追い打ちをかけるように、夏頃からはあめぞうウイルスといわれるスタイルシートを利用したスクリプトによる荒らしが来襲、これにより秋にはあめぞう掲示板は壊滅し、あめぞうリンク自体も2000年3月3日に閉鎖された[注 1]。本家の衰退後、あめぞう掲示板利用者により、避難所設立などが行われ活動は続いたが、安定した環境の確保に成功した2ちゃんねるに利用者が移っていったこともあり（当時は両サイトを兼用する利用者もいた）、徐々にあめぞう系の掲示板利用者数は減少していった。
歴史あめぞうが発明したとされるスレッドフロート型掲示板（匿名掲示板）の系譜。あめぞうは2ちゃんねるの親サイトであり、4chanや8chanを含む、他すべてのchanサイトの源流、もしくは雛型となった。

1997年8月5日、ウェアーズなどへのリンク集として始められた。

あめぞうが同僚の「あんなの紙芝居みたいのもの、すぐ飽きる。長くやっている奴はバカだ」と言う発言に憤慨し、「あっと思うような情報がネットには流れているんだぞと示してやろう」と、掲示板ページへのリンク集を作ることにし、副題も「インターネットの情報は、つまらないと言う人への無言の抗議」と変えた。当初は外部の掲示板へのリンクだけであったが、その内、あめぞうリンク内に掲示板を設置し、あめぞう自身がリンク先の掲示板に手広く宣伝を行ったこともあって、人気を増していく[5][6]。

1998年3月19日のサーバー移転を契機に積み上げ型のMiniBBSを用いて、「掲示板ニュース速報」[注 2]と「株式速報」を設置。

1998年9月3日、あやしいわーるどが閉鎖され、難民となった利用者があめぞうに流れ込んだ[注 3]。直後の9月6日に、Try The Homepageで配布されていたresbbsにスクリプトを変更。

10月中に、「ニュース」「芸能」「スポーツ」「大黒」「漫画」などが新設され、サーバーを移転したのを契機に副題を「大本営発表以外の情報」に変更。29日にはInternet Watchの「ウォッチャーが選ぶ今日のサイト」に選出されるなど、WWW上では一定の知名度を得ている[7]。

11月から12月にかけて、「ゲーム」「食べ物」「しりとり」「妄想」「映画」など様々な掲示板が新設される。

1999年1月中旬から下旬にかけて、resbbsを改良しあめぞう型掲示板が完成。1-2月頃に後に問題となる「内部告発」が設けられる。さらに5月末までに、合計40以上の掲示板を設置。この頃をあめぞうリンクの最盛期とする声が多い[8]。この頃には、「BlackBox」「廃墟」といった大規模な私書箱型掲示板が閉鎖することで、そこからも人が流れ込み[9]、同4月には、1日のアクセス数が『Yahoo!掲示板』を超え、日本一の掲示板となって[10]、流行物の雑誌にも取り上げられ[5][11]、一般社会にもその存在を知られるようになった。

1999年5月30日、ひろゆきが、「あめぞうのセカンドチャンネル」「サブ的な位置づけ」として2ちゃんねるを開設し、あめぞう掲示板に報告[注 4]。

1999年6月、利用者の増加によるサーバーダウンが常態化。ネット業者のまいたいねっとがサーバーを提供するが、改善には至らなかった。同月19日、何らかの圧力を受け「内部告発」板が閉鎖される[14][注 5]。

2ちゃんねるは6月14日にohayou.comに移転していたが、1999年7月28日、これがひろゆきが社長である合資会社東京アクセスの所有であることが判明し、善意の一個人などでなく、企業による運営であったことから批難を受ける[15][注 6]。

1999年8月初旬、速報につぐメイン、「@広場」創設。

1999年9月3日、匿名掲示板界隈で流行語となる「空気が疲れてきているな」スレッド誕生[18]。

早い報告では6月、確実なところでは8月20日から、あめぞうウイルス[注 7]が来襲して蔓延し、管理に疲れたあめぞうが失踪。管理者を失ったあめぞう掲示板のパーミッションをまいたいねっと側が落とし始める。こういったことが続いて、8月12日に、ohayou.comから2ch.netへ移転していた2ちゃんねるへ利用者の流出が続いた。10月14日、メイン掲示板の「＠広場」が停止。21日はまいたいねっと上の残りの掲示板も壊滅し、旧サーバーの一部掲示板だけが残る。

1999年11月には、実質機能停止におちいったあめぞう掲示板の後継を模索する試みが利用者により始められ、臨時掲示板が各所に設けられた。

1999年12月1日、infohandsにより「あめぞう避難所として作られた掲示板へのリンク集を作り、難民を誘導する」として「あめぞう2000計画」が発動され、リンク集的なサイトとして「あめぞう2000」が設立される[注 8]。