1996年6月当時1997年1月当時
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主なコーナー

番組初期の頃、一部コーナーではBGMとしてビートルズの曲がインストゥルメンタルとして流れていた。

※< >内は流れていた曲名

朝刊（あさかん）読み比べ
放送当日に関東地方で発行された朝刊（東京本社発行分の最終版）から主な記事を、コメンテーターの解説を交えながら紹介したコーナー。

朝イチスポーツ局 <バック・イン・ザ・U.S.S.R.>
前日に行われたプロ野球などの試合結果をVTRを交えて伝えるコーナー。同コーナー進行役の松宮と角は「カドマツコンビ」と呼称されていた。

早送り24
放送前日の午前0時から24時間以内に発生した事件や話題などを、ニュースボード2列分の項目にまとめたうえで、時系列に沿って全項目を8分間で紹介したコーナー。

ニュース早起き解説員
TBS報道局の「解説員」（生井俊重など当時の解説委員）が、専門分野のニュースを解説するコーナー。

それって超ユーメー!?
巷で話題の言葉や物を深掘りするコーナー。

エリア情報 <プリーズ・プリーズ・ミー>
ネット各局のローカル枠（天気予報など）の総称。本番組終了後も現在の『THE TIME,』に至るまでローカル枠は「エリア情報」の名称が使われている。

ニュースリレー日本丸
全国（TBS発）→ローカル（ネット各局発）の順に最新のニュースを7:00前後と7:50前後に伝えるコーナー。

プロ野球応援バトル <キャント・バイ・ミー・ラヴ>
プロ野球の最新情報（試合結果など）を伝えるコーナー。各球団の情報は、各局キャスターと専属野球解説者[注 2]が一緒になって情報を伝えており、基本的にCBCは中日、RCCは広島と地元球団を担当するのが慣例となっているが、MBSは阪神（セ・リーグ）とオリックス（ブルーウェーブ時代）（パ・リーグ）をリーグを跨いで掛け持ちで担当していた。また、中日担当の久野誠（CBC）がオートクチュールのタキシード（ドラゴンズブルー）を着て登場するのが名物だった。

クジラ共和国 <エイト・デイズ・ア・ウィーク、涙の乗車券、ハロー・グッドバイ、フール・オン・ザ・ヒル、ペニー・レイン>
毎日テーマを設定して、全国3ヶ所から中継・紹介するコーナー。中継場所が放送対象地域に当たるTBSやネット各局のアナウンサー（詳細前述）が、「エリア担当キャスター」として代々リポーターを務めた。

ふるさとニュース特急便
全国2ヶ所から面白い話題や地域密着のニュースを紹介するコーナー。

3分間一流講座 <オクトパス・ガーデン>
「これを見れば3分間で一流になれる」をコンセプトに、曜日ごとにテーマを変えながら、専門家がVTRで「一流になるコツ」を紹介するコーナー。

100m探検隊 <イエロー・サブマリン>
「毎朝、日本全国の道を100mずつ区切って放送すれば『テレビ版日本地図』が出来るのではないか。」という構想のもと、全国から1ヶ所、100mに焦点を絞って名所などを中継・紹介するコーナー。

そりゃ!もう!一大事 （青島担当時のみ）
全国から1ヶ所、「一大事」と捉えられる話題をVTRで紹介するコーナー。

それって超ジョーシキ!

みんなDEチェック!

あさいちまる得200秒 （小倉担当時のみ）

『おはようクジラ』とTBSビデオ問題

番組開始のこの時期（1996年）は、オウム真理教が関与したTBSビデオ問題による同局の社会情報局（情報番組、ワイドショー番組の制作部門）の解体、および組織変更があった。これにより前番組『フレッシュ!』の終了と同じ日に、午後のワイドショー『スーパーワイド』が終了しているが、おはようクジラの開始についてはこれら一連の流れとは直接的には関係ない。

TBSビデオ問題の発覚よりも前から、TBSは視聴率が伸び悩む朝番組の強化を目指し、報道局を中心とした特別プロジェクトチームを立ち上げており、この番組の開始につながっている。
スタジオ

外が見え、且つ路上に面したスタジオを設置した。このスタジオはTBS敷地内の赤坂通り沿いに新たに開店したカフェレストラン「メゾン・ド・アンシー」を使用していたが、予定では番組開始時からこの場所を使用する事になっていた。しかし建物が完成しておらず（当初からオープンスタジオとしての使用も念頭に建物建設が行われていた）、レストラン自体も開業していなかったため、TBSの旧本館・ラジオ局舎（番組開始時点で「赤坂メディアビル」へ名称変更）1階に「サテスタ」と称したガラス張りのスペースを設置、ここから放送を行った（なお関係者間では「仮設スタジオ」や「仮設」と呼ばれていたが、1995年1月の阪神・淡路大震災なども考慮（仮設住宅を連想させるため）し、外部向けには「仮設」という表現を用いなかった）。