鯨骨生物群集（げいこつせいぶつぐんしゅう、(fauna of) whale falls）とは、深海において沈降したクジラの死骸を中心に形成される生物群集のことである。熱水噴出孔と同様、隔離された環境の特殊な生態系として注目されている。
特徴打ち上げられたクジラの死骸。脂肪の分解に伴い強烈な臭気を放つ

クジラのような大型の海洋性哺乳類は脂肪組織を多く含む。脂肪の分解過程でメタンや硫化水素といった化学合成の基質となる多くの物質が生成するため、これらの生物の死骸が沈降した場合、周辺には化学合成細菌を生産者とした独自の生態系が形成される。また脂肪組織のみならず、鯨骨を拠り所として生活する生物も数多く報告されている。

鯨骨生物群集は広大な深海に点在する生物群集であり、構成する生物は隔離分布の様式をとる。群集のエネルギー源となるものは、クジラの他には有光層から供給されるマリンスノーのような有機物粒子に限定される。また、遊泳能力のあるイカなどのネクトンや移動能力の高い大型の甲殻類（カニなど）の往来はあるが、群集を構成する生物の多くは移動能力が低いか、あるいは固着性で移動しない。従って鯨骨生物群集は閉鎖系に近い生態系であるとされる。
歴史

最初に鯨骨生物群集が発見されたのは1987年、場所はカリフォルニア州サンタカタリナ湾沖のサンタカタリナ海盆の水深 1240m 地点であった[1]。発見したのはウッズホール海洋研究所が運用する深海探査艇アルビン号である。日本近海では1992年、海洋研究開発機構のしんかい6500により、小笠原諸島沖の鳥島海山からニタリクジラのものが見つかっている。

天然の鯨骨生物群集の発見例は、1987年から2013年までに7例となっている[2]。2013年4月には、有人潜水船「しんかい6500」を用いた日本とブラジルの国際チームによる調査で、南大西洋のブラジル沖のサンパウロ海嶺近辺水深4,204mの海底において、8例目となる鯨骨生物群集が発見されている[3]。本群集は、これまでに鯨骨生物群集が発見された場所としては世界最深で、発見された41種の生物はほとんどが新種だと考えられている。この鯨骨はクロミンククジラのものであり、コシオリエビの仲間やホネクイハナムシの仲間などが見つかった。

これら天然の鯨骨の他、人為的にクジラの遺骸を沈めた調査も行われている。例えば2002年に鹿児島県大浦町の海岸に多数のマッコウクジラが座礁したが、座礁して死亡した個体のうち12個体が薩摩半島の野間岬沖に運ばれ、海洋投入された。また、2005年に静岡県熱海市の海岸にもマッコウクジラの遺骸が漂着し、相模湾初島北東の沖合いに沈められた。このようにして人工的に開始された鯨骨生物群集は天然のものとは異なり、位置と開始時期（遺骸が投入された時期）が明確であることから、群集の推移を研究する上で重要な調査対象となっている。
構成生物

鯨骨生物群集を構成する主な生物を挙げる。特に重要な生物は化学合成細菌群で、これは前述の通り生産者として機能する。これら細菌の検出には、堆積物などをPCRにかけてDNAをクローニングし、16S rRNA系統解析を行って同定という手法が用いられる。大型のベントスである貝類などの軟体動物は、鰓に化学合成細菌を共生させ、エネルギーを得ている。熱水噴出孔と共通の生物も多い。ここでは鯨骨生物群集に特異的な生物を中心をとりあげ、通常の海域にも普遍的に出現する甲殻類などは割愛する。
細菌・古細菌
細菌
鯨骨生物群集およびその周辺からは、アルファ、ガンマおよびデルタプロテオバクテリア（Proteobacteria）の存在が報告されている。このうちガンマプロテオバクテリアは硫黄酸化細菌、同じくデルタは硫酸還元細菌である。これらの化学合成細菌は堆積物中以外にも、後述する軟体動物の共生細菌としても存在する。
古細菌
いわゆるメタン菌であるメタノコックス科（Methanococcaceae）の古細菌が報告されている。他にも、所属不明ながらタウム古細菌に属すると考えられるものが検出されている。
軟体動物
イガイ科
ヒラノマクラ Adipicola pacifica
薄く、後方に広がる亜方形の殻を持つ二枚貝[4]。化学合成細菌を共生させてはいるが、細胞内共生ではなく、鰓上皮細胞の外側に保持している[5]。鯨骨の中でも、特に骨の露出した部分を覆うように密集して付着しており、長い水管と相まって、鯨骨が「細いマカロニに覆われたように」見えるという[6]。また足が発達しており、イガイ科としては活発に動き回る貝である[6]。硫黄酸化細菌に加えて2系統の細菌と共生し、その組成は採集場所や飼育状態によって変化することが知られている[5]。