむ内容で、ネガティブなネタが多い。

その他、巻末には各集ごとに独自の企画やおまけが用意されている。
既刊一覧

巻初版発刊日付ISBN
1第一集2005年9月16日.mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output .id-lock-registration a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-limited a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-registration a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d6/Lock-gray-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-subscription a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-subscription a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/aa/Lock-red-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-ws-icon a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4c/Wikisource-logo.svg")right 0.1em center/12px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-code{color:inherit;background:inherit;border:none;padding:inherit}.mw-parser-output .cs1-hidden-error{display:none;color:#d33}.mw-parser-output .cs1-visible-error{color:#d33}.mw-parser-output .cs1-maint{display:none;color:#3a3;margin-left:0.3em}.mw-parser-output .cs1-format{font-size:95%}.mw-parser-output .cs1-kern-left{padding-left:0.2em}.mw-parser-output .cs1-kern-right{padding-right:0.2em}.mw-parser-output .citation .mw-selflink{font-weight:inherit}4-06-363582-1
2第二集2005年12月16日4-06-363619-4
3第三集2006年3月17日4-06-363646-1
4第四集2006年6月16日4-06-363703-4
5第五集2006年9月15日4-06-363723-9
6第六集2006年12月15日4-06-363762-X
7第七集2007年2月16日978-4-06-363793-9
8第八集2007年4月17日978-4-06-363818-9
9第九集2007年7月17日978-4-06-363854-7
10第十集2007年9月14日978-4-06-363887-5
11第十一集2007年12月17日978-4-06-363929-2
12第十二集2008年2月15日978-4-06-363949-0
13第十三集2008年5月16日978-4-06-363985-8
14第十四集2008年7月17日978-4-06-384011-7
15第十五集2008年10月17日978-4-06-384049-0（通常版）
978-4-06-937273-5（OAD付き初回限定版）
16第十六集2009年2月17日978-4-06-384096-4（通常版）
978-4-06-937274-2（OAD付き初回限定版）
17第十七集2009年5月15日978-4-06-384120-6
18第十八集2009年8月17日978-4-06-384170-1（通常版）
978-4-06-358302-1（DVD付き初回限定版）
19第十九集2009年11月17日978-4-06-384208-1（通常版）
978-4-06-358306-9（OAD付き初回限定版）
20第二十集2010年2月17日978-4-06-384246-3（通常版）
978-4-06-358313-7（OAD付き初回限定版）
21第二一集2010年5月17日978-4-06-384307-1
22第二二集2010年8月17日978-4-06-384344-6