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門跡（もんぜき、もんせき）は、皇族・公家が住職を務める特定の寺院、あるいはその住職のことである。寺格の一つ。元来は、日本の仏教の開祖の正式な後継者のことで「門葉門流」の意であった（この場合は門主とも）。鎌倉時代以降は位階の高い寺院そのもの、つまり寺格を指すようになり、それらの寺院を門跡寺院と呼ぶようになった。また、御由緒寺院、尼門跡寺院（皇女や王女が務める寺院）ともいう[1]。寺格が高く、皇室から特別の礼遇と特権を与えられ、住職は各宗派の管長と同等の待遇を受ける[1]。

浄土宗の知恩院門跡は浄土門主（もんす）という。

浄土真宗本願寺派の本願寺住職は門主（もんしゅ）、真宗大谷派の僧侶および門徒の代表者は門首（もんしゅ）と書き、いずれも親鸞の子孫の大谷家から出ている。
概要

永村眞の説によれば、「門跡」という用語は、平安時代に法流・門徒（法流の構成員）の意味に用いられ、鎌倉時代になると院家（法流の拠点施設）・院主（院家の住持）の意味に転じ、南北朝時代以降になると特定の貴種がいる院家・院主の意味で定着したとしている。法流はその教えを維持するために有力な檀越である天皇家や摂関家などに出自を持つ貴種の出身者を後継者として遇し、法流の院家・経典（物質的）および教説・秘儀（教学的）を相承することで、排他的管理と内外に対する優位性を確立していったのである[2]。
沿革

宇多天皇が出家して仁和寺に入室し御室御所と称し、御室門跡となったのが始まりである。仁和寺は当初は宇多天皇の子孫（宇多源氏）が住職である別当を務めていたが、三条天皇の皇子である性信入道親王が住職に就いた際に別当よりも上位である検校を称し、その後を白河天皇の皇子である覚行法親王が継いだことから皇族が住職を務める真言宗の寺院と認識され、後の門跡寺院のはしりとなった[3]。

一方、天台宗の総本山である延暦寺では、12世紀の初めに天台座主の仁豪（明快の弟子）と無動寺の寛慶（後に天台座主、行玄の師）が寺を2つに分ける内紛を起こし、その影響は後々にも及んだ（源平合戦の際にも仁豪の法流は平家支持を、寛慶の法流は中立の立場に立った）。前者は三千院（梨本・梶井）、後者は青蓮院を拠点とし、前者には堀河天皇の皇子である最雲法親王、後者には鳥羽天皇の皇子である覚快法親王、次いで摂関家出身の慈円が入ったことで格式を高めて門跡寺院となった。なお、一般には明快を梨本門跡の祖、行玄を青蓮院門跡の祖とみなされているが、梨本・青蓮院が「両門跡」と称されるようになったのは鎌倉時代に入った1220年代と推定されている。その後、後白河天皇ゆかりの妙法院が後高倉院皇子である尊性法親王を迎えたことで格式を高め、1260年代には両門跡と肩を並べるようになり、1280年代には「三門跡」と呼ばれるようになった[4]。

鎌倉時代初期頃からは皇族や摂家等の子弟が特定の寺院に出家するようになる（摂政九条道家の息法助が初めて皇族でない御室門跡となる[5]）。これは、武家が実権を持ったために平安時代よりも経済力が低下した皇室や公家が、跡取りとなる長男や次男以外を出家させたためである。なお、ここで言う長男・次男とは単純な出生順ではなく、母親が正妻か側室か、それともそれ以下の身分かによって、当然のように優先順位が決められた。

医療の発達していなかった時代は、病気で子に万一のことがあり、家系が断絶することがないように、正妻の他に側室を持ちたくさんの子をもうけることが、上流階級の「家」の存続のために必要であったが、同時にそのことは冠婚葬祭で多くの出費を伴うことに直結した。出家すると婚姻しないため、結納・支度金・婚礼費用等の直接的な出費の削減になるだけでなく、子を作らないため、宮家や別家を作ることがなく、家として大幅な経費の節減となるうえ、少ない領地をさらに分封することを防ぐこともできた。なお、家に残った跡取りに万一のことがあれば、出家した子弟のうちの選ばれたものが還俗して家を継いだ。

また、多くの男子のうちの限られたもの以外を出家させることは、結果的に後継者候補を限定させることにつながり、跡継ぎ争いを減少させることにも役立った。

（武家の場合、次男以下は出家することは少なく「部屋住み」として、分家ができない場合は、他家への養子に入るのを待つことが多かった。）

子弟らは荘園を所有しておりその経済力を背景とした政治力をもって、受け入れた寺院内の支配権を掌握するようになり、各門流を継承するようになった。これらが慣例化してやがて、「門跡」自体が「貴族」出身者によって継承される特定の院家・寺院を指す称号へと変化した。

そして室町時代になると、寺格としての「門跡」が確立し、室町幕府には、門跡寺院に関する政務を執る門跡奉行が置かれた。また、足利義満以降、自分の子弟をはじめとする足利将軍家の一門を門跡寺院に入れるようになった。本来は皇室の子弟が入るべき門跡寺院に足利将軍家の一門が入ることについて、かつては研究者の間において天皇家に代わって仏教界を支配すること、あるいは皇位簒奪実現のための手段の一つと見なして「僭上の至り」などと指摘されることもあった[6]。しかし、実際には仏教統制の意味合いよりも、皇室や摂家と同様に家を継ぐ子以外の者を出家させることで世俗から切り離し、政治的・経済的リスクを減らそうとしたと考えられている。特に足利尊氏の庶子で一時期父と対立した足利直冬及び嫡男冬氏及び足利義満の弟である足利満詮の子弟は全員門跡寺院に送られてその血筋を断絶させることで、室町殿（足利将軍家）を脅かす要素を排除している。なお、足利将軍家が断絶した際には門跡寺院に入った将軍の子弟が還俗して家を継いており、6代将軍足利義教（青蓮院義円）・11代将軍足利義澄（香厳院清晃）・15代将軍足利義昭（一乗院覚慶）は門跡寺院に入った後に還俗して将軍家を継承している。更に義満の時代、幕府が後ろ盾になっていた持明院統（伏見宮を含む）では男子皇族の早世が多く、皇統そのものが断絶しかねない危機の中で門跡寺院に入れられる皇族の絶対数が不足していた（実際に持明院統嫡流は断絶し、伏見宮から後花園天皇が迎えられることになる）。こうした状況で仏教界側からも皇族に代わりうる「貴種」の供給源として足利将軍家が期待された側面もあったのである[7]。

江戸幕府では、宮門跡（親王門跡）・摂家門跡・清華門跡・公方門跡（武家門跡）・准門跡（脇門跡）などに区分して制度化した。禁中並公家諸法度（第13条）では、天皇の皇子・連枝（兄弟）である宮門跡は摂家出身の摂家門跡よりも上とされ（宮中内では摂家は親王の上とされていたことから反対の扱いとなる）、同格であればその修行期間の長さに基づいた。この規定によって天皇の孫以下（具体的には宮家出身者）は宮門跡にはなれないと解されたが、宮家出身者が天皇の猶子になった場合の解釈は曖昧のまま残された。