長崎奉行（ながさきぶぎょう）は、江戸幕府の遠国奉行の一つで、遠国奉行首座。
概略

戦国時代大村氏の所領であった長崎は、天正8年（1580年）以来イエズス会に寄進されていたが、九州を平定した豊臣秀吉は天正16年（1588年）4月2日に長崎を直轄地とし、ついで鍋島直茂（肥前佐賀城主）を代官とした。文禄元年（1592年）には奉行として寺沢広高（肥前唐津城主）が任命された。これが長崎奉行の前身である。

秀吉死後、関ヶ原の戦いで勝利した徳川家康は豊臣氏の蔵入地を収公し、長崎行政は江戸幕府に移管された。初期は竹中重義など徳川秀忠側近の大名が任ぜられたが、やがて小禄の旗本が、後年は1000 - 2000石程度の上級旗本が任ぜられるようになった。長崎奉行職は幕末まで常置された。幕府直轄地であり、幕命により、警護を福岡藩と佐賀藩が交互に務めさせられた。
機構

当初定員は1名で、南蛮船が入港し現地事務が繁忙期となる前（6月ごろ）に来崎し、南蛮船が帰帆後（10月ごろ）に江戸へ帰府するという慣習であった。しかし、島原の乱後は有事の際に九州の諸大名の指揮を執るため、寛永15年（1638年）以降は必ず1人は常駐することになった。寛永10年（1633年）2月に2人制となり、貞享3年（1686年）には3人制、ついで元禄12年（1699年）には4人制、正徳3年(1713年）には3人制と定員が変遷し、享保期（1716年 - 1736年）以降は概ね2人制で定着する。天保14年（1843年）には1人制となったが、弘化2年（1845年）からは2人制に戻った。定員2名の内、1年交代で江戸と長崎に詰め、毎年8月から9月ごろ、交替した。また、延享3年（1746年）以降の一時期は勘定奉行が兼任した。

奉行は老中支配、江戸城内の詰席は芙蓉の間で、元禄3年（1690年）には諸大夫格（従五位下）とされた。その就任に際しては江戸城に登城し、将軍に拝謁の上、これに任ずる旨の命を受ける。

当初は、芙蓉の間詰めの他の構成員は全員諸大夫だったが、長崎奉行のみが布衣の身分で、しかも芙蓉の間末席であった。牛込重忝が長崎奉行を務めていた時期、当時の老中久世広之に対し長崎奉行が他の構成員と同様に諸大夫になれるようにという請願がなされたが、大老酒井忠清に拒否された。その理由は、「従来長崎奉行職は外国商人を支配する役職であって、外国人を重要視しないためにも、あえて低い地位の人を長崎奉行に任じてきた。しかし、もしここで長崎奉行の位階を上昇させれば、当然位階の高い人をその職に充てなければならなくなる。そして、これまで外国人を地位の低い役人が支配していることにより、それだけ外国において幕府の威光も高くなるとの考えから遠国奉行の中でも長崎奉行の地位を低くし、しかも芙蓉の間末席にしてきた。そのため、長崎奉行の地位を上げるような願いは聞き届けられない」というものであった。

しかし、川口宗恒が元禄3年（1690年）に従五位下摂津守に叙爵された後、長崎奉行は同等の格に叙されるようになり、元禄12年（1699年）には京都町奉行よりも上席とされ、遠国奉行の中では首座となったが、それでも後に起こるフェートン号事件の際、警備を担当していた佐賀藩が、長崎奉行松平康英の指揮に機敏に対応しなかったとし、事件後、引責自決をした康英は、遺書に「奉行には大身の者を充てられたし」と残している。

奉行の役所は本博多町（現、万才町の一部分）にあったが、寛文3年（1663年）の大火で焼失したため、江戸町（現、長崎市江戸町・旧長崎県庁所在地）に西役所（総坪数1679坪）と東役所が建てられた。寛文11年（1671年）に東役所が立山（現、長崎市立山1丁目・長崎歴史文化博物館在地）に移され、立山役所（総坪数3278坪）と改称された。この両所を総称して長崎奉行所と呼んだ。

奉行の配下には、支配組頭、支配下役、支配調役、支配定役下役、与力（10騎）、同心（15人）、清国通詞、オランダ通詞がいたが、これら以外にも、長崎会所の地役人、町方役人、長崎町年寄なども長崎行政に関与しており、総計1000名にのぼる行政組織が成立した。奉行やその部下、奉行所付の与力・同心は、一部の例外を除いて単身赴任であった[1]。

