自然保護区（しぜんほごく）は、生態系や地形・地質・水源などを保全・涵養するために設けられる区域である。一般に、左記に関して何らかの特徴のある区域について、その特徴を保全することを目的に、人為的な開発を規制するために設けられることが多い。自然保護区にはその目的や公設・私設の別などにより様々な名称・呼称、形態があるが、主なものを以下で詳説する。
歴史.mw-parser-output .ambox{border:1px solid #a2a9b1;border-left:10px solid #36c;background-color:#fbfbfb;box-sizing:border-box}.mw-parser-output .ambox+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+link+style+.ambox,.mw-parser-output .ambox+link+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+style+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+link+.ambox{margin-top:-1px}html body.mediawiki .mw-parser-output .ambox.mbox-small-left{margin:4px 1em 4px 0;overflow:hidden;width:238px;border-collapse:collapse;font-size:88%;line-height:1.25em}.mw-parser-output .ambox-speedy{border-left:10px solid #b32424;background-color:#fee7e6}.mw-parser-output .ambox-delete{border-left:10px solid #b32424}.mw-parser-output .ambox-content{border-left:10px solid #f28500}.mw-parser-output .ambox-style{border-left:10px solid #fc3}.mw-parser-output .ambox-move{border-left:10px solid #9932cc}.mw-parser-output .ambox-protection{border-left:10px solid #a2a9b1}.mw-parser-output .ambox .mbox-text{border:none;padding:0.25em 0.5em;width:100%;font-size:90%}.mw-parser-output .ambox .mbox-image{border:none;padding:2px 0 2px 0.5em;text-align:center}.mw-parser-output .ambox .mbox-imageright{border:none;padding:2px 0.5em 2px 0;text-align:center}.mw-parser-output .ambox .mbox-empty-cell{border:none;padding:0;width:1px}.mw-parser-output .ambox .mbox-image-div{width:52px}html.client-js body.skin-minerva .mw-parser-output .mbox-text-span{margin-left:23px!important}@media(min-width:720px){.mw-parser-output .ambox{margin:0 10%}}

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世界で最初に設けられた自然保護区は、紀元前3世紀のスリランカであった[1]。

動植物の乱獲や人間生活がもたらす開発や廃棄物の投棄等により自然環境の撹乱が進んだ近年以降、自然保護の必要性が認識されるようになり、19世紀の欧米を皮切りに諸国が国立公園制度による保護を行うようになった。現在、世界で最も大きな国立公園は1974年に設定されたグリーンランドのNortheast 国立公園（972,000km2）である。

また、最近では自然環境に加え生態系を一体的に保護し生物多様性を保全することの重要性が認識されるようになり、かつては野生動植物の捕獲禁止に主眼を置いていた自然保護区の在り方も変化してゆく。たとえばガラパゴス諸島のように外来生物を持ち込まないよう入島者に厳しい検疫をし、また観光客にはガイドを付けるよう求めるといった活動により、全体が自然保護区として機能している地域もある。
国際的な自然保護区
ラムサール条約

ラムサール条約（?じょうやく）は、湿原を保全するために締結された国際条約である。水鳥の生息地保全が主目的で、指定された湿地は、締約国により適正な利用と保全を実施することが求められる。詳細は「ラムサール条約」を参照
海洋保護区

海洋保護区（かいようほごく）は、海の生態系保全を目的とした自然保護区の一般的な呼称である。漁業で乱獲され、または生態系や生息環境の破壊等により絶滅が危惧されている海洋生物の保全、魚類の繁殖地などの地形の保全が主目的となる場合が多い。

国・地域の領海内であれば管轄政府が漁業や海洋開発（埋め立てや地下資源探査・採掘など）、船舶の航行などを制限することで成立するが、日本では海洋保護区を明確に規定した法は無い。また国際条約が無いため、公海（いずれの国・地域の統治も及ばない海）上に保護区を設ける手段は無いのが現状である。

なお、2006年3月に開催された生物多様性条約第 8回締約国会議（COP8）にて、公海上への海洋保護区の設定について協議が持たれている。
世界遺産

世界遺産（せかいいさん）は、世界的に普遍的な価値を持つものとしてユネスコ世界遺産委員会によって登録された地域・地形や自然環境などである。自然遺産の場合、実際の調査・評価は国際自然保護連合（IUCN）が行う。

世界遺産に登録される事で対象地区への開発行為等に直接的な規制がかかる訳ではないが、当該地区が将来にわたり継承されるために必要な保護管理等が為されていることも判定材料となるため、世界遺産に登録された地区は実質的に何らかの自然保護区となっている場合が多い。
日本の自然保護区国指定鳥獣保護区・特別保護地区（環境省指定）の標示（谷津干潟）
鳥獣保護区

鳥獣保護区（ちょうじゅうほごく）は、鳥獣の保護繁殖を図るために、鳥獣保護法に基づき設定される地区である。全ての鳥獣の捕獲が禁止されるほか、特別保護地区では埋め立て・干拓や伐採、工作物の設置など野生動物の生息に支障をきたす恐れのある行為についても事前の許可が必要となる。なお、旧狩猟法では「禁猟区」と呼ばれていたが、1963年に改正された。
自然環境保全地域

自然環境保全地域（しぜんかんきょうほぜんちいき）は、自然環境の保全を目的として、自然環境保全法に基づき国（環境大臣）または都道府県（知事）が指定する地域である。指定地域では原則として開発行為が規制される。
自然公園

自然公園法に基づいて国が指定し、国または地方自治体が保護管理する自然公園（しぜんこうえん）として、国立公園（こくりつこうえん）および国定公園（こくていこうえん）がある。日本では、諸外国の制度に倣って 1931年に制定された国立公園法を起源とする制度で、自然環境保全地域とは異なり、自然公園では自然環境の保全に加え利用増進を図ることも目的とされる。
生息地等保護区