特番などによる放送の休止・内容変更は以下の通り。2017年までは年末年始を除き当番組が休止することはほとんど無かったが、特別番組などにより当番組を休止することがあり、加えて2018年からは全米女子オープンゴルフ中継の放送権がテレビ東京に移行したことに伴い休止の頻度が増えた[注 66]。

2002年2月25日はソルトレークシティオリンピック（アイスホッケー男子決勝）の中継のため初めての休止。

2010年2月25日はバンクーバーオリンピック（スピードスケート女子）の中継のため8年ぶり2度目の休止。

2016年8月16日 - 18日はリオデジャネイロオリンピック中継のため6年ぶり3度目の休止。

2017年8月29日は北朝鮮によるミサイル発射関連のニュースに伴い前枠の『ニュースモーニングサテライト』の放送時間が急遽拡大されたため[注 67]、番組史上初めて緊急休止となった[注 68]（複数の出演者によるTwitter上の発言によると、スタジオでは番組が放送されているものとして進行していたという[注 69]。なお、後枠の番組以降は通常編成になった）。

2017年9月15日は番組開始直前に北朝鮮によるミサイル発射関連のニュースが報道されたのに伴い、前枠の『ニュースモーニングサテライト』の放送時間が急遽拡大されたため同年8月29日以来2度目の緊急休止となった（なお、後枠の『朝の!さんぽ道』の途中〈7:54から〉以降は通常編成になった）[注 68][注 67]。

2018年6月1日・4日は全米女子オープンゴルフ中継のため、9ヶ月ぶり6度目の休止。

2019年5月20日は全米プロゴルフ選手権中継のため、約1年ぶり7度目の休止。

2019年5月31日・6月3日は全米女子オープンゴルフ中継のため、約2週間ぶり8度目の休止。

2020年12月14日は全米女子オープンゴルフ中継のため、約1年半ぶり9度目の休止[注 70]。

2021年5月24日は全米プロゴルフ選手権中継のため、約5か月ぶり10度目の休止[注 71]。

2023年5月31日は北朝鮮によるミサイル発射関連のニュースに伴い前枠の『ニュースモーニングサテライト』の放送時間が急遽拡大されたため、ニュース終了後の7:18からの短縮放送となった。

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テレビ東京が有毒植物をブルーベリーと紹介


2006年10月27日の放送で「ブルーベリー」と紹介した植物が、実は「ヨウシュヤマゴボウ」という、根や葉を食すと嘔吐や下痢を起こすという植物であることが発覚。テレビ東京などのニュースで注意を呼びかけることになった。また、翌週の10月30日の放送で山寺がこの件に関する謝罪と「間違って食べないように」との注意喚起を行った。

2023年8月28日、レギュラーであったアイクぬわらが8月25日の放送をもって突如番組を降板した。事後報告かつ理由なく降板したことから当初は臆測が飛び交っていたが、29日になって、アイクが未成年者のおはガールを自宅に連れ込んでいたことが週刊文春の報道により判明、テレビ東京の要請により、アイクをおはスタから降板させた[34]。この後、メンバーのうち土方エミリおよび後藤花の所属事務所はそれぞれ報道内容には関与していないとの声明を出した[54][55][56][57]。メンバーのもう1名、河村果歩[注 72]は9月7日に自身のSNSで一連の騒動について謝罪したが、関与の有無に関しては明かさなかった[58]。なお、河村は翌日（9月8日）の生放送に出演したが、ここでも騒動に関することは言及しなかった。

関連番組
テレビ
（秘）おはスタ増刊号（まるひ-増刊号）
1998年10月4日から1999年9月26日まで日曜午前9時から9時30分にテレビ東京系列で1年間放送された日曜版。メインの制作は共同テレビ。レギュラー出演はペナルティ (お笑いコンビ)とベッキー、Z-1 (アイドルグループ)所属時の上戸彩など。本家「おはスタ」で放送されているバラエティコーナーやアニメコーナーを放送するという内容だったが、スタジオ展開が主な平日の「おはスタ」とは違い、コロコロコミックのイベント紹介、流行しているホビー、新作ゲームソフトや人気コミックなどに関連した取材など、屋外ロケを中心としたバラエティに富んだ構成だった。また、この番組は本家をネットしていない岩手めんこいテレビ、秋田テレビ、テレビ熊本（いずれもフジテレビ系列）、チューリップテレビ、テレビ山口（いずれもTBS系列）でも放送された。