奉行所の玄関には、鉄砲100挺、弓20張（矢2箱）、長柄槍50筋などがあり、他に棒火矢50挺、百目長筒1挺、弓18張、鉄砲20挺、槍5筋が武具蔵に用意されていた[2]。

近隣大名が長崎に来た際は、長崎奉行に拝謁して挨拶を行なったが、大村氏（大村藩）のみは親戚格の扱いで、他の大名とは違い挨拶もそこそこに中座敷へ通し、酒肴を振舞うという慣例だった。
任務

奉行は天領長崎の最高責任者として、長崎の行政・司法に加え、長崎会所を監督し、清国、オランダとの通商、収益の幕府への上納、勝手方勘定奉行との連絡、諸国との外交接遇、唐人屋敷や出島・オランダ商館を所管し、九州大名を始めとする諸国の動静探索、日本からの輸出品となる銅・俵物の所管、西国キリシタンの禁圧、長崎港警備を統括した。長崎港で事件が起これば佐賀藩・唐津藩をはじめとする近隣大名と連携し、指揮する権限も有していた。

17世紀ごろまでは、キリシタン対策や西国大名の監視が主な任務であった。なお、貿易の管理と統制を目的に1630年代に長崎奉行の職務を規定したお触れを出している（いわゆる鎖国の前段階）。18世紀初頭の新井白石が海舶互市新例が発布された時期は貿易により利潤を得ることが長崎奉行の重要な職務となってきた。

1800年代に入り、レザノフ来航、フェートン号事件、シーボルト事件、プチャーチン来航など、長崎奉行・出島オランダ商館双方とも騒がしくなり、奉行の手腕がますます重要視されるようになる。

長崎に詰めている奉行を長崎在勤奉行、江戸にいる方を江戸在府奉行と呼んだ。在府奉行は江戸の役宅で、江戸幕府当局と長崎在勤奉行の間に立ち、両者の連絡その他にあたった。在勤奉行の手にあまる重要問題や、先例のない事項は、江戸幕府老中に伺い決裁を求めたが、これは在勤奉行から在府奉行を通して行なわれ、その回答や指示も在府奉行を通して行なわれた。オランダ商館長の将軍拝謁の際に先導を務めたのも在府奉行であった。清国人の住んでいた長崎の唐人屋敷。市内に雑居していた清国人の集住と密貿易規制を目的として長崎奉行により設置された
奉行による仕置

長崎の町の刑事裁判も奉行に任されていた。他の遠国奉行同様、追放刑までは独断で裁許出来るが、遠島刑以上の刑については、多くはその判決について長崎奉行から江戸表へ伺いをたて、その下知があって後に処罰されることになっていた。長崎から江戸までの往復には少なくとも3ヶ月以上を要し、その間に自害をしたり、病死したりする者もいた。その場合は、死体を塩漬けにして保存し、江戸からの下知を待って後に刑が執行された。幕府の承認を得ず、独断専行すれば、処罰の対象とされた。大事件については、幕府からの上使の下向を仰ぎ、その指示の下にその処理にあたった。

奉行所の判決文集である「犯科帳」で、本文の最後に「伺の上」として処罰が記してあるのは、その事件が極刑にあたる重罪である場合や、前例の少ない犯罪である場合等、長崎奉行単独の判断では判決を下せない時に、江戸表に伺いをたて、その下知によって処罰が決まったことを指した。その江戸表への伺いの書類を御仕置伺という。遠島以上の処分については、長崎奉行は御仕置伺に罪状を詳しく記した後、「遠島申し付くべく候や」という風に自分の意見を述べた。下知は伺いのままの場合が多かったが、奉行の意見より重罪になることもあれば軽くなることもあった。なお、キリシタンの処罰については、犯科帳には記述されていない。

遠島刑は、長崎からは壱岐・対馬・五島へ流されるものが多く、大半は五島であった。まれに薩摩や隠岐にも送られた。天草島は長崎奉行の管理下にあったが、そこには大坂町奉行所で判決を下された流人が多かった。遠島の場合、判決が下っても、すぐに島への船が出る訳ではなく、天候や船の都合、判決の前後する犯人を一緒に乗船させる都合等により、かなり遅れることもあった。そのため、遠島の判決文には、末尾に「尤も出船迄入牢申し付け置く」と書き添えてあるものが多かった。

長崎で判決を受けた流人の大部分は五島に送られたが、その流人の支配については五島の領主に一任された。