遺伝子オントロジー(いでんしオントロジー、英: gene ontology、GO)とは、生物学的概念を記述するための、共通の語彙を策定しようとするプロジェクトである。
1990年代後半から、生物学における実験手法の革新(DNAシーケンサーやDNAマイクロアレイなど)や、バイオインフォマティクス的手法の発達により、様々な種の遺伝子関連情報がデータベース化されている。これらに蓄積された情報を有効に活用するためには、統一された語彙を用いて、機能情報などを記述する必要がある。統一された語彙を用いることで、異なった機関によって作成されたデータベース、さらに異なった生物種のデータベース間で、データの結合や、横断比較を行うことが可能になる。データベースは無料で公開されている。
実際のデータ図1: ⇒AmiGOによるトップレベルGO Tremのグラフ化。
GOで定義された用語は、GO term と呼ばれる。GO term は三つのカテゴリーに分かれる。
biological process(生物学的プロセス)
cellular component(細胞の構成要素)
molecular function(分子機能)
計算機上でGOのデータは、有向非巡回グラフ (英: directed acyclic graph、DAG) と呼ばれるデータ構造を用いて記述することができる。DAGの性質上、非常にXMLとの親和性が高いため、アノテーションと共にXML-RDFフォーマットでも提供されている。
外部リンク
⇒the Gene Ontology
関連項目
バイオインフォマティクス
オントロジー
システム生物学
ゲノミクス
.mw-parser-output .asbox{position:relative;overflow:hidden}.mw-parser-output .asbox table{background:transparent}.mw-parser-output .asbox p{margin:0}.mw-parser-output .asbox p+p{margin-top:0.25em}.mw-parser-output .asbox{font-size:90%}.mw-parser-output .asbox-note{font-size:90%}.mw-parser-output .asbox .navbar{position:absolute;top:-0.90em;right:1em;display:none}
この項目は、生物学に関連した書きかけの項目です。この項目を加筆・訂正
などしてくださる協力者を求めています(プロジェクト:生命科学/Portal:生物学)。