オトコ編、オンナ編と分けてはいるが、ホラー系などボーダーレスな掲載誌も多く、両方に票が分散してしまうタイトルが出てくる弊害がある。そもそも分け隔てすることに疑問を持つ声もあるが、一方で少年漫画や青年漫画に比べてビッグタイトルの少ない少女漫画やヤング・レディース系の作品を紹介しやすいというメリットもある。

また、アンケートでのランキング作成というスタイル上、編集者・漫画原作者の竹熊健太郎（第1回「このマンガがすごい!」大賞の選考委員）が自身のブログなどで述べているように[7]、現在大量に消費されているマンガ作品の全てから未知の名作を拾い上げることは難しい。売上の上位作品・すでに人気を博している作品がランキング上位を占めることもあり、漫画研究家の小田真琴は、『このマンガがすごい!』で「誰にでもわかりやすいフックのある作品」が推される理由として、アンケートに参加している書店員の影響を上げている[8]。
影響

『宇宙兄弟』（2009年度版オトコ編2位）を担当する講談社の編集者は、ダイヤモンド社と角川書店の社員との鼎談で、『このマンガがすごい!』へのランク入りは「マンガの部数に影響する」と語っている[9]。『デトロイト・メタル・シティ』など受賞を機に増刷、帯にその旨がアナウンスされる例もあり、『ブラック・ジャック創作秘話?手塚治虫の仕事場から?』のようにランク入りがブレイクのきっかけとなることもある。

また、マンガやアニメなど、サブカルチャー関係の特集を組むことが多い『サイゾー』は、「同社の『このミステリーがすごい!』の実績があるから信用度が高く、まだまだ十分売れるきっかけになる」というマンガ編集者の発言や、「特設棚を作ると、上位から下位まで全部売れる」「（2011年度版オトコ編1位の『進撃の巨人』は）受賞前からプッシュしていたが、1位になってからは桁違いの売れ行き」という書店員のコメントなどを取り上げている[10]。
スタッフ

2005年・創刊時の編集長は天野由衣子。翌2006年（2007年版）より担当が小泉絵美里に引き継がれ、2009年より2018年まで薗部真一[11]が編集長を務めた。2019年からは宇城卓秀が編集長を務める。スタジオHARD DXが編集に入ったのは初年度のみで、2006年以降は宝島社の担当編集＋外部スタッフという形で作られている。

アンケート部以外の記事執筆は多数。かつては、奈良崎コロスケ（2006・2007・2008の年度版やSIDE-Bに本名の伊熊恒介名義で編集に参加）、粟生こずえ（SIDE-Bに編集で参加）、渡辺水央（SIDE-Bには編集で参加）の3人が主に執筆していた。

他に漫画評論家の大西祥平（不定期刊行時代から参加）、元『みこすり半劇場』（ぶんか社）編集長の山脇麻生、ライターの井口啓子、大黒秀一、小田真琴、加山竜司、横井周子、和智永妙（2010年度版には編集に参加）、ミニコミ誌『野宿野郎』編集長のかとうちあき、『オトナアニメ』（洋泉社）のスーパーバイザーを担当する多根清史など。

2006年度版から連続で回答しているアンケート参加者は、漫画評論家の伊藤剛、小野耕世、藤本由香里、南信長、ブロガーの紙屋高雪、『ぴあ』編集者の小林美姫など（記事執筆者を除く）。ライターの芝田隆広は2007年度版から、ミステリマンガ評論家の廣澤吉泰は2008年度版から連続で参加。

不定期刊行時代は、南信長が新保信長名義で編集や構成を務めていたほか、コラムや記事を木原浩勝や呉智英、吉田豪、編集者の斎藤宣彦、とり・みき作品にキャラクターとして登場する書店員の田北鑑生らが担当していた。
受賞作一覧（第10位まで）
オトコ版

順位タイトル作者出版社備考
2006
1位PLUTO浦沢直樹小学館
2位DEATH NOTE大場つぐみ
小畑健集英社
3位失踪日記吾妻ひでおイースト・プレス
4位働きマン安野モヨコ講談社
5位鋼の錬金術師荒川弘スクウェア・エニックス
6位ホムンクルス山本英夫小学館
7位もやしもん石川雅之講談社
8位おおきく振りかぶってひぐちアサ講談社
9位キーチ!!新井英樹小学館
9位団地ともお小田扉小学館
2007
1位デトロイト・メタル・シティ若杉公徳白泉社
2位DEATH NOTE大場つぐみ
小畑健集英社
3位へうげもの山田芳裕講談社