ある日、雪のクラスに草平という転校生がやってくる。雪は草平にいきなり「獣臭い」と言われて動揺し、正体の発覚を恐れて彼を避けるが、どうして自分が避けられるのか理解できない草平に執拗に追いかけられて、パニックでおおかみの姿のまま彼の耳を傷つけてしまう。負傷した草平は、雪が自分の母親やクラスメイトに責められるのを見て、おおかみがやったことだと取り繕った。しかし、その件で落ち込み学校を欠席する雪を草平は見舞い、それをきっかけに距離の近い関係となる。その頃、雨は山を統治する一匹の狐を「先生」と呼んで、彼から山で生きる術を学び始める。

ある夜、自分は人間ではなくおおかみであるという雨と、人間だからもうおおかみにならないと言い放った雪は、お互いの生き方を否定しあい大喧嘩をしてしまう。

ある大雨の日、雨は「先生」がもうすぐ死ぬことを受けて、おおかみとして先生の後を継ぎ、山を守っていくことを決意する。台風の中で山に入っていった雨を花は連れ戻そうと追いかけるのだった。

ちょうどその頃、親が迎えに来なかった雪と草平は学校で二人きりで夜を過ごしていた。教室で将来の夢を語る草平に、雪は自分が「おおかみこども」で、草平に怪我をさせたのは自分だったことを告白し、おおかみの姿に変身してみせる。草平は驚く様子も見せず、雪が「おおかみこども」であることを本当は知っていたことを打ち明け、今までも、これからも誰にも言わないことを約束する。

一方、花は雨の捜索の中で滑落してしまう。明け方、雨に運ばれ山の駐車場で意識を取り戻した花は、山へ戻ろうとするおおかみ姿の雨を呼び止めるも、雨は山奥に消える。花はその場で泣き崩れるが、山の崖から雨の上げる大きく力強い雄叫びに心をうたれ、不安を払拭し、雨に向けて「しっかり生きて」と励ます。

雪と雨は結局、最後まで和解が出来なかったが、花はそれでも二人が成長したと誇らしげに思った。中学校にあがった雪は花の勧めで寮生活を選択し、草平や友人達と共に、人間として過ごし、雨はおおかみとして山を支配していく[注 3]。
登場人物
花（はな）
声 - 宮崎あおい[6]本作の主人公。苗字は不明。父子家庭に育つが、高校生の時に父親を亡くし天涯孤独の身となる。花という名前は父親が家の裏庭に咲いたコスモスをみたことで「花のように笑顔を絶やさない子に育って欲しい」という願いをこめてつけられた名前であり、そのことを聞いてからは辛いときでも笑っていようという信念を持ち続けている[注 4]。東京のはずれにある国立大学の社会学部社会学科に奨学金を用いて進学[注 5]。アルバイト[注 6]で生活費を工面する日々を送っていたが、ある日大学内で出会った「彼」（おおかみおとこ）に一目惚れし、彼の正体を知った後もその想いは変わらず、同棲して後に2人の「おおかみこども」である雪と雨を産む。「彼」の死後、シングルマザーとなり、田舎へ引っ越し、2人の子供を育てる決意をする。「彼」の死後も暫くは雪と雨を育てながら大学に籍を置いていたが、子育てに苦慮して休学する。最終的に学校を中退して[注 7]、田舎で「おおかみこども」を孤軍奮闘しながら育て、静かに暮らすつもりだったが周りと仲良くなり、農業についても教えてもらい、雨と雪を育てる。学校へ行かなくなってしまった雨を気にかけるが、雨はおおかみとして生きることを選択し、雪は人間として生きることを選択したため、雪と雨の仲を修復しようとする。後に大雨の日に雪を迎えに行く直前の停電の中、山に向かう雨を止めようと山に入っていくが、熊に遭遇し、疲れと恐怖で動けなくなる。そしてボロボロになりつつ雨を探し続けるが、小さな沢で足を滑らせ、数百メートル滑落し、気を失ってしまうも、雨に助けられる。翌日の明け方に目を覚まし、山へ戻ろうとする雨を引き留めようとするが、振り切って山の上のほうへ行ってしまう雨を見ながら泣き崩れる。しかし、雨の猛々しい雄叫びを聞き、雨の強さを身にしみて感じながら微笑む。雪は学校を卒業したあと、寮に入り、花は一人になった家でのんびりと日々を過ごしている。
彼（おおかみおとこ）
声 - 大沢たかお[6]雨と雪の父親。作中では「彼」と呼ばれ、雨と雪が生まれるまでは最後の「おおかみおとこ」であった。本名は不明（運転免許証には氏名が載っているが、ほぼ書き潰しになっているため、名前の判読は不可能。ただし、苗字は「伊賀」である模様）。運転免許証記載の生年月日は昭和54年2月12日。独身時代の居住自治体は国分寺市[注 8]。好物は花に教えてもらった焼き鳥。穏やかな性格だが、雪を妊娠した悪阻で体調の優れない花の滋養強壮のために自ら雉を狩ってくる等、野性味溢れる一面も見せる。幼い頃に両親をなくし、子供のころから養子として育ったが、大きくなったころに上京して、街で運送ドライバーとして働く一方、花の通っていた大学に忍び込んで勉強していた。実は、人間と狼の交雑によって生き延びてきたニホンオオカミの末裔[注 9]で、人間の姿にもおおかみの姿にもなれる半獣人。当初は突き放した様な態度こそ取っていたが、花とは互いに惹かれあい、花との間に2人の子供を授かるが、雨が生まれて間もないある雨の日に死亡する[注 10]。