長崎県の市町村旗一覧（ながさきけんのしちょうそんきいちらん）は、長崎県内の市町村に制定されている、あるいは制定されていた市町村旗の一覧である。なお、一覧の順序は全国地方公共団体コード順による。廃止された市町村旗は廃止日から順に掲載している。
市部

市市旗制定有無制定日旗の色備考
長崎市なし[1]地色は白色であり、紋章は赤色が指定されている[1]
佐世保市あり[1]1911年10月20日[1]地色は白色であり、紋章は青色が指定されている[1]
島原市あり[1]1940年4月1日[1]地色は海老茶色であり、紋章は白色が指定されている[1]
諫早市なし-2代目の市旗である
大村市なし[1]地色は空色であり、紋章は白色が指定されている[1][2]
平戸市なし-2代目の市旗である
松浦市なし-2代目の市旗である
対馬市あり[3]2004年3月1日[3]地色は白色であり、紋章は暗緑色がかった青色が指定されている[3]
壱岐市なし-
五島市あり[4]2004年8月1日[4]地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている[4]
西海市あり[5]2005年4月1日[5]地色は白色であり、紋章は青色が指定されている[5]
雲仙市なし-
南島原市あり[6]2006年3月31日[6]地色は白色であり、紋章は指定色が指定されている[6]

町村部

郡町村町村旗制定有無制定日旗の色備考
西彼杵郡長与町なし-
時津町なし地色は海老茶色であり、紋章は白色が指定されている[7]
東彼杵郡東彼杵町なし-
川棚町なし-
波佐見町なし-
北松浦郡小値賀町なし-
佐々町なし-
南松浦郡新上五島町なし